本作设置在一个人类与机器人共同生活的时代，以七位“世界上最优秀机器人”之一——瑞士的“蒙布朗”在一场森林大火中被破坏为开端。同时，在德国声援《机器人保护法》之团体的干部兰肯也遭杀害。两人的尸体头上都插著形状类似“角”的物体。凶手疑似是机器人，但机器人都被规范不能杀害人类，因而引发骚动。以高性能著称的机器人刑警——德国的“盖吉特”开始调查这一连串看似相关的案子，结果却意外发现包括自己在内的七位“世界上最优秀机器人”都被凶手列入杀害的目标。

盖吉特至日本与那里的七大机器人之一“阿童木”交换情报，而后阿童木在下一起命案的现场发现，数年前第39次中亚冲突中联合国派去调查波斯王国的毁灭性机器人的“波拉调查团”也被盯上了。与此同时，又有两位七大机器人——英国的“诺斯2号”和土耳其的“伯朗德”相继不敌凶手而遇害，盖吉特的记忆也开始出现异状。随着第39次中亚冲突的背后逐渐揭露，众人发现凶手是为了报复战争中波斯王国被推翻、破坏之仇，憎恨的漩涡也开始席卷众人。

与此同时，今波斯共和国的亚伯拉博士来到日本，暗地里操控著一台长著双角的机器人“布鲁图”，要他去杀了阿童木。阿童木为了保护家人而迎战布鲁图，遭到击败而陷入昏死。与此同时，反机器人的激进团体“KR团”的成员阿道夫认定盖吉特是杀害他哥哥的凶手，于是决定暗杀盖吉特，却反遭组织追杀，负责保护他的盖吉特从他持有的资料中发现目前入狱的波斯王国国王大利乌十四世知道此次事件的秘密。

剩下的七大机器人之一——希腊的“海格力斯”单独迎战凶手，不敌身亡。阿童木的制作者天马博士亲自对阿童木进行修复，但即便机体修好也因为电子脑陷入混沌而无法醒来。另一方面，与阿道夫同行期间，盖吉特被人工窜改的记忆逐渐恢复，想起自己的确因为机器人养子被阿道夫之兄杀害，出于憎恨而杀死了他。盖吉特到监狱找大利乌十四世会谈，得知了敌人是大规模毁灭性机器人的情报，以及一个名为布鲁图的存在。盖吉特前往今波斯共和国找线索，查到了一个神秘男子萨哈多的信息，随后循线找到荷兰地下的秘密空间，发现布鲁图就在那里。盖吉特用火力压制布鲁图，并向警方报告这一切事件的幕后凶手是亚伯拉博士，是他利用家人死于战争的恨意，唆使附身在布鲁图体内的儿子萨哈多所犯下的。

然而，就在盖吉特已经找到真相之时，亚伯拉操控盖吉特认识的卖花机器人阿里袭击他。在盖吉特眼中阿里的身影化为养子的身影，他不由得泪流满面，随后腹部被炮弹击穿而重伤死去。阿童木的创造者天马博士为了让阿童木从昏死状态中醒来，将盖吉特遗留下来的存储芯片植入阿童木的脑，注入偏差的情感——恨意，让脑中的混沌统一。这时仅存的七大机器人——澳洲的“艾普希伦”决定和布鲁图做个了断。艾普希伦在打斗中凭着“光子力”占上风，但始终没有给予对方最后一击，企图将萨哈多从仇恨中解放，最后反被杀害。

阿童木怀着对杀死大家的布鲁图的恨意醒来，写出了一组毁灭地球的反阳子炸弹方程式，平复后拥有了真正人类的心。透过盖吉特的芯片，阿童木已经知道了真相和亚伯拉的真正目的——毁灭地球。亚伯拉算准伊甸公园底下的火山濒临喷发，在伊甸公园底下埋了搭载反阳子炸弹的行星改造机器人“波拉”，引发的爆炸威力足以让大部分的人类灭绝，但机器人可以活得下来。阿童木前去伊甸公园迎战布鲁图，成功压制对方，恨意上冲就要杀死布鲁图时，盖吉特的意识告诉他：“仇恨是不会创造出任何改变的”。阿童木因而停下了手，而萨哈多也终于从恨意中解脱。最后萨哈多牺牲自己拆除反阳子炸弹，世界免于毁灭。闪现的记忆残片中，盖吉特将养子取名为罗比达，看着他的身影，终于了解到活着的意义。因为这一切的事件都起因于憎恨，阿童木于是许愿道：“祈愿有一天世界上会……不再有任何仇恨……”。

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高中私立翠明学园二年级学生的西条拓巳，自称对三次元没有兴趣，和家里的大量美少女人偶一起生活。在他所住的涩谷在2008年9月7日以来发生了连续猎奇杀人事件“新世代的疯狂(ニュージェネレーションの狂気)”，成为了网络和电视上的热门话题。

2008年9月28日深夜，拓巳在聊天室遇到了一个自称“将军”的人。“将军”发言中的URL链接到像是预言下一个猎奇事件的恐怖图像。

第二天，拓巳遇到了和图像中的手法一样的杀人现场。在尸体前站着浑身是血的少女，咲畑梨深。

用语及设定

新世代的疯狂(NewGene)(ニュージェネレーションの狂気)

简称“ニュージェネ”，又或再简称“乳毛”。指2008年9月7日以来在涩谷发生的连串极奇血腥的杀人事件。9月7日是五人高中生集体跳楼，网上有人认为是被谋杀。9月19日是一男性被剖开腹部并被放入怀孕32周的婴儿。9月29日是一大学教授被施十字架刑。其后仍然不断发生新事件。

妄想

在脑中浮现的想法。

giga-lo-maniac(ギガロマニアックス)

可以干涉狄拉克之海，把妄想变成现实的人，在极端的情感波动下有可能这能力会因此觉醒。giga-lo-maniac是比夸大狂患者(Megalomaniac)程度更强的意思。

本作一共登场八位giga-lo-maniac，分别是西条拓巳、咲畑梨深、西条七海、岸本绫濑、苍井濑名、楠优爱、折原梢和野吕濑玄一。

Real boot(リアルブート)

透过盲点让周围的人认知妄想，把这妄想变成现实。

Di-Sword(ディソード)

来自狄拉克之海、把妄想变成现实的捷径，只有giga-lo-maniac看到的时候是发出蓝光的剑，Real boot后会再发出红光。

Noah2(ノアII)

将giga-lo-maniac利用公式“fun^10xint^40=Ir2”具现化的机器，由希望Technology Group公司与天成神光会和明和党联手测试研发。由一台主机进行运算，再由终端机“Porter”释放电磁波改写让周围的人认知，可说是人造的giga-lo-maniac。拥有自我保护能力，只有野吕濑玄一能接近并破坏主机。其设计似乎是永动机，因此无法破坏以外的方式停止运作。

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从乡下转学过来的纯朴少年小山田耕太，在与积极的学姐源千鹤相遇的第一天，就被她推倒了。不只是拥有不畏他人目光的专情个性，以及无人能及的美貌与姣好身材，千鹤还隐藏着一个秘密。原来，千鹤的真面目是狐狸妖怪。千鹤的弟弟多由良，以及班上的班长朝比奈红音也被卷入，有妖怪就读的这所薰风高中，一段甜蜜热情的学校生活即将拉开序幕…