桃太郎(桃太郎 (ももたろう)，声优：钉宫理惠;中国台湾：汪世玮)
第8集登场。年龄依推测应该有60岁以上。
由大日本帝国超能力研究员改造成的超能力飞鼠。具有将空气像火箭筒击出的能力、用心电感应与人类对话，还有预知能力。喜欢吃向日葵种子。
原本是在研究所被研究员当做宠物来饲养，因为有一天突然被改造开始憎恨人类。
战后经过数十年从研究所的冬眠舱中逃走、累倒在路边被‘超能少女组’捡到。明石薰取名为“哈姆桃太郎”，野上葵与三宫紫穗去掉“哈姆”两字、正式定名“桃太郎”。一度以为自己被背叛而攻击‘超能少女组’，兵部京介中途介入让它冷静下来、最后被他带走。
因为只是寄放在兵部京介身边、并非潘朵拉的成员，所以比起兵部京介更听从明石薰的话。兵部京介认为它的境遇与自己相似、似乎也喜欢它毫不客气的吐嘈，时常放在肩膀上或衣服中一起行动。
用喜欢的食物就能引诱它说出机密，被兵部京介和真木司郎骂它是“啮齿类”。因为是“啮齿类”，所以猛禽对它来说是天敌，会被鸟型的羽毛威胁、踩踏。
只要情况不对就假装冬眠模式睡觉。
兵部京介(兵部 京介(ひょうぶ きょうすけ)，声优：游佐浩二/少年时代：井上麻里奈、平野绫(THE UNLIMITED 兵部京介);中国香港：袁德基/少年时代：魏惠娥;中国台湾：宋克军/少年时代：汪世玮)
1930年4月15日生。牡羊座。O型。身高172cm。体重56Kg。
第3集登场，当时80岁。第16集时为82岁。
潘朵拉的首领。
能力
原为念动能力者，在头部遭枪击后成为复合能力者。已确认有念动力、心电感应、瞬间移动、透视、催眠与生命控制等多项能力，每个都有高超能度，实际正确种类和等级不明。第31集阐明多项能力的由来。在陆军超能特务部队训练与强化能力时，接受死在眼前的战友超能力心电感应、成为自己的能力。
以超能力控制老化遗传因子保持年轻，长期战斗是很大的负担。
可以自由控制超能力的念波频率，所以ECM和能力测量对他无效。
服装
穿着跟年龄不和的学生服，另一种意义是对自己和同伴的丧服。
性格
平常一副休闲、似乎权谋一切，实际上挺孩子气。做什么事很快就会腻。
潘朵拉的成员都崇拜他，同时也对他鲁莽古怪的计划感到不安与惊讶。
也有冷酷残忍的性格，对不喜欢的对象、即便同是超能力者也会杀掉，因此厌恶他的超能力者也不少。过去曾被普通人的伙伴背叛，所以对付普通人毫不留情。
曾救过一次普通人少女，但那只是她长得很像明石薰的关系。
人际关系
潘朵拉有关人士叫他少校，因为大战中战死(表面上)追昇二阶的关系。
知道‘超能少女组’的才能和命运后，因为跟自己的遭遇相重叠、对她们投入异常的感情 (爷爷对孙女的感情)，只要她们幸福让自己粉身碎骨在所不惜，因此不论敌我都会骂他萝莉控、变态、跟踪狂。因为感情是要偏向他的价值观与期望，所以擅自认为‘超能少女组’是未来潘朵拉的首领，对此野上葵与三宫紫穗极度厌恶。
另一方面对‘超能少女组’的主任皆本光一来说，他与以前背叛自己的长官印象重叠、更是明石薰挂念的人，对他有异常的憎恨和嫉妒。持续给向他痛苦和折磨：用催眠术恶整、在巴贝尔的超能力者前射杀自己、甚至变回孩童让精神创伤复发，这些反而促进皆本光一的成长。然而，命中注定杀了皆本光一、明石薰会死，不杀的话明石薰一样会死;他为了解开这个困境苦思著对策。
对他来说蕾见不二子是姐姐，也是给予他许多精神创伤的人。战后虽因为思想对立、多少还留有感情，有时会对蕾见不二子叫姐姐。不过蕾见不二子的劝说从未听从，主张自己才是正义的一方，使得故事中有多次争吵。
过去
是由超能力研究者的父亲与超能力者的母亲所生下来，母亲因为父亲的实验而死，后悔的父亲认为“超能力带给人不幸”、害怕兵部京介的能力被误用而在大陆离群索居、隐姓埋名。1937年随着父亲的病死而回国、被托付给大学时代的朋友也是超能力研究者的蕾见男爵，成为蕾见不二子的弟弟。同一年以最小年纪7岁进入巴贝尔的前身陆军超能特务部队，阶级是上等兵。
大战末期，超能特务部队队长从回收来的伊八号大脑那得知：未来兵部京介将率领超能力者破坏世界，在蕾见家开枪射击兵部京介 (额头留有弹痕)。奇迹生还的兵部京介开始屠杀队长与部队干部。因为被信赖的祖国和长官背叛，产生了对普通人的不信任感和憎恨，集合同样遭遇的超能力者组成潘朵拉。
明石薰出生那天，为了见她一面而扮成医生被带去协助五件早产分娩，精疲力竭时被巴贝尔察觉、遭蕾见不二子打成重伤，藏匿时又被当时12岁的贤木修二发现，立刻被通报赶来的蕾见不二子轻松击败、关进超能力者监狱。
现在
被称为超能力犯罪史上最凶恶的人、皆本光一从桐壶帝三听到之前完全不知道其存在被秘密关在超能力者监狱地下500米的特殊监狱，却能未留下任何记录多次现身在外，因为那里刚好适合隐密行动所以表面上乖乖待着。逃狱之后开始公开行动频繁与皆本光一和‘超能少女组’接触(特别是明石薰)。
故事中多次描述身体状况不佳、生命能源也快枯竭，用特殊药剂延命也撑不久。因而会拉拢‘超能少女组’似乎也是因为内心焦急的缘故。
第30集中与羽毛一起进攻暗黑幽灵与对峙、深受重伤，在羽毛体内留下自己的备份、将肉体瞬间移动到虚数空间生死不明。
未来
从第31集羽毛的回忆中得知，未来原本的历史是本人进攻暗黑幽灵时落入悠里的手里、身体被解剖变成暗黑幽灵的实验材料。这个未来已经被改变了。(因为身体让葵用瞬间移动究极奥义送入虚数空间)
皆本光一(皆本 光一 (みなもと こういち)，声优：中村悠一/少年时代：钉宫理惠;中国台湾：魏伯勤/少年时代：詹雅菁)
9月18日生日、处女座、血型B型、身高181公分、体重67公斤。
本故事男主角，初登场20岁，国中篇开始时为22岁，高中篇开始为26岁。
名字的由来与设定，是引用光源氏和某超能力漫画主人公的名字“浩一”。
依短篇版 (第1集)和漫画附录 (第5集)来看，初期设定有超能度7的反‧反超能力者或是有着‘超能少女组’的全部能力，正式连载时取消此设定。为求区别，名字从“水元光”改成“皆本光一”。
“‘超能少女组’为天使还是恶魔?”的关键。
能力
平常状态下等于完全没有超能力的普通人，但是自幼聪明而被送到特殊学校就读，小学时发现“费鲁曼最终定理”的新解法，18岁就拿到双学位的天才。
能引出超能力者的潜力，即使初次遇见的超能力也能运用得淋漓尽至。被传闻为史上唯一能领导无人可驾驭、 巴贝尔最凶恶的超能特务‘超能少女组’的天才指挥官，甚至曾让他国以年薪六百万美金进行挖角。
为了能承受明石薰的念动力攻击而持续锻练身体，因此有副好身材。
多次被催眠能力攻击而有抵抗力。
有手枪作为防身武器。第8集开始随身携带超能力克星“高能量热线枪”：能杀死对枪炮无效的超能力者，但是除威吓以外从未真正伤人。
职务
‘超能少女组’的现场指挥主任。阶级为中尉。第18集起也兼任‘超能少女组’的支援部队指挥官。
因为‘超能少女组’的超能力成长时很不安定、需谨慎管理，所以与‘超能少女组’一起住照护其日常生活。第23集搬到隔壁，但是隔墙被‘超能少女组’开个洞方便出入。
也是科学家和超能力研究员，参与开发了ESP限幅器、增幅器、兵部京介的专用监狱 (但是从未用过)。
服装
勤务时穿西装。视力很糟，没带眼镜就看不清楚。
性格
做事认真有耐心、有责任感。个性温和有礼，是个标准的好好先生。完全生气时连‘超能少女组’、甚至蕾见不二子和桐壶帝三都敌不过。
因为只做正确事情的性格，受到‘超能少女组’的吸引。
虽然是天才，但完全不了解女人心。
第17集中知道明石薰听到自己去相亲却不闻不问，而察觉自己的心情，但以她还是小孩为由压住心情。
兴趣是做家事，被贤木修二说是天生的保母。
家人
双亲健在，有养狗“托鲁”。祖母已过世5年。
母亲也认识贤木修二。
人际关系
因为是各项条件都极优秀的男性，登场的女角色对其都有好感。因而常被‘超能少女组’施以花心的惩罚。
跟贤木修二是美国留学时期就认识的好友。
过去
小学5年级时因为天才的头脑造成老师教学上的困难，被劝说到特殊教育体制学习，有着痛苦的经历。
在镁国留学结束特殊教育后，就读超能力研究科。这时认识了卡莉，虽然相爱但以分手作收。
回国后进入巴贝尔的研究设施，研究改良ESP限幅器。‘超能少女组’当时主任须磨贵理子委托强化限幅器，但他以那是给予电击的项圈、不畏被开除的风险而拒绝，对此桐壶帝三相当欣赏。
后与‘超能少女组’共同漂亮地解决事件，柏木胧也给予很高的评价。桐壶帝三用计强制让他担任‘超能少女组’的主任。
未来
透过伊九号的预知能力知道20岁的明石薰会成为潘朵拉的领导，而且将被自己枪杀身亡。第8集中蕾见不二子交给他预知中同型的手枪“高能量热线枪”。
故事中多次暗示未来会与明石薰秘密交往。
真木司郎(真木 司郎(まぎ しろう)，声优：落合弘治;中国台湾：宋克军)
3月11日出生。双鱼座。血型O型。身高186 cm。体重82 kg。
第8集登场，当时26岁。第16集29岁。
超能度6的合成能力者。应用能力精制碳结晶纤维、混进头发中自由自在地操作。碳结晶纤维十分坚硬，目前能切断的人只有兵部京介和明石薰这两人而已。因为是容易导电的碳原子，对电击很弱。把长发变成翅膀再搭配念动力能在空中飞行。
战斗实力极高，单独对上蕾见不二子或‘超能少女组’有压制程度的实力，不过与‘超能少女组’对战时兵部京介吩咐不能伤害她们而战败。
干部中年纪最大的，自然当起了干部领导。是兵部京介的辅佐官、潘朵拉实质上的副官，同时是因为兵部京介的一时兴起被随意摆布的苦命人。能够责备兵部京介的宝贵人才。
外表是长发的大叔，短发时是清爽的好青年。
夕雾(ユウギリ，声优：东山奈央)
外传漫画第二回登场。
年幼的小女孩，非常怕生。
超能度不明的催眠能力者，情绪不稳时容易让能力暴走。
黑暗幽灵的基廉的话中，相信和基廉有血缘关系的，而情绪不稳是因为初期的复制人未被调整好。
而在和日宫的对话中推定是悠理的复制人之一，最后并被发现了颈后的条码确认是复制人。
加纳红叶(加納 紅葉(かのう もみじ)，声优：千叶纱子)
1月5日出生。牡羊座。血型O型。身高180 cm。体重53 kg。
第8集登场，当时21岁。第16集24岁。
瞬间移动为基础的合成能力者。能固定部分空间，封住对手的动作、明石薰用上超能力的拳击能简单接住的蛮力为其应用。单人瞬间移动和念动力也能使用。
行动毫无计划、想之前先做的个性。为达成目的不惜一起攻击普通人。
因内乱的空中轰炸失去家人、刚好超能力觉醒而生存下来，与真木司郎和藤浦叶同时被兵部京介捡回去。当时的事成了轻微的精神创伤，有时会梦到而睡不好。
与冷酷的外表相反，其实喜欢中广身材的中年大叔。希望真木司郎再胖点、年纪更大些。
贤木修二(賢木 修二 (さかき しゅうじ)，声优：谷山纪章;中国台湾：宋克军)
6月28日生。星座为巨蟹座。血型为A型。身高185公分、体重72公斤。
第4集登场，当时22岁，国中篇是24岁。
能力
超能度6的接触感应能力者。
也有念动力变形的生体控制能力，治疗之外也能用来攻击。
使用手枪来防备和攻击，在使用超能力下能狙击远方的目标。有特制的长棍做为近战武器。
因为超能力能读出对方的动作再出手攻击，使得打架相当强。
职务
巴贝尔的医疗研究部医师、‘超能少女组’的主治医生，也负责超能力事件关系人的检查与治疗。在现场也能参与战斗。
第18集开始成为支援小组的一员，特务称号‘The Exploratory (诊察者)’。
服装
因职务关系常穿着医生服。
国中篇时把浏海放下来，被说是看起来更帅更年轻。
性格与人际关系
表面上是轻浮、开朗又爱玩的男性，本质是重视同伴、正义感强烈的人。
是名好色的花花公子。非常喜欢联谊，脚踏两条、三条船是理所当然。其实追求女人只是在打发时间，是因为身为医生和超能力者却无法发挥自己的力量而欲求不满。
对‘超能少女组’是以前辈的身份来看待。也羡慕‘超能少女组’有皆本光一在守护她们。对三宫紫穗常装出一副成熟又懂事的样子感到火大。
跟皆本光一是镁国留学时期就开始的好友。
不擅长吃辣。
巴雷特与提姆加入后对他们相当照顾，并常常灌输他们身为“男人”该有的常识(不过多半是自己扭曲的想法)。
过去
巴贝尔的小学全国超能度检查中发现是超能力者后，长时间和普通人中一起生活，但是处境孤独。
在东都大外科医疗局实习时讨厌那里争夺权力的风气、另一方面因为对女护士出手，待3个月就到镁国留学。在那里遇到不抱持偏见的皆本光一。
回国后与皆本光一一起到巴贝尔的研究设施工作，皆本光一转调本部特务部后他也跟着调到本部。
安迪・日宫(アンディ・ヒノミヤ(アンディ・ヒノミヤ)，声优：诹访部顺一)
出生年不明、6月2日出生。双子座。血液型A型。身高182cm。体重71kg。
首次登场于外传动画第1集、正传漫画348话。
能力：超能力“反超能力(无效化)”(左眼)。此能力是天生的、并非改造。但另有心灵感应能力改造人，可以传达所发现的情报和接受上头的信号。而改造人的能力不受到超能力恨制器或无效化能力的影响。
异色瞳：左眼为金色、右眼为灰色，右眼在外传漫画时则是蓝色。
称兵部京介为兵部、并不称兵部为少校而时直称他的姓氏。
为合众国USEI派到潘朵拉的间谍。并其右眼被植入监控用的芯片。
既不是普通人(因为有特殊能力)也非正常的超能力者(偏偏他的能力是将超能力无效化)，并拥有改造人的能力 。所以他对人类和超能力者都带有些许怀疑及不信任感。
从外传可知他深受兵部信任、即使知道他是间谍、兵部依然将他带在身边。
体术极强、有特种部队的身手。即使不靠能力、也能突破许多敌人。
在潘朵拉被袭击时、救了因过度使用能力而坠入海中的兵部、之后结识了巴贝尔的女主角一行人。
知道兵部的过去、是不二子叙述给他听的。
于外传后半反过来帮助潘朵拉、背叛了合众国、所以是通缉犯。
身上的限制器是兵部亲手替他戴上的、并留有被合众国灭口时的弹痕。
外传最后一集、离开潘朵拉。
于本篇348话中间出现、加入了“财团”、并私下跟巴贝尔连络。继续用他自己的方式协助超能力者。
由外传和潘朵拉各干部及兵部的互动可知、他是有受到潘朵拉干部及兵部信任的、相处自然、宛如朋友。
在外传登场的小女孩夕雾非常喜欢他(很意外 因为夕雾很怕生)、在外传时常受兵部委托陪夕雾一起出门。
左眼在外传最后为了压抑兵部暴走的能力、貌似有过度负荷而失去超能力(不确定)、但在正篇漫画348话登场时、左眼是用眼罩盖住。
在外传的番外漫画中恢复了能力。
漫画出场分别在348话、370话、414话。
藤浦叶(藤浦 葉 (ふじうら よう)，声优：羽多野涉;中国香港: 张振熙)
出生年月日不明。血型B型。身高177 cm。体重64 kg。
第8集登场，当时17岁。第16集20岁。
以念动力为基础的合成能力者。擅长操纵超音波破坏物体的攻击、有岩石也能粉碎的破坏力，应用一下能控制浮力与温度。只不过连续使用高出力的攻击需要储存力量、无法连续攻击。
干部中最年轻的。虽然信赖兵部京介，但对其不负责任的态度有所不满，毫无顾忌地说他坏话后会推卸责任给别人 (主要是推给真木司郎)。另一方面说坏话是对兵部京介的撒娇与依赖，事实上孩童时期本人是最撒娇的孩子、兵部京介不在身边立刻大哭使超能力失控，给真木司郎和加纳红叶添增了麻烦。
对付敌人非常富攻击性。不接受‘超能少女组’是未来的首领，不排斥伤害她们。
时常要黑卷节子让他做春梦，不过黑卷节子每次都让他失望。明石好美(明石薰的姐姐)的粉丝。
明石薰(明石 薫 (あかし かおる)，声优：平野绫;中国香港：顾咏雪;中国台湾：郭馨雅)
7月30日生日。星座为狮子座。血型为O型。身高153公分、
初登场时是小学生10岁，国中篇为12岁。高中篇为16岁。
本作女主角，故事以她为中心。
能力
超能度7的念动能力者。
超能力者或同伴陷入危机时能发出比平常更强的力量。与暗黑幽灵时，结合同伴的超能力，本能地合成出新能力。
可以从远处感觉到超能力者正发生死战、察觉到人工卫星都找不到的超能力者在何处。兵部京介认为是未来超能力者的救世主。
虽然超能力者多仰赖超能力造成运动不足，因为她常在发动超能力配合身体作攻击，无意识中让身体承担负荷、刺激肌肉成长，结果运动神经发达。
职务
‘超能少女组’的领导。名牌号码是‘The Children 01’(C-01)。
任务多为移动、攻击、防御、搬运、掉落物的支撑、障碍的破坏。
服装
国小时是水蓝色的西装式制服搭配迷你裙，丝带颜色为红色，不习惯戴帽子。国中篇制服改为水蓝色水手服搭配迷你裙，其他相同。
限幅器是太阳造型的手表型限幅器，有紧急通讯与发信器功能。
国小时期是短发，升国中之前开始把头发留长，现在是长发。
性格
国小时期性格冲动但充满正义感，像首领般的活泼人物，能迅速与年龄相近的人成为朋友。遇到不顺心的事会把对象用超能力压在墙上。有着超能力能解决一切的倾向。
有大叔般的兴趣：看写真杂志、爱喝营养饮料、不分男女的性骚扰、喜好巨乳。‘超能少女组’的制服是迷你裙、学校的体育服是紧身裤也是因为这个关系。
国中后大叔与少女性格抗衡，慢慢变得较有女人味。
某些状况下，在皆本光一面前变得容易害羞。
学习状态为逃避型。第19集中透过他人的超能力知道皆本光一制作讲义的用意后，开始稍微喜欢读书。
家人
母亲是女演员，姐姐是写真偶像。两人都是巨乳。
双亲已离婚，详细原因不明，父亲在漫画结局登场。
母亲与姐姐察觉到明石薰身为超能力者的孤独感，但因为找不到适合的距离感而苦恼，即使如此家人感情和睦。
人际关系
经常捉弄皆本光一，事实上对他藏着好感，只是本人并未意识到。国中时期，萌生受不了看到皆本光一与野上葵、三宫紫穗或其他女性亲密接触。开始对他过度意识且在脑内妄想，不再像国小时轻易黏在他身上。本人自觉到对皆本光一的思念比以前还深，也察觉他还是把‘超能少女组’当做小孩看待，决定要成长到能平等对待。
常对皆本光一施以花心的惩罚，国中后换成以话语和表情给予他精神上的压力。
与野上葵、三宫紫穗有无法动摇的友情，会一起捉弄皆本光一。
因性格关系在同性间非常受欢迎，国小时就常收到女同学寄来的情书，不过本人表示不是蕾丝边也没有恋童癖，没有任何兴趣。
过去
以前无法控制自己的超能力使母亲重伤，而讨厌自己的能力。对于同样是超能度7的野上葵、三宫紫穗放开心胸地喜欢。
与皆本光一第一次见面时就用超能力压在墙上，但因为感到他的温柔而安心睡着，皆本光一就任时看得出来是故意冷淡掩饰自己的害羞。
未来
20岁时的三围：B36、W23、H34。穿着露出度较高的服装。
从预知得到，当时的明石薰被称作“破坏的女王”。作为潘朵拉的领导约束超能力者，以怀柔策略将野上葵和三宫紫穗加入成员之一。巴贝尔为改变这未来而努力。
现在兵部京介叫她“女王”。第18集起知道有关预知与兵部京介对她们称呼的原因，但仍不知道皆本光一会对她开枪。