少年凯亚尔出身平凡，却憧憬著勇者生涯。他被【术】之勇者，王国的公主芙列雅承认为【愈】之勇者，于是接受了芙列雅的邀请，踏上了打倒魔王的旅程。不过，凯亚尔不知道的是，他所拥有的能力【回复(Heal)】却是在治疗对方的同时也会感受到对方曾受过的痛苦与恐怖，对此没有经验的凯亚尔完全承受不了。个性其实冷酷嗜虐的芙列雅完全不顾凯亚尔的哀求与拒绝，强行用药物控制凯亚尔，把他当成队伍中的免费恢复劳动力，甚至还把他当奴隶对待。更残酷的是，队伍中的【剑】之勇者布蕾德是个女同性恋者，爱上公主的她看不惯凯亚尔可以接近公主而虐待他。另一名【炮】之勇者布列特则是个喜欢美少年的壮汉，把凯亚尔当成他发泄欲望的工具。身心受创的凯亚尔就在这样的打击下，每天浑浑噩噩地行尸走肉，过着生不如死的生活。

就这样，这支勇者队伍终于来到了魔王的面前，就在勇者们与魔王激烈交战之时，透过技能【耐药性】而终于恢复自我的凯亚尔利用【回复】中得到的经验，成功得到了超人的身体能力与战斗技巧，并反噬勇者小队，抢先击杀魔王、获得了魔王的心脏“贤者之石”。在芙列雅表明“贤者之石”就是王国统治世界的关键后，凯亚尔则拒绝交出“贤者之石”，并利用自己的能力和“贤者之石”成功使时间逆流。当凯亚尔苏醒之时，发现他已经回到了成为【愈】之勇者之前的时间点。为了不再重蹈覆辙，也为了向三名勇者复仇，拥有之前记忆的凯亚尔就此踏上了重启的人生。

故事舞台为苇原町的“创圣学院(創聖学院)”，学院分为两个学部，一为明治时代以来的女校“创圣女学院”学部，俗称“完美(フローレス)”(来是由钻石的净度级别FL(Flawless)，指无瑕，是最高级的净度);二为近年创立的男女校“创圣一般学部”，俗称“细微(スライトリー)”(同是来自钻石的净度级别，指微瑕疵的SI1和SI2(Slightly Included)，比FL低数级)。前者是校风严肃的传统名门学校，后者是自由度高、理念革新的学校，两者几乎相反。而男主角泉户裕理则是属于一般学部，并且是八衢神社宫司泉户裕导的儿子，并有几乎如亲妹妹一样的小鸟游由美奈。

裕理与友人河合亚芽里和要三九郎一起度过升上三年级前的春假，当时学院正进行操场的扩充工程，其间发掘到刻有奇异文字的遗迹，其文字就是裕理家中神社所奉祀的神祇“太转依(太転依(たゆたい))”。但学院鉴定遗迹并无价值而继续工程。数日后开学仪式的当日，裕理被女学院学部如月美冬质疑是阻止扩充工程的人，裕理虽自身知道无关系，但不能辩驳而逃走。裕理认为破坏遗迹恐怕会有灾难发生，遂于深夜潜入学院，进行转换神祇灵魂的仪式，名为“绮久罗美守毘卖(綺久羅美守毘売(きくらみかみのひめ))”、看上去如神一般的纯白灵体立刻出现，并述说约五百年前人类与太转依的共存问题，最后“化成”另一位有狐狸耳和尾的小女孩。之后裕理替其取名为“真白(ましろ)”。

“真白(ましろ)”需要通过睡眠才能回复力量，于是来到八衢神社。

沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。

时间是公元2242年，失去记忆而沉睡的梅加斯，迎来了觉醒的时刻一-