在史上最大规模的世界大战结束后，各国认知到战争太不符合成本效益，于是在缔结和平协议，摒弃明刀明枪的光明战争后，投入大量资源训练间谍，展开以资讯战为主的影子战争。

女主角之一、代号“花园”的百合是迪恩共和国的间谍学生，因自己冒失的性格而成为学校中的吊车尾。有一天，她被招募到由实力强大的间谍“燎火”克劳斯刚创立的“灯火”小队。“灯火”是专门解决“不可能任务”的间谍组织。虽然怕死但一心想着出人头地的百合到了“灯火”的根据地“阳炎宫”后，在大堂遇见其他六名少女，才发现这支小队除了长官克劳斯之外，其他成员都是跟自己年龄相近，而且在其他间谍学校也是吊车尾的问题学生。再者，克劳斯虽然身怀极为高超的间谍技术，却因自己太过于天才而缺乏教导他人的能力，更令百合对一个月后的任务担心不已。她们在阳炎宫一起生活时有一些规矩，包括第26条“七人合力生活”、第27条“外出时要拿出真本事”等等，也是莫名其妙。就这样子去执行“不可能任务”，恐怕难逃一死。百合面对眼前的必死困局，下定决心展开计划。

原来在迪恩共和国最强的间谍团队“火焰”覆灭后，克劳斯身为仅存的成员，亲自从各大间谍学校中挑选多名少女，创立间谍团队“灯火”。他根据“火焰”最后任务惨败的情形，判定“火焰”中存在叛徒，而且阳炎宫内可能存在窃听器，因此在各大间谍培育学校中，刻意选取尚未毕业的吊车尾学生，以避免人员情报外流。在第一次任务前，“灯火”一直假装成团队内只有七人来混淆视听。在成功完成生化武器夺还任务后，克劳斯原本打算解散“灯火”，并将成员送回培育学校。不过，在成员的坚持下，“灯火”继续运作。

日本史考试中获得了不及格分数的六合鸨时只好利用春假来补习，因此他来到大江户幕末巡回展。碰到了同学筱之女绀，就当他和筱之女在这个充斥着各种高新技术的会场内逛来逛去时，转头不见了筱之女，正当他正打算通过里面的一座桥的时候，被突如其来的谜之妖鵺袭击。

千钧一发之间被某位少女朽叶所救助。不过，等他回过神来他才注意自己不在大江户幕末巡回展，是个与原来自己的世界完全不同的地方，刚刚不见的筱之女也出现在身边，不过却变化很大，还说“你所谓的刚不见一会，对我来说已经两年了！”雨夜之月……就是“雨月”。

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突然被父亲赶出家里的少女“拉瑟尔”，遇到了一位叫做“亚尔赛德”的青年。亚尔赛德旅行的目的是为了寻找杀父仇人。拉瑟尔觉得这样的人生太过黑暗，于是便宣战“你那无趣又‘黑白’的人生，我要让它变得有趣而且是彩色的！”于是，怀着不同目的的两个人，便开始一起旅行。

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