在梵蒂冈内，有一个专门受理全球的“神迹申请”并负责检证其真伪的机关——“圣座(聖徒の座)”，而隶属圣座的神父则会被称作奇迹调查官。 天才科学家平贺·约瑟夫·庚及暗号解读专家罗贝多·尼可拉斯均是圣座的奇迹调查官，他们经常调查在世界各地所发生的神迹。但在调查期间，却逐渐揭露一些被隐藏的事件及阴谋。 看破虚假，击退伪装，终至神之奇迹。这就是我们奇迹调查官的义务——天才科学家平贺，与古文书暗号解读专家...