停战以来已经过了三年的现在，被称为“战灾”的混乱仍然持续著的帝国。为了使帝国从战灾中振作起来，在军队里设置了专门对应的部门，就是帝国陆军情报部第3课（通称：陆情3课）以及实动小队“非战特攻队(Pumpkin Scissors)”。故事从爱丽丝·L·马尔文少尉与蓝戴尔·欧兰多伍长在某个村子里相遇开始。

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本书标题中的“Trinity Blood”照字面直译是“三位一体之血”。在宗教角度来说，三位一体所指的是圣父、圣子和圣灵。作者吉田直引用这个名词去借代笔下的角色，分别是该隐?奈特罗德、亚伯?奈特罗德和塞特·奈特罗德三兄妹。该隐、亚伯和塞特亦是《圣经》中亚当和夏娃所生的三个孩子。

剧情

教廷巡视神父亚伯?奈特罗德表面上是个冒失鬼，实际上却是有“吸血鬼猎人”之称的教廷国务院特务分室（Ax）派遣执行官，负责到不同地方调解吸血鬼事件。在这个黑暗混乱的时代，教廷和真人类帝国互相对峙，加上蔷薇十字骑士团的恶意挑拨，亚伯是否能维护“长生种”（本作中指吸血鬼）和“短生种”（本作中指一般人类）的共存？为了赎罪而努力奋斗的男子，心底仍有难以磨灭的伤痕……

科幻设定

盖·保格之枪(Gae Bolg)

原为凯尔特神话中女神赠与英雄库丘林的魔枪。在故事中为强悍的超科技武器，基辅侯爵家传的“遗产”。可从真空管喷出激光光加以离子化的氙气，所产生的温度|高温密度|高密度周波足以斩断所有物质。可说是帝国科技中最优秀的肉搏武器。在Ｒ.Ａ.Ｍ中由亚丝所使用。

埃癸斯神盾(Aegis)

原为希腊神话中的胜利女神与智慧女神雅典娜所使用的盾牌。在故事中是帝国贵族札格雷布伯爵安德烈．库萨所使用的一种强力磁场防御系统，外观是悬浮着三颗或以上的金属球，如行星般围绕恒星旋转。其强力磁场足以将盖?保格之枪的攻击反转再扩散。缺点是自身要进行攻击时要停止使用神盾。在Ｒ.Ａ.Ｍ中由安德烈所使用，另外在R.O.M中“骑士团”的“红色男爵”亦使用神盾构成和碳Ｃ60一样的富勒烯球型磁场盾。

别西卜(Beelzebub)之剑

别西卜为马太福音中第12章第24节中描述的魔王，七原罪中司掌“饕餮”之罪，也是《失乐园》中出现的堕落天使。此为“失落科技”的武器，是一种单分子导线──以碳Ｃ60分子多重结晶粒子为材料制作的极细碳纤维，连钻石都能轻易切割，唯一弱点是不耐高温。在Ｒ.Ａ.Ｍ中由坎柏菲使用。

阿斯莫德(Asmoday或Asmodee)之盾

阿斯莫德为七原罪中司掌“淫欲”之罪的恶魔。也是一种强力磁场防御系统，可以轻易扭曲Ｍ１３的五一二超大型子弹。在Ｒ.Ａ.Ｍ中由坎柏菲使用。

漫画版的故事发生在1924年、动画版是1928年(第一次世界大战结束后)，叙述Rosette为了寻找她在年幼时因为恶魔引起的事件而失踪的弟弟Joshua，在事件中为了拯救她的弟弟而和另一位恶魔Chrono订下怀表契约，然而当时并未成功，于是Rosette进入Magdalene修道院进行“修道骑士”的训练，并成为其中的一员。后来Rosette终于打听到她的弟弟的下落，但是她弟弟自从当年被Aion虏走，并且被洗脑，已不认得她。之后与Chrono将弟弟Joshua给救回弟弟的过程中，Chrono使用太多力量(力量的来源是Rosette的寿命)，导致Rosette最后终究不幸死去。

故事发生在1928年的美国，蓬勃的经济发展带来的不仅仅是更好的生活，一些肉眼无法看见的邪恶也在暗中滋生着。罗塞特(川上友子 配音)是马格达拉修道院的修女，同时，她也是一名怪物猎人。为了获得力量，罗塞特与恶魔克罗诺(石田彰 配音)结下了“怀表契约”，他通过吸食罗塞特的生命来维持自己的形象，在战斗时，更是能以生命为养料发挥出超强的战斗力。

罗塞特明白自己命不久矣，但她有一个心结必须在死前解开，那就是她的弟弟约书亚(皆川纯子 配音)。一次意外中，约书亚和罗塞特被迫分离，而这些年来罗塞特一直都在寻找弟弟的踪迹，她能在死前与弟弟重逢吗?就在罗塞特为了亲情奔波的同时，克罗诺的内心也进行着痛苦的挣扎。

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