故事发生在一个与现代社会相近，但充斥着被称为“恶魔”的怪物横行的世界。恶魔是带着动植物、概念等所有事物的名称而诞生，超越人类智慧的怪物。人们认为该名称越是恐怖，恶魔的力量就越大。恶魔可以透过补充人类的血液维持力量和治愈伤势。占据人类尸体的恶魔称为“魔人”，虽有人类的外貌，但人格是恶魔，但有少数可保持理性的特例。恶魔猎人是指与恶魔缔结契约，以消灭恶魔为业的人，包括政府辖下的“公安对魔特异课”和民间的恶魔猎人。
故事大纲
贫困的少年电次为了偿还亡父留下的巨额债务和生计，与链锯恶魔波奇塔合作猎杀恶魔。某夜，电次遭到丧尸恶魔暗算并被肢解，濒死前，波奇塔自愿以契约的方式和电次的心脏结合，让他重获新生并拥有变身成链锯人的力量，代价是电次必须让波奇塔看到他的梦想。电次宰了债主后，被公安对魔特异课第4课收留，与早川秋和搭档帕瓦同住。
在脱离有一餐没一餐的日子后，电次开始思考自己的梦想。虽然电次的上司玛奇玛把电次当狗一样对待，但电次还是对她一见钟情，且特别想揉她的胸部。他在击败蝙蝠恶魔后，搭档帕瓦为了报答他而答应让他揉胸部，但电次却在揉完后感到空虚并陷入困境。在经玛奇玛指点后，电次了解到应该注重心灵上的交流，玛奇玛也和他约好只要打倒枪之恶魔就帮他实现愿望。枪之恶魔盯上了电次的心脏，前民间恶魔猎人泽渡茜便与它缔约，取得大量枪支后动用黑帮暗杀对魔特异课的成员。电次的多位同事因此阵亡，残存的成员被整并成一课，由玛奇玛统领。在玛奇玛派部下击溃黑帮后，也追查出枪之恶魔的动向。
虽然电次倾心于玛奇玛，但在他因避雨邂逅了于咖啡店打工的蕾洁后，心意一度动摇。然而蕾洁是枪之恶魔的同伴，在蕾洁表明自己只是想获得链锯的心脏，并使用炸弹恶魔的能力逼电次就范后，双方展开激战。电次获胜后相约与她远走高飞，但蕾洁却在与电次见面前被玛奇玛拦下并遭到杀害。在与蕾洁的战斗中，电次身为链锯人的身份透过新闻开始广为人知，各国恶魔猎人纷纷出动暗杀他。
为了保护电次，公安派出了大批人马，在与杀手的激战中死伤惨重，电次则中了杀手“圣诞老人”的暗算而倒地。圣诞老人等人召唤了地狱恶魔，将激战范围内的电次等人送进地狱。面对地狱中强大无比的黑暗恶魔，许多公安和杀手都惨遭杀害。圣诞老人因为完成与黑暗恶魔的契约——将链锯恶魔的心脏带给它，因而得到了黑暗恶魔力量，企图杀死玛奇玛。玛奇玛前往地狱将还活着的电次等人拉回人间，随后让电次与圣诞老人开战。经过一番苦战，电次成功消灭了圣诞老人，之后回归普通的日常生活，并照顾在战斗中身心受创的帕瓦。
公安准备对枪之恶魔发起讨伐，然而玛奇玛却告诉电次、秋和帕瓦，枪之恶魔早已被击败，如今它被分成好几个肉片由各个国家保管。此次行动名义上是讨伐枪之恶魔，实际上是为了抢夺其他国家的肉片，也就是国与国的战争。不久，秋透过签约的未来恶魔看见了未来——自己和帕瓦都将被电次所杀。为了改变未来，秋寻求玛奇玛的帮助，并愿意付出所有与她签定契约，只求电次和帕瓦幸福。结果玛奇玛“支配”了秋的存在，使用他和其他她支配的人一起迎击美国派来先发制人的枪之恶魔。
战斗告一段落后，在玛奇玛的设计下，变成枪之魔人的秋找到了电次，在回忆停留在过去的情况下无意识地攻击电次，电次不得已只能变成链锯杀了他。秋的死让电次濒临崩溃，于是使用当初与玛奇玛的约定（杀死枪之恶魔就帮他实现愿望），让自己变成玛奇玛的“狗”，服从她的指挥，如此一来就不用感到痛苦。然而契约成立后，玛奇玛随即杀了帕瓦，并揭露电次封闭的回忆——他童年时差点被酗酒的父亲所杀，结果为了自保就杀害了父亲——来摧毁电次的心智，使他彻底服从自己。
由公安岸边发动的讨伐玛奇玛行动随即开始，玛奇玛命令电次出击，使他转换成完全的链锯恶魔型态，瞬间摧毁了对方的战力。面对岸边的质问，玛奇玛坦白了自己的立场。链锯恶魔在因为濒死而转换成波奇塔型态之前，是只要有人呼救就会出动的“地狱的英雄”（不过呼救者是恶魔的话也会被链锯杀掉），其攻击力可和地狱的恶魔匹敌，还拥有强大的再生能力，更重要的是被其所吃的恶魔将会永远被抹除。而玛奇玛是链锯恶魔的崇拜者，身为与日本政府签约的“支配恶魔”，她希望能让链锯恶魔屈服，再支配着它将苦难消灭，创造人人幸福的世界。玛奇玛唤出以前和链锯恶魔激战过的存在以及支配的人围攻链锯恶魔，链锯恶魔因为民众的声援而弱化，最后被玛奇玛打败。
帕瓦凭借著电次生前喝下她的血液复活，将电次救走，虽然电次已无生存欲望，但帕瓦立下电次将来一定要重新去找转生后的她的契约，将血液都交给电次让他复活。复活后的电次在岸边的帮助下休养，并看到电视上大家的声援而振奋精神。电次变成链锯，只身前往墓地和玛奇玛对峙。玛奇玛带着大量她支配的人，以数量优势攻击电次。电次斩杀了玛奇玛手下的大将，但身负重伤。玛奇玛意图彻底打倒他，于是让他恢复再战斗，最后徒手挖出了波奇塔的心脏，宣告自己的胜利。然而她所战胜的链锯只是波奇塔变成的，维持人类状态的电次混在玛奇玛支配的公安里头，趁着这时用帕瓦血液制成的链锯砍杀玛奇玛。电次早已察觉，玛奇玛眼里一直就只有链锯恶魔，没有电次这个“人类”的存在，所以偷袭才能得手。
战斗结束后，电次将玛奇玛的身体烹煮后吃了下去，打算将她吸收来共担罪业。岸边将没有记忆的支配恶魔本体那由多从中国带回来，为了避免再次被日本政府利用，于是交给电次照顾。在梦境中，波奇塔告诉电次，自己的愿望是被人拥抱，但因为力量太过强大而难以实现，而电次已经帮它实现了，所以它希望电次也能实现支配恶魔的愿望——与人建立对等的关系。在波奇塔的建议下，电次抱着那由多沉沉睡去。故事的最后，电次进入高中就读，并继续担任铲除恶魔的链锯人。
众神在一千年一度的“人类存亡会议”决定让人类灭绝，唯有女武神布伦希尔德反对。她主张应举办由13位神明对上13位人类，并各自进行1对1决斗的“神VS人类的最终斗争”。若是人类先取得7胜，就可以存活至下一次的“人类存亡会议”。首战为吕布奉先对上雷神索尔....
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由于人类不断破坏环境，众神在一千年一度的“人类存亡会议”决定让人类灭绝，唯有女武神布伦希尔德反对。她主张应举办由13位神明对上13位人类，并各自进行1对1决斗的“神VS人类的最终斗争”。若是人类先取得7胜，就可以存活至下一次的“人类存亡会议”。
第一回战：吕布奉先vs.雷神索尔(胜)
第二回战：亚当vs.宙斯(胜)
第三回战：佐佐木小次郎(胜)vs.波赛顿
第四回战：开膛手杰克(胜)vs.海克力士
第五回战：雷电为右卫门vs.湿婆(胜)
第六回战：前 释迦牟尼(代表人类)vs.七福神集合体“零福” 后 释迦牟尼(代表人类)vs.波旬
天才高中生夜神月发现了“死亡笔记”，只要将某人名字写在这本笔记本上，该人就会死。在用笔记本进行实验后，月与笔记本的前主人死神流愚相遇。流愚因为无聊而将笔记本带到人间，而月告诉流愚，他将透过杀死罪犯来创造没有犯罪者的“新世界”，而这项连续杀人的行为也让他得到“基拉”的外号。
基拉的杀戮引起国际刑警组织和世界最强侦探L的注意，L指使囚犯透过仅在日本关东地区播放的节目宣告自己是L，并且即将缉拿基拉，同时宣称这是全球直播节目。在月中计杀死了该囚犯后，L得以锁定基拉位在关东。之后，L派出FBI探员追查基拉，但都遭夜神月杀害。夜神月升上大学后开始与L正面接触并多次交锋。另一方面，著名偶像弥海砂从死神雷姆手中取得死亡笔记，成为“第二基拉”，海砂发现月是第一个基拉后决定协助他，但她的疏忽导致L得以找到足够的证据。在L逮捕海砂后，月展开一个复杂的计划，他为了救海砂而自愿让L拘禁自己，并在数日后放弃笔记本所有权，失去了与笔记本相关的记忆。
在拘禁期间出现了第三个基拉，由于月和海砂皆不可能在拘禁期间杀人，因此两人被释放。L和月联手追查第三基拉，发现他是四叶集团的火口。月从火口手中拿到笔记本后，取回自己身为基拉的记忆并下手杀死火口。同时月还设局让海砂处于可能被L逮捕的危险中，逼得爱上海砂的雷姆不得不杀死L来保护海砂，由于刻意杀人来延长他人寿命违反死神规定，雷姆因而身亡。在L死后，月继续他创造新世界的计划，同时扮演着第二任“L”。
四年后，基拉得到公众的支持，而两位继承L的少年也出现了：与美国政府搭上线的尼亚，以及勾结黑手党的梅罗。梅罗用一连串的犯罪手段试图接近基拉，他的计划导致夜神月之父、担任基拉搜查本部负责人的夜神总一郎死亡。而尼亚在调查之后怀疑现任的L就是基拉，他逼得夜神月不得不让海砂暂时放弃笔记本。夜神月透过电视台主播高田清美联络上自己的支持者魅上照，让他担任基拉。梅罗发现高田与夜神月有连系后便绑架高田，高田杀死梅罗，而夜神月杀死了高田。这起绑架让魅上露出破绽，进而使尼亚发现魅上与月的连系，并得出月就是基拉的结论。尼亚揭穿月是基拉的真相，但月仍企图杀死尼亚，搜查本部成员之一的松田朝月开枪，受伤的月哀求流愚杀死知道自己身份的人，但流愚认为月大势已去且无法再取悦自己，便用笔记本杀死了月。
基拉死后一年犯罪率慢慢攀升到以往的高度，世间开始有人组织怀念基拉的团体，弥海砂在得知月的死讯后选在隔年情人节自杀身亡。