故事舞台是公元2078年，日常中残留些微魔法的长崎市。主角是魔法使一族的末裔、17岁的月白瞳美，是个从小就仅能看见黑白二色的世界、对人闭上心扉、讨厌魔法的女孩。有天，她的祖母-大魔法使月白琥珀使用时间魔法将她送往60年前，并要求她去见17岁的自己。

来到公元2018年的时空，瞳美掉入葵唯翔的房间，从窗户离去时被与唯翔同社团的川合胡桃和风野浅葱看见。众人误以为是唯翔的女朋友，并带她前往月白家的魔法屋，由于高中的琥珀正在英国留学，她便接受月白家的收留。其后瞳美发现家传耳饰遗失，透过魔法找到遗落于唯翔的房间，与唯翔交谈时解释所有误会系源自魔法失误，并意外发现她可以看见唯翔绘画作品的色彩，想进一步询问却被唯翔拒绝。

月白家安排瞳美入读南丘高中，到校初日再度遇上摄影美术社成员。为澄清朋友误会，唯翔要求瞳美施展魔法证明身份（证明瞳美为魔法师且确实是因为魔法失误而出现在唯翔房间），不擅魔法的瞳美勉强施展但魔法呈现效果不佳，场面尴尬。而后独处时唯翔答应再给瞳美观赏绘画作品，并表示期待她能成功学会魔法。社团招生体验活动后，瞳美加入摄影美术社。

收到消息的琥珀提早结束留学回到日本与瞳美见面，个性开朗的琥珀很快与摄影美术社成员结识，并且鼓励瞳美告诉同社成员自己来自未来的身份。后琥珀以魔法使身份入社，社团改名为魔法摄影美术社。

此时唯翔创作遇到瓶颈，为鼓励唯翔，瞳美在琥珀指导下成功自制魔法星砂相赠。社团外出活动时，瞳美无意识地发动魔法进入唯翔画中世界，发现画作深处出现各种阴郁、负面的图案，她查觉此为唯翔内心黑暗面，以及他想放弃绘画的挣扎，追问之下引起唯翔强烈反感而离去，关系转僵。事后唯翔对瞳美道歉，承诺不会放弃创作，并希望瞳美能在他的作品中找回失去的色彩，两人和好后瞳美短暂恢复色觉。琥珀对瞳美暂时恢复色觉的契机展开调查，告知瞳美她可能在无意识间施展魔法封印自身色觉，而为了调查解除条件，琥珀让唯翔和瞳美进行各种相处，初始别扭的两人在实验后开始以名字相称。

随着对社团的投入，瞳美对摄影愈加热忱，向社长山吹将学习技巧，将却于两人独处时告白，不知如何回应的瞳美开始缺席社团活动，随后决定正面回复拒绝将的心意。同时暗恋将的浅葱在察觉到将的告白后不知所措而回避著瞳美，但在两人坦白心意后，很快就重修旧好。

琥珀决定在文化祭举办可让大家进入画作游玩的活动。唯翔负责作画，瞳美则在琥珀指导下成功练成进入画作的高级魔法。众社员一同遨游画作世界时，唯翔在未知深处遇见年幼的瞳美，对话过程中唯翔发现她早已封闭内心情感。魔法结束后瞳美告知唯翔自己的过去母亲是月白家首个不会魔法的成员，在自己成功使用魔法后抛弃她离家而去。瞳美归咎于自己为了使用魔法讨母亲欢心，却没考量到母亲对于无法使用魔法的厌恶，瞳美由此开始讨厌魔法、封闭内心，并把所有结果（包括失去色觉之事）当作惩罚概括承受。吐露心事的瞳美在唯翔极力开导下改变自责的心态，并感到如释重负。

文化祭前夕瞳美多次凭空消失又出现，但本人对消失期间发生的事情毫无印象。琥珀判断此为发动时间魔法后，时空修正现象把时空旅人拉入时间缝隙中，因此瞳美才会凭空消失。必须尽快于魔法效果最强的新月之时、同时也是文化季最终日，将瞳美送回未来，否则她将永远受困在时间缝隙。众人开始协助搜集时间魔法所需的大量高级星砂，但瞳美对于是否该回去一事十分纠结，她不想离开同社团的伙伴，特别是失去与唯翔的牵绊。回到家中，瞳美将思慕之情写于纸飞机上，并利用魔法传送给唯翔，随后两人在夜晚独自碰面，互相倾诉思念。

最后时间里，瞳美和众人度过难忘的文化祭。时间魔法发动期间，众人一一与瞳美道别，但唯翔仅简短告别而未表白心意。突然间魔法失控，瞳美跟前来相救的唯翔落入未知空间。此时两人终于说出心里话，感谢对方拯救了自己封闭的内心，并互相告白。而后未知空间随即解除，瞳美的色觉完全恢复，并成功回到未来。但琥珀察觉自己的时间魔法其实并未成功，原来最初60年后的自己在使用时间魔法时，早已设定当瞳美解开施加在自己身上的魔法时，就是她时空旅行的极限。所以瞳美带来的信件中并未提及将她送回未来的方法，就是因为她清楚知道高中时的琥珀无法驾驭。故琥珀暗自下定决心，要持续精进实力成为伟大的魔法使。

回到60年后的瞳美，终于理解祖母用意，明白自己也可以追求幸福。回到魔法屋，琥珀拿出社团成员们为瞳美准备的时光胶囊。由于时空旅人无法携带行李，他们决定把当时的相片制作成相簿，送给未来的瞳美留作纪念。唯翔则为瞳美创作名为“七彩的企鹅”绘本，讲述黑白企鹅（象征瞳美）和各种动物（社团伙伴们）的故事，而该绘本正是瞳美年幼时常与母亲一起阅读的书，在瞳美失去色觉后，七彩的企鹅绘本也成为瞳美唯一可以看见色彩的物品。

回到学校，瞳美主动和同学攀谈，并重新加入魔法摄影美术部，开启了拥有色彩的人生。而故事尾声时，瞳美独自到墓园追悼的未知坟墓，对象可能为瞳美的高祖母、曾祖父母、母亲、甚至是唯翔（依最终话唯翔开头之独白推测），然真相为何则留待观众自行想像。

每集列表

舞台设置

故事舞台位于虚构的见泷原（日语：見滝原／みたきはら Mitakihara）市。城中充斥着可能实现的新科技，因此剧中的现代世界充满未来感，许多建筑物以迪拜、美国、欧洲与日本群马县的真实建筑为范本。在设置中，见泷原是近几年新开发的地方都市，新兴住宅区毗邻人工的景观绿地以及小溪，郊外则有风力发电设施、水门以及工厂等。见泷原作为行政区，有时被称为“市”，有时则又是“町”，官方资料并未统一。

剧中世界设置了魔法少女与魔女的存在，但不为一般人知晓。然而，早在史前时代全世界就有许多魔法少女了，历史借由她们的暗中活跃而被推动，包括克丽奥佩脱拉七世、卑弥呼、圣女贞德等史实人物都在其中。此外，被魔女盯上的人，则会原因不明地自杀或杀人。

本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。

本作所谓的魔法少女，是以“可以实现任何一个愿望”的代价与QB交换契约后，背负着“讨伐魔女”此一使命的存在。象征魔法少女资质的魔法系数，则取决于该名少女拥有的因果量，资质较高者通常是一国之主、被称为救世主的人物。然而，主角小圆虽然只是平凡的中学生，却拥有神明等级的高资质。

魔法少女缔约时，会同时生成名为“灵魂宝石”的物品。灵魂宝石是魔法力量的泉源，可以感知魔女存在的位置，也有发动变身的功能。基本外型都是鸡蛋状，但平常也化为戒指状，变身后依各人状况，变化为外型相异的饰品，镶嵌于身上某个地方。

魔女是一种奇形怪状的异物，通常伴随一般人看不见的异世界“结界”以及部下“使魔”出现。魔女身上携有名为“悲叹之种”的黑色宝石，这是魔法少女消灭魔女的直接酬劳。

使用魔法会使灵魂宝石逐渐混浊失去光辉，即使完全不使用魔法，维持一般身体活动仍会一点一滴累积混浊。悲叹之种可以转移灵魂宝石的混浊，以便魔法少女可以继续活动。因此，魔法少女必须定期消灭魔女，以避免灵魂宝石变得混浊。

在续作《［新篇］叛逆的物语》剧中，首次出现与灵魂宝石不同的“黑暗宝玉”。这是由“fort/da”游戏的粉红线轴与灵魂宝石的碎片、加上人类感情的极致所构筑而成的。黑暗宝玉通常呈夹式耳环状，附着在晓美焰的左耳上，耳环中的宝石封印了小圆的力量。

情节展开

出身于良好家庭，亲朋好友团聚，有哭有笑，是谁都拥有的日常生活。就读市立见泷原中学2年级的少女鹿目圆，如此平凡地过着幸福的每一天。直至一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆的命运开始改变。

当天，小圆与好友美树沙耶香在返家途中，撞见一只伤痕累累，被焰所猎杀的不明生物丘比（QB）。风波过后，QB希望少女们和自己交换契约，成为“魔法少女”讨伐人类之敌。然而此后，随着残酷真相渐遭揭露，小圆的想法也一再受到冲击……

原本是平凡生活中的一天，整个世界发生异变，床主市街上出现大量如同丧尸般的死体，主角“小室孝”所就读的藤美学园也遭到死体的袭击。为了求生小室孝集结包含青梅竹马在内的一批人，在这如同地狱般世界中，过去的各种价值观及法律已毫无意义，为了能在这现实的世界存活下去，人们的自私、黑暗、疯狂开始渐渐浮现，主角一行人必须抛弃从前所谓的理想，面对残酷的现实，并在这崩坏的世界求得一线生机…

用语

床主市

故事发生的舞台，架空城市，临太平洋的100万人口规模的地方都市。拥有建于海上的大型机场，参照了北海道与九州的风土作为其原型。

藤美学园

位于床主市，主角就读的学校。

死体（奴ら）

死体的日文直译为“它们”，在本作中因为幸存的人们，不知如何称呼所以直接以“它们”称之，而在中国台湾角川书店出版的中文版翻译为“它们”。 (也叫活死人或丧尸)

死体如同丧尸，会袭击人，吃人。被咬到的人会在短时间内死亡，并成为死体的一分子，死体化后力量会增大至足以破坏一般门扉，并具有持久性，不会随时间而变弱。死体没有痛觉，在肉体受到损伤也无碍其行动，只要肌肉还能牵引骨头，就会一直活动下去，因此即使全身被火焰烧灼，只要物理上的运动机能还存在仍会继续行动，目前已知只要破坏头部就会停止行动。死体速度迟缓、仅依照本能行动，没有意识与情感且无法思考，可能没有视觉，却对声音极为敏感，目前仍然不知道死体是从何处开始出现。因此逃离死体也决非一件易事，因为已经死亡，所以其肉体也会开始腐败，虽然主人公们已有这方面的讨论，不过作中尚未针对这方面特别作描写，不过所有物种中死体只会攻击人类而不会袭击其他动物。之所以用“它们”为名，是为了使尚活着的人在自保的过程中说服自己，“它们”已经不是人，若不杀“它们”就是他们杀了自己，并使自己不认为自己是在杀人，而令自己的心灵不感到压力。

死体化

即为由人类变为死体时的名词。当人类被死体所咬死去后，便会立刻转化为死体。死去后少于三十秒内完成死体化过程。

当如果被咬后尚未死去，便会在1小时内不等成为死体。

目前没有方法阻止死体化。

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