皇历2010年8月10日，超级大国“不列颠帝国”为了夺取日本的地下资源而侵略日本，在不列颠帝国强大的兵器Knightmare进攻下，日本在不到一个月的时间内被征服。日本被剥夺了自由、权利甚至是国家的名字，不列颠帝国将“日本”改称为“11区”，“日本人”这名词则被11这个数字所取代。表面上看来不列颠帝国的统治似乎牢不可破，但其中早已出现了裂痕。

七年后的2017年，在生死边缘获得C.C.授予“Geass”的力量，立志要粉碎不列颠帝国的黑色皇子鲁路修，以及获得第七世代人型机甲兰斯洛特，立志从帝国内部进行改革的白色骑士枢木朱雀，影响了整个世界。

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大宫忍初中时曾经在英国的寄宿家庭中短暂居住，升上高中后某日，收到了一封外国信件。信件寄件者是当时忍在英国认识的少女爱丽丝，信中表示这次换她要来日本留学。爱丽丝与忍、同班同学绫与阳子、再加上另一名来自英国的少女九条可怜加入，围绕着五位少女展开的愉快又热闹的校园生活就此开始了。

成熟稳重彬彬有礼的大宫忍（西明日香 配音）、来自英国的留学生少女爱丽丝（田中真奈美 配音）、个性认真智商过人的小路绫（种田梨沙 配音）、活泼开朗大大咧咧的猪熊阳子（内山夕实 配音）、呆萌可爱娇小可人的九条可怜（东山奈央 配音），五个个性迥异但同样善良可爱的女孩顺利的升入了高中二年级。

可是学年刚刚开始，爱丽丝就得到了一个噩耗——忍被分配到了别的班级，不再和她是同班同学了，这让爱丽丝受到了巨大的暴击。虽然不在一个班上课，但五个女孩之间的友情不会有一丝一毫的改变。时间流逝着，充满了意外和惊喜的喜剧继续上演。

皇历2017年，超级大国“不列颠帝国”(Britannia)朝著称霸世界的目标，征服了世界近3分之1的版图。此时，7年前被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠帝国的斗心。

帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%的大战……

第一章《飞龙降临》

2017年，超级大国“不列颠尼亚帝国”(Britannia)朝着称霸世界的目标，征服了世界近三分之一的版图。此时，2010年被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠尼亚帝国的斗心。

帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%、生还率为0的大战……

第二章《折翼飞龙》

皇历2017年(革命历228年)、不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争还在持续。身处劣势的E.U.军将11区――在不列颠尼亚占领之下亡国的日本人――集结起来设定特殊部队、“wZERO队”

E.U.军向wZERO队发出了新的命令——让他们空降敌阵诈攻。这项命令太过残酷，队长蕾拉之下包括这几位队员：身为wZERO的驾驶员，同时也是在之前的战役中唯一的存活者日向瑛斗。从11区的管制区逃出，在社会阴影下生活过来的佐山流。成濑幸也，以及香坂绫乃，共计四人。这四个队员各怀心事，作战就在这样的情况下开始了。

另一边，不列颠尼亚。曾使用GEASS的力量让自己的长官自尽的真·日向·夏英格被如愿任命为圣米迦勒骑士团的总帅。他为了实在自己的野心而一步一步地推进计划。信·修加与其属下阿修罗队接到了出动命令。

为了战斗而生存下去的人，为了生存而战斗下去的人。在残酷的前线，日向瑛斗发挥出了自己令人恐惧的潜在力量，赶赴战场的真·日向·夏英格感觉到了日向瑛斗的存在。

第三章《辉芒陨落》

革命历228年，不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争进入白热化阶段。EU本土因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。

长久以来，埋伏于暗处的真·日向·夏英格，如愿走向血腥舞台的最中间。

第四章《憎恨记忆》

革命历228年，欧洲共和国联盟(E.U.)因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。

为阻止不列颠尼亚的进攻，阿基德等人驾驶亚历山大空降奇袭不列颠尼亚的飞行兵器，并在当中与无人机激烈交战。一心想要为同伴约翰尼报仇的阿修雷·阿修罗早已埋伏于此，与阿基德、佐山流等发生战斗，最终因阿基德的Geass导致自己的红色knightmare被毁。当阿基德将要杀死阿修罗时，幸也、绫乃等通过脑电波阻止了阿基德。只是，在这个时候，安排在飞行兵器中的定时炸弹，也倒计时结束了…… 

夏英格亲自率领的圣米迦勒骑士团，以摧枯拉朽的强大攻击力荡平城中的守备力量。另一方面，E.U.东部前线部队撤退以及内部政客自乱阵脚，致令联盟发生毁灭性的动荡。

最终章《致我所爱》

信暴走的Geass。阿基德决心和哥哥进行最后的战斗。由于成濑幸也放出了的炸弹，不列颠军减少到了三分之一，不过包围了的wZERO部队处于压倒性地不利的状况的事实不变。在那里身为敌人的阿修雷作为新的朋友加入。在最后一场战斗之前，阿基德把自己的头发剪掉交给了蕾拉。

「今度の戦いでもし死んで、死体も残らなかったら……これを」

レイラはアキトを见つめる。

「私はもっとアキトと话したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一绪にここへ帰ってきてください」

人的心结合在一起的时候，命运的秘密就会展现。

真相所示的未来究竟是希望还是绝望?命运的斗争终于迎来了结局