开端

花垣武道看到前女友橘日向及其弟直人卷入“东京卍会（东卍）”斗争丧命的新闻，接着他因事故穿越回中二时，他借机告诉直人未来之事，谁知讲完话后双方握手，武道就回到现代，而原应死亡的直人成为刑警出现。直人拜托武道回2005年，阻止使东卍从暴走族壮大为黑帮的“佐野万次郎”与“稀咲铁太”相遇以拯救日向。武道再穿越，认识了东卍总长万次郎与二把手龙宫寺坚，他发现两人都非恶人，与后来无恶不作的东卍迥异，遂回现代寻找线索得知龙宫寺当年死于东卍内斗。

8.3斗争

武道至2005年，此时东卍为了复仇与“爱美爱主”开战，虽胜利告终，也有一成员自首，万次郎与龙宫寺却因此龃龉。虽然在武道干涉下两人和好，但想趁机生事的爱美爱主余党及东卍叛徒，仍在8月3日袭击龙宫寺，不过龙宫寺因武道等人的努力而获救。回到现代历史已变，日向也存活，但没多久日向又因东卍策划的车祸死亡。武道后来得知龙宫寺成为死刑犯，而一切恶行皆是稀咲指使。

血之万圣节

武道至过去碰上“芭流霸罗”下战帖，东卍为添势力任命原爱美爱主的稀咲为参番队队长。壹番队队长场地圭介叛变至芭流霸罗，副队长松野千冬向武道表示，场地是去卧底找寻稀咲为幕后黑手之证据。武道因穿越得知此次大战：东卍旧成员羽宫一虎将刺杀场地，万次郎会打死一虎，稀咲则藉善后之机掌权。2005年10月31日，他力阻命案发生，最终场地仍身亡，但一虎未死。尔后武道成为壹番队队长，他再回现代已成东卍高级干部。总长代理稀咲指武道、千冬为内鬼，枪决千冬，武道被一虎救走。武道发现东卍因稀咲与原黑龙组的加入导致变质，甚至过去的自己竟遭稀咲利用谋杀日向，他再度穿越至2005年。

圣夜决战

武道发现要退出东卍的柴八戒，就是将杀死其兄黑龙总长柴大寿并带黑龙加入东卍者。他对千冬坦白穿越一事，而对八戒欲弑兄以救被家暴的姐姐柚叶，他们碍于跟黑龙之和平协议，只能私下阻止。2005年12月25日，稀咲与半间假意帮助实则作梗，使武道等人与黑龙起冲突，真正的行刺者柚叶趁机下手未遂，最后万次郎到场摆平大寿。黑龙认输，继承者干、九井宣布加入东卍，稀咲终于因怂恿柚叶行刺被除名。新年后武道回到现代，却发现不单日向车祸死亡，东卍成员也陆续遇害，而嫌犯竟是万次郎。万次郎要武道杀了他，两人僵持中直人从旁击毙万次郎。武道再度穿越至过去。

关东事变

2006年初横滨的帮派“天竺”攻击东卍，武道听闻他在天竺的友人鹤蝶说总长黑川伊佐那被稀咲利用。武道回现代找寻情报时巧遇柴大寿，他对武道和直人说明当年“关东事变”的结局为天竺与东卍抗争后合并，总长为万次郎，其之下是稀咲、伊佐那，之后东卍成了犯罪集团。谈话间东卍人马现身要抓武道与直人，两人遭枪击，武道与重伤的直人握手后穿越。定于初代黑龙成立之日的2月22日当晚一决胜负，另一边稀咲却对艾玛痛下杀手，此等不幸使万次郎、龙宫寺斗志全失，再加上之前东卍两名队长遭偷袭受伤、伍番队叛离，其他人本不欲应战，但经过武道和千冬的激励，众人昂然赴会。日向对万次郎与龙宫寺揭露武道穿越一事后，三人便至决斗现场，最终伊佐那于打斗中输给了万次郎，并且为救鹤蝶而被稀咲枪杀身亡，稀咲则遭遇车祸而死。

东京大地震十年后，人们逐渐淡忘这场大灾难所带来的恐怖回忆，当时亲身经历这场灾难的男主角“五十岚丸太”，却因当时的意外丧失记忆。现今的丸太与其他同学过着普通而平凡无奇的每一日，但这一切并未带来永久的幸福，而是死亡的开始。某天，一名红色男子“赤之男”突然现身学校，并将所有丸太的同班同学杀害，并置入一个红色核心在丸太的体内。原本见到事实的丸太以为将被赤之男杀死，醒来却躺在医院得以幸存，但这活着却彻底改变他的命运。被拯救后的丸太，表面虽在辨护律师“玉木常长”帮忙下，最后仍被莫名冠上莫须有的罪名予以起诉，最后的判决竟是处以“死刑”，被强迫送至民营化的监狱“DEADMAN WONDERLAND（死囚乐园）”。死囚乐园是以东京复兴为目的，在日本建立唯一的民营化刑务所，表面上是为了各种囚犯而建立，并让人观光的乐园，但其实是个利用死囚互相厮杀，并借此吸引大量金钱投资，把拥有特殊能力的死囚做为实验的不祥之地。在这充满绝望的“乐园”里，丸太先与死囚乐园的看守长“真纪奈”见面，了解此乐园对各种刑犯的残酷，绝望下，与青梅竹马的神秘少女“白”再次相遇，并展开对抗死亡命运的战斗……

名词解释

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由士郎正宗与Production I.G黄金拍档再度打造的动画作品，此作品世界观和《攻壳机动队》相通。官方网站虽然没有解释“RD”英文的涵义，可是在Production I.G站内的英文版情报网页中，已揭示“RD = Real Drive”这个关键字。若是互相对照英文的描述以及《RD 潜脑调查室》官方网站对于剧情概要的叙述，可以推测“Real Drive”在某种程度上是象征“Meta Real Network”的世界。

公元2061年，也就是人类构筑网络社会已达半世纪之久。即使人类意识能够透过网络而无碍地沟通交流、生化躯体的活用已经达到成熟颠峰，但是由生化人以及网络骇客所发起的新型态犯罪仍然无法根绝。有鉴于此，一个强化网络安全性的崭新网络架构“Meta Real Network”（日文简称Metal）便应运而生。Metal能够借由自身的有机电脑防火墙“Bubble Shell”来隔绝保护人类的记忆资料不受骇客的攻击与窃取，但另一方面，在Metal中竟开始发生了人类透过记忆来解放本能、释放欲望的新式犯罪行为。为了消灭这个新犯罪模式，一种专门调查机构及其专属探员“电脑Diver”出现了！整部动画将透过剧中主角电脑Diver－波留真理的视点，一方面解决一连串的Metal犯罪，一方面来深入故事核心。

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第5话的标题“スーマラン”(Sous-Marin)原为法文中潜水艇的意思，是一个著名太阳眼镜品牌名称。

第7话・第15话、场景总作画监督：高桥英树

第18话、场景监修：荒川真嗣