原本是普通大学生的夏玲误闯进人灵共存的世界——镇魂街，遇到恶灵的夏玲被曹焱兵与弟弟曹玄亮所救，得知自己也是一位寄灵人并了解了这个世界。此时曹玄亮遇到王国势力狩猎镇魂将的黑尔，黑尔目的地正是曹焱兵守护的神树，并自称为王国第九骑士，与自己的守护灵地狱犬融合，不敌之际夏玲将槐灵树的树枝吃下解开了自己的守护灵李轩辕的封印打败了黑尔，此时给夏玲发送言灵信的鬼符三通赶来将神树封印，而夏玲不得不与曹焱兵踏上寻找其他三棵神树恢复槐灵树的旅途。
押捕黑尔的鬼符三通向黑尔展示了自己的真面目，召唤出自己的守护灵神武灵刑天杀了黑尔，并不准龙棋将杀死曹焱兵。而此时王国军团的JACK召见了三位十大骑士：龙王盖文、伯爵诺拉、狼神凯利，并派第三骑士地狱神父红莲追杀曹焱兵，王国从黑尔送回的黑匣子得知百年难得一见可以拥有多个守护灵的武神躯当今出现了三个人，除了曹焱兵还有水云街的刘羽禅和悬龙街的孙斩天，除了武神躯之外的麻烦还有被称为拥有最强人武灵的项昆仑和貂灵芸。故事由此开启。
世界观
在镇魂街中，镇魂街是人界通向灵域(冥域)的一个过渡区，未被超度的亡灵以及恶灵都会留在此地，为了镇压恶灵，灵域挑选拥有守护灵的寄灵人在镇魂街管理亡灵，好处是死后可以直接进入灵域得到一个好的地位。寄灵人可以邀请强大的亡灵成为自己的守护灵，守护灵分为人武灵(例如吕布)、兽武灵(例如魔兽飞廉)、仙武灵、魔武灵和最强的神武灵(例如刑天)，而一名镇魂将最多只能拥有一位武灵/守护灵，如果可以拥有多位守护灵，那便是百年难得一遇的武神躯。灵域使用地狱道判断镇魂将的强弱，依次是等活、黑绳、众合、叫唤、大叫唤、焦热、大焦热、无间，而大焦热是实力的分水岭，能毁掉一条街等级就是大焦热。除了使用守护灵，寄灵人也可以使用自身的能力人灵技来战斗，更为强大的寄灵人还可以驯服驱使灵兽。
在大约30年前，地球被一种突如其来的生物攻击，而这种生物被分类为第一种灾害指定异来生物，通称“Unknown”。
由于“Unknown”拥有压倒性的力量，人类惨被蹂躏，世界亦惨遭破坏。此时，人类出动全部力量抵抗，几经辛苦下才获得胜利。虽然战争结束，但人类仍不时遭受“Unknown”的零星攻击。
为了对抗这种永无止境的威胁，东京、神奈川及千叶这三个都市便组织起来，成立“南关东防卫机构”。居于这三个都市的少年少女拥有一种名为〈世界〉的特殊能力，具有与“Unknown”对战的能力。他们不仅要背负世界的命运，还要在一个名为排行榜的制度中为了贡献度与他人竞争，经常守着人类领域的最前线。
重考两年才考上大学，研究所毕业的男主角海崎新太(27岁)，由于和上司起冲突，第一份工作只做三个月就离职，也因此找工作处处碰壁，成为一个尼特族。
在某一个夜晚返家的路上，遇上了自称重生研究所职员的夜明了(27岁)，夜明了邀请海崎新太作为受试者，参加为期一年的重生实验研究计划：海崎新太和夜明了皆服用一颗药丸，服后会变回17岁的外表，但心智、记忆、体能等皆保持27岁，然后两人一起入读同一所指定高中的三年级同一班别，让受试者(海崎新太)重新体验17岁的高中三年级生活，借由这个“重新开始”的机会，重新学习、改变自身。同时支援者(夜明了)成为同班同学，以作观察及支援，并把受试者的变化、表现及行为，详记于《重生实验报告书》。
受试期间，受试者的生活费用由重生研究所负责。一年过后，实验完毕，受试者会变回服用药丸前的年龄外貌，重生研究所会参考《重生实验报告书》，为受试者推荐合适工作。就这样，漫无目标的海崎新太，在生活费的诱惑下服用药丸，以17岁的外表、27岁的内在，重新返回高中就读三年级，一场充满欢笑泪水的校园青春喜剧就此展开。
没有神社供奉、缺少香火的落魄神明夜斗，因居无定所，无所事事，饱餐不定，导致手下的神器纷纷跳槽。怀抱“受万民景仰”这个伟大理想的他，只好只身在此岸与彼岸间徘徊，为五块钱的香油钱(五斗米)折腰，接受上至斩妖除魔，下至修东修西的各类委托。
有一日，可爱的女中学生日和在那儿遇到了居无定所、没有工作、自称是“神”的夜斗，并开始一同生活。
四月十日。春假在昨天结束，今天早上就是所谓的开学日。五河士道被可爱的妹妹琴里吵醒后，原本以为今天也会如同往常般度过平凡的一天;直到他遇见一名被称为“精灵”的少女，伴随着一阵突如其来的冲击波，街道就这样消失得无影无踪。在宛如陨石撞击而变成环形山的街道一隅，一名少女正站在坑洞的正中央。“你也是来杀我的吧?”摧毁世界的灾难、充满谜团的怪物、被世界否定的少女。阻止这一切的方法只有两种：歼灭或对话。身穿军服的琴里对士道说：“所以你必须与精灵约会，并且让对方迷恋上你!”新世代“Boy Meet Girls”故事，隆重登场!
精灵(精霊(せいれい))
在与这个世界相异的邻界存在着神秘的生命体。关于其产生的原因与存在的意义至今仍被谜团所包覆，并且在战斗上拥有强大的能力，而当之出现在这边的世界之际，会引起被称为空间震的大爆炸，人类便将这些引发特殊灾害的特定生命体，当成是天敌般的存在并畏惧著。
精灵的外貌性格各不相同，但共同的特点是，都具有强大的战斗能力。其战斗力来自每人独有的被称为“灵装”的力量服装，以及被称为“天使”的独有武器。小说中借用了卡巴拉(生命树)的概念，生命树的十大要素质点与精灵一一对应，精灵名字中的数字为质点编号，天使名为质点守护天使名，灵装名为质点神名。目前得知的精灵除威斯考特外皆为女性，且外表皆为年轻少女，实际年龄不明。
根据二亚所言，所有精灵原本可能皆是人类。而从澪口中证实，除十香外，其他精灵均为吸收灵魂结晶的人类。在三大“罪人”艾略特·伍德曼、艾萨克·威斯考特、艾莲·梅瑟斯的不明目的下，创造出了第一个精灵。变成精灵后，身体将不会再成长，不过被封印的精灵能够正常的成长。
空间震(空間震)
当存在于邻界的精灵现界时，会造成空间的剧烈摇晃及造成损坏的大爆炸，空间震即此一状况之统称。在爆炸中心的建筑物及地面设施都会像火山口一样被消灭殆尽，而周围也会因为爆炸的产生而蒙受损坏。最初一次空间震发生于30年前，造成了近1亿5000万人的死伤人数，被称为“欧亚大空灾”(ユーラシア大空災)，其后世界各地皆频繁发生此一现象。而在那之后的六个月──南关东大空灾之后就像平息似的，不再发生空间震。但是在5年前，在士道他们所居住的天宫地区又开使发生此一灾害。在爆炸“余震”到来以前，会发生名为“空间的地震”此一征兆现象，就如把石头丢入水中会有涟漪，涟漪就是空间震。
一般人并不清楚造成此一现象的原因，知晓此现象的仅有以对付精灵为目的的AST、SSS及DEM公司与以保护精灵为目的的〈拉塔托斯克〉Ratatosk。另外也有精灵现界但却没有发生空间震的情况，造成此一现象的依然成谜。
再者，也存在着依据精灵自身的意识所引发的空间震，当引发的空间震的规模与另一空间震相同时则可以被相抵销。
现界、消失(現界、消失(ロスト))
当平常在另一个相邻的世界休眠的精灵出现在人类世界的情况被称之为“现界”，而当精灵从人类世界返回相邻的世界实则谓之“消失”〈LOST〉。在邻界休眠的精灵由于不知名的原因被人类世界“拉扯过来”伴随着“现界”的现象引发而产生空间震，经过一定的时间后再“消失”返回邻界。发生这样的现象不仅无关精灵本身的意志，而且精灵也不知道产生的原因。而“现界”的情况又依据空间震的产生有无而划分定义为2种，其前者(有产生空间震)的情况被称之为“通常现界”，而后者则称为“静穆现界”，但同样无法得知产生现界差异的原因。
通常现界后的精灵，必定会遭遇AST的袭击。也不知是否有与此有关，在与AST有交战的状况下，与本人意志无关的“消失”现象会发生在较短的时间内，当“消失”现象产生，AST的该次精灵讨伐作战行动旋即告终。但是，也有不被AST观测到的静穆现界的精灵，一如作品中所述，能长时间内停留在人类世界。十香第一次的静穆现界发生时遭到AST的攻击，再加上被激怒之故(其深信士道已遭杀害)，而将AST逼至全员歼灭绝境，该事件最终并没有“消失”的现象。
被士道封印力量的精灵无法从人类世界“消失”返回。
原作漫画
双星相识篇(漫画第1-18话;动画第1-20话)
阴阳师候补的少年焰魔堂辘轳舍弃了过去想成为阴阳师的梦想，每天浑浑噩噩的度日。某天，辘轳与同为阴阳师的少女化野红绪一同被选为“双星之阴阳师”，赋予了两人将会结合，诞下“神子(太极)”以终结长年来和“污秽”的战斗的使命，并强制两人同居过着夫妇生活。被迫接受而对此感到不满的两人就此踏上了同心协力祓除污秽的道路之上。
双星黎明篇(漫画第19-33话)
双星两人为了前往土御门岛打倒石镜悠斗，斑鸠家的斑鸠士门和斑鸠小夜对双星进行测试，期间由于小夜咒力太强，因而被婆娑罗圣丸和冰铇发现并将其绑走，双方便展开激战，最终成功击倒圣丸和冰铇、救回小夜，但却也让红绪失去了咒力。
土御门诸岛篇/御前试合篇(漫画第34-50话)
辘轳与音海茧良终于抵达了众星云集之岛──土御门岛，上岛后面对众人对双星的质疑，拒绝加入十二家，反而自己成立了焰魔堂宗家，努力修行并寻找伙伴并参加比武大会“波达罗盈城御前试合”。大会中对上岛上实力第三的水度坂勘九郎，由于自身经历与勘九郎相似，因此协助勘九郎解除心结，最后苦战后获得胜利，并羸取了岛上众人的认同。
化野红绪篇/觉醒太阴篇(漫画第51-54话)
失去咒力红绪相当绝望之时，此时红绪的仇人神威突然出现，并提议去找婆娑罗千怒以恢复咒力。找到千怒后，千怒举行觉醒太阴的仪式，同时也告知双星诞生的历史及力量来源。期间，婆娑罗赫夜也正在寻找双星，并与神威对上。
悠斗讨伐战篇/婆娑罗对决篇(漫画第55-76话)
在御前试合落幕的同时，婆娑罗无恶与杠在祸野深处策划着阴阳师毁灭计划。在阴阳师们执行祓除污秽作战时，以加布罗为首的银镜、卧蛇、四皇子等四名婆娑罗与悠斗突然同时在各个地点现身发动攻击，并虐杀了一大群的阴阳师。同一时间，上位婆娑罗无恶带领大量污秽入侵土御门岛，引起巨大的混乱和阴阳师的伤亡。失纵已久的悠斗，也终于与焰魔堂辘轳展开决战。
动画原创
列岛霸乱篇(动画第21-31话)
全国各地发生的“龙黑点”事件令现实世界渐渐堕入地狱，为了阻止这场异变，最强阴阳师集团“十二天将”与神秘女孩小枝联手阻止敌人。阴阳师VS污秽的史诗决战重磅上演。
天地鸣动篇(动画第32-40话)
“龙黑点”事件后，被暗无封印起来的阴阳师首领有马能否化险为夷再次登场。十二天将的能力与过去各是什么。当主角等人焰魔堂辘轳和化野红绪亲眼目睹惨烈的战斗后，他们的羁绊是否会更进一步。
破星篇(动画第41-50话;动画版最终章)
激战过后耗损咒力的十二天将落入暗无的陷阱。辘轳将与宿敌悠斗展开最后的激烈交锋，面对实力强大的悠斗，被称为“双星阴阳师”的少年少女会想出什么方法成功应对，席卷现实世界与祸野的终极大战隆重揭幕，胜利的天平会倾向哪一边。
故事讲述主角桃园奈奈生沉迷赌博的父亲突然人间蒸发，主角被讨债的人上门赶出家。走投无路的桃园奈奈生，在那时拯救了被狗追赶的软弱男子。男子得知奈奈生的境况后，突然说出“把我的家转让给你吧”的话。虽然奈奈生感到难以置信，但还是半信半疑地跟着去。但目的地竟是一间荒废了的神社。那个软弱的男子身份更是一名离家出走的土地神--御影。作为神社转让的代价，奈奈生接受御影提出的条件，为后者担任代理土地神的职责，管理御影的辖区兼聆听实现信众的愿望。随着奈奈生成为新任代理土地神，面对各种妖怪和神祇引起的诸类事件，她的心智历练随之成长，还和担任神使的狐神使巴卫结下不解之缘。生活亦从此产生巨幅的变化……。
平凡的中学二年级少年影山茂夫，因其微弱的存在感而遭人戏称为“路人”，但不起眼的他其实是强大的天生超能力者。历经每一次的成长，路人开始认为自己的超能力是危险的存在，为了不让超能力失控，路人一直在无意识的情形下压抑著自己的情感。虽然只想平凡的度过每一天，但各种麻烦却接二连三找上他，随着被压抑的情感在内心一点点膨胀，路人体内积累的力量也蠢蠢欲动。
在其心灵导师灵幻新隆的辅导下尝试与自己的力量共存，然而环绕着其超能力，他逐渐认识其他的超能力者、恶灵、各种组织，而周围的人和势力也因为他空前的力量不断地卷入受伤害又得到救赎，在力量和感情的冲突中，他逐渐学会如何和自己的超能力相处，并必须开始在闭锁情绪和能力的选择外，思量如何在危险的世界当中，善用自己的力量与人们共存。
主角苗木诚于希望之峰学园举行开学典礼当天踏进校门后不久便突然晕倒。当他醒来时发现自己身旁有一张和恶作剧没两样的入学章程。他在看完章程后环顾四周，这下他才发现自己身在一个窗户被金属板所封闭的课室……
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向来以王子形象示人，但实际上非常缺乏生活常识的北门伦毗沙(小野大辅 配音)、身材娇小个性腹黑的是国龙持(岸尾大辅 配音)、个性认真严肃甚至有些古板的金城刚士(丰永利行 配音)、天真浪漫非常友好热情的阿修悠太(花江夏树 配音)、常常沉浸在自己的世界中的爱染健十(加藤和树 配音)，澄空翼要应付的，是这些帅气但是麻烦的家伙们。