齐耳的人物角色
九十九游马(九十九遊馬(つくも ゆうま)，Yuma Tsukumo)
声优：畠中祐(日本)、伊藤实华(日本，幼年时期)、锺少庭(台湾)、张添胜(香港)
主角，心之地学园中学一年级，13岁。个性热情、正义感强烈，秉持著“かっとビング”(勇往翔前)的精神决斗，决斗技术虽差却百折不挠、屡败屡战，曾创下和铁男决斗50连败的记录，但这从不影响游马的热情，并认为只要决斗过就是伙伴。佩带著父亲留给他的项链“皇之钥”。与奶奶和姐姐同住。
牌组继承自父亲，以“我我我魔术师”、“隆隆隆石人”、“怒怒怒战士”、“刷啦啦骑士”等四类带有日文文字游戏卡名的牌组组成的拟声卡组和魔人多维怪兽卡组，王牌是“No.39 希望皇 霍普”，后依次进化为“CNo.39 希望皇 霍普雷”、“CNo.39 希望皇 霍普雷V”、“CNo.39 希望皇 霍普雷·胜光”、“No.39 希望皇 彼岸超霍普”、“No.39 希望皇 霍普·源望”、“FNo.0 未来皇 霍普”，另外能与星光体进行灵魂叠放、多维成ZEXAL，并获得“闪光抽卡”和异热同心武器卡牌。
他为了取回好友铁男因赌卡规则而失去的牌组，在与神代凌牙决斗途中看见一扇神秘的大门，解开封印并得到了力量，但同时也被宣告即将失去重要之物。与门签订契约后，他遇见了正在搜集编号怪兽以恢复自身记忆的阿斯特拉尔、并且得到了与阿斯特拉尔的灵魂相叠合的“ZEXAL”力量，获得了决斗胜利。
WDC篇中，与快斗和玉座一家相遇，并得知了大赛主办人菲卡博士的阴谋以及另一个世界“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)的存在，在决胜战ZEAXL化并击倒了玉座之后，决定帮助受到巴利安(又译异晶人，下同)影响的玉座，与快斗、凌牙共同对抗菲卡博士。
ZEXAL II中，与伪装成真月零的维克多成为好友，并从他手中得到“RUM-限制型巴利安之力”，但却不知道这是他为了执行击败他的计策而做的行动，最终遭到真月零背叛，为突破困境、与阿斯特拉尔合体成ZEXAL II击败维克多。
之后、前往七个遗迹寻找编号怪兽，得知巴利安七皇身为人类时期的事。在与CNo.96 黑岚一战中，游马虽然取胜、阿斯特拉尔却也牺牲。为了拯救阿斯特拉尔而前往阿斯特拉尔世界，救回他后、返回与巴利安七皇决斗，并与千尊进行决战。
从巴利安世界归来后，游马与阿斯特拉尔进行决斗，最终决战中战胜，后和阿斯特拉尔运用源数之力将快斗与巴利安七皇以人类身份复活。
富士原苗香(富士原 なえか，配音：井口裕香)
秀峰制霸学园高中部2年级剑道部副部长，拥有剑道二段的实力。5年前父母去富士山研究，现在和弟弟在祖父的庇护下生活。除了理科以外的科目成绩都很优秀，但是在某些情况下恒生，不，笨蛋指数会大幅上扬。(股票么?)性情很好也喜欢照顾别人，格外受到异性欢迎。极不擅长家务活。料理如毒药，甚至能够让吹雪归西。
富士原幸助(富士原 幸助(ふじわら こうすけ)，配音：阪口大助)
秀峰制霸学园高中部一年级学生，参加的社团使模型部。苗香的弟弟。对GALGAME和手办情有独钟的准宅男，最爱女仆(是吗?包括肌肉男假面有角三倍速女仆?)。体育很糟糕，不过其它科目的成绩也好不到哪里去。不擅长与人沟通，但对姐姐言听计从。
一条晴彦(一条 晴彦(いちじょう はるひこ)，声：下野纮、南央美(儿童))
年龄：15岁，身高：171cm，血型：B型，生日：1月7日。
本作男主角，弗塞亚学院高中一年级学生。喜欢画画和可爱的女生，温厚䩄腆，拥有着强烈的守护同伴的意识与勇气。父母关系不好，使得母亲离家出走。非常喜欢阅读，已经读完学校图书馆的全部藏书，亦因此学识非常渊博，但由于都是与幻灵战斗无关的知识，被舞形容为“残念知识”。随身携带画簿，能透过画画封印或召唤幻灵，但由于发动需时及将目标固定才能瞄准等问题，封印能力远比不上和泉玲奈，因此在和泉玲奈加入后改变职责，开始尝试召唤幻灵战斗。在动画版中已经可以不用画簿召唤幻灵。
叶山圭吾(葉山 圭吾(はやま けいご)，声：樱井孝宏)
奈由的哥哥，内衣设计师(经常叫女主角帮他试穿他所设计的内衣)。因女主角双亲在她小时候去世，所以便自小照顾女主角。由于故事尾端意外地要调职去京都进行某个大案子所以要搬家，然后也让奈由在这之间进退两难。
小町阳树(小町 陽樹(こまち ひろき)，声：佐藤雄大)
和清乃同班，E班的班长。因在小学和补习班中多次被叶山奈由夺去第一名，而向奈由宣战。
之后在一半不情愿之下加入了内衣同好会，担任会中唯一的男性会员和助理。
皆本光一(皆本 光一 (みなもと こういち)，声优：中村悠一/少年时代：钉宫理惠;台湾：魏伯勤/少年时代：詹雅菁)
9月18日生日、处女座、血型B型、身高181公分、体重67公斤。
本故事男主角，初登场20岁，国中篇开始时为22岁，高中篇开始为26岁。
名字的由来与设定，是引用光源氏和某超能力漫画主人公的名字“浩一”。
依短篇版 (第1集)和漫画附录 (第5集)来看，初期设定有超能度7的反‧反超能力者或是有着‘超能少女组’的全部能力，正式连载时取消此设定。为求区别，名字从“水元光”改成“皆本光一”。
“‘超能少女组’为天使还是恶魔?”的关键。
能力
平常状态下等于完全没有超能力的普通人，但是自幼聪明而被送到特殊学校就读，小学时发现“费鲁曼最终定理”的新解法，18岁就拿到双学位的天才。
能引出超能力者的潜力，即使初次遇见的超能力也能运用得淋漓尽至。被传闻为史上唯一能领导无人可驾驭、 巴贝尔最凶恶的超能特务‘超能少女组’的天才指挥官，甚至曾让他国以年薪六百万美金进行挖角。
为了能承受明石薰的念动力攻击而持续锻练身体，因此有副好身材。
多次被催眠能力攻击而有抵抗力。
有手枪作为防身武器。第8集开始随身携带超能力克星“高能量热线枪”：能杀死对枪炮无效的超能力者，但是除威吓以外从未真正伤人。
职务
‘超能少女组’的现场指挥主任。阶级为中尉。第18集起也兼任‘超能少女组’的支援部队指挥官。
因为‘超能少女组’的超能力成长时很不安定、需谨慎管理，所以与‘超能少女组’一起住照护其日常生活。第23集搬到隔壁，但是隔墙被‘超能少女组’开个洞方便出入。
也是科学家和超能力研究员，参与开发了ESP限幅器、增幅器、兵部京介的专用监狱 (但是从未用过)。
服装
勤务时穿西装。视力很糟，没带眼镜就看不清楚。
性格
做事认真有耐心、有责任感。个性温和有礼，是个标准的好好先生。完全生气时连‘超能少女组’、甚至蕾见不二子和桐壶帝三都敌不过。
因为只做正确事情的性格，受到‘超能少女组’的吸引。
虽然是天才，但完全不了解女人心。
第17集中知道明石薰听到自己去相亲却不闻不问，而察觉自己的心情，但以她还是小孩为由压住心情。
兴趣是做家事，被贤木修二说是天生的保母。
家人
双亲健在，有养狗“托鲁”。祖母已过世5年。
母亲也认识贤木修二。
人际关系
因为是各项条件都极优秀的男性，登场的女角色对其都有好感。因而常被‘超能少女组’施以花心的惩罚。
跟贤木修二是美国留学时期就认识的好友。
过去
小学5年级时因为天才的头脑造成老师教学上的困难，被劝说到特殊教育体制学习，有着痛苦的经历。
在镁国留学结束特殊教育后，就读超能力研究科。这时认识了卡莉，虽然相爱但以分手作收。
回国后进入巴贝尔的研究设施，研究改良ESP限幅器。‘超能少女组’当时主任须磨贵理子委托强化限幅器，但他以那是给予电击的项圈、不畏被开除的风险而拒绝，对此桐壶帝三相当欣赏。
后与‘超能少女组’共同漂亮地解决事件，柏木胧也给予很高的评价。桐壶帝三用计强制让他担任‘超能少女组’的主任。
未来
透过伊九号的预知能力知道20岁的明石薰会成为潘朵拉的领导，而且将被自己枪杀身亡。第8集中蕾见不二子交给他预知中同型的手枪“高能量热线枪”。
故事中多次暗示未来会与明石薰秘密交往。
安迪・日宫(アンディ・ヒノミヤ(アンディ・ヒノミヤ)，声优：诹访部顺一)
出生年不明、6月2日出生。双子座。血液型A型。身高182cm。体重71kg。
首次登场于外传动画第1集、正传漫画348话。
能力：超能力“反超能力(无效化)”(左眼)。此能力是天生的、并非改造。但另有心灵感应能力改造人，可以传达所发现的情报和接受上头的信号。而改造人的能力不受到超能力恨制器或无效化能力的影响。
异色瞳：左眼为金色、右眼为灰色，右眼在外传漫画时则是蓝色。
称兵部京介为兵部、并不称兵部为少校而时直称他的姓氏。
为合众国USEI派到潘朵拉的间谍。并其右眼被植入监控用的芯片。
既不是普通人(因为有特殊能力)也非正常的超能力者(偏偏他的能力是将超能力无效化)，并拥有改造人的能力 。所以他对人类和超能力者都带有些许怀疑及不信任感。
从外传可知他深受兵部信任、即使知道他是间谍、兵部依然将他带在身边。
体术极强、有特种部队的身手。即使不靠能力、也能突破许多敌人。
在潘朵拉被袭击时、救了因过度使用能力而坠入海中的兵部、之后结识了巴贝尔的女主角一行人。
知道兵部的过去、是不二子叙述给他听的。
于外传后半反过来帮助潘朵拉、背叛了合众国、所以是通缉犯。
身上的限制器是兵部亲手替他戴上的、并留有被合众国灭口时的弹痕。
外传最后一集、离开潘朵拉。
于本篇348话中间出现、加入了“财团”、并私下跟巴贝尔连络。继续用他自己的方式协助超能力者。
由外传和潘朵拉各干部及兵部的互动可知、他是有受到潘朵拉干部及兵部信任的、相处自然、宛如朋友。
在外传登场的小女孩夕雾非常喜欢他(很意外 因为夕雾很怕生)、在外传时常受兵部委托陪夕雾一起出门。
左眼在外传最后为了压抑兵部暴走的能力、貌似有过度负荷而失去超能力(不确定)、但在正篇漫画348话登场时、左眼是用眼罩盖住。
在外传的番外漫画中恢复了能力。
漫画出场分别在348话、370话、414话。