现代日本出现“锈蚀之风”，以东京爆炸洞为中心，在全日本不断吹拂，风化一切事物，摧毁文明。锈蚀之风出现的原因已不可考。人类为了生存，在各县边界筑起防风高墙，围城在日本成为常态。而东京、埼玉等以前曾经繁荣过的城方，则已经成为“北埼玉铁沙漠”等人类不能生存的地方。锈蚀之风亦会令人类患上不治之症“锈蚀病”。

赤星毕斯可是人称“食人菇赤星”的“蕈菇守护者”。他为了寻求传说中能够医治锈蚀病的灵药“食锈”，跟师父贾维从群马前往忌滨。

“这是距今189年前(西历2167年)所发生的事，当时水蛇座β星(Hydrusβ)发生超新星爆炸，即使距离它20光年的地球也受到很大的伤害。充满着瓦斯的绿色宇宙，这我所知道的宇宙的颜色。不过我很想看看，从前的人们从地球抬头望天所见的宇宙的颜色，所以我要去Stellvia。现在是西历2356年……”

公元2176年，位于太阳系附近的恒星多鲁突然发生爆炸，巨大的能量使附近的宇宙空间充满了大量电磁波。太阳系也受到了波及，严重的电磁辐射使地球的自然环境发生了巨大的变化，变得不再适合于人类的生存。于是，人类开始了一场异常浩大的移民工程。

180年后，到了公元2356年，人类在地球、火星、土星、木星等各行星上都建立了巨大的宇宙基地，而为了在这些宇宙基地间建立有效的联络，在各行星之间还建立了许多太空站。

在其中的一座空间站上有一座名叫“星之路”的宇宙学院，这座学院的任务就是培养有能力完成特殊任务的少年宇航员。本作的主人公片濑志麻就是这座学院中的一名学生。刚进入学院，片濑志麻和其他学员一样对新的学习生活很不适应，但同龄人之间的友情使大家都得到了不小的帮助，生活也渐渐进入正轨。片濑志麻还认识了一个名叫音山光太的男孩，两人很快就成为了好朋友。而且，一种朦胧的恋情也渐渐的在他们之间产生。

平静的生活并没有维持多久，学员们开始接受严酷的训练，更有关系到地球存亡的重大任务让他们去完成，志麻和他的同学们能经受住这样的考验吗?

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故事发生在持续发生大规模杀人和猎奇杀人的社会中，其中调查组织“藏（也译作仓）”用着从罪犯的杀意（思想粒子）构筑的无意识世界（杀意世界）的系统（罔象女）与鸣瓢秋人在“井”（日语：イド）中的身份名侦探·酒井户，协助通过揭开井的奥秘来帮助追查追捕杀人魔的罪犯行踪，其中几个杀人魔的井中出现了同样面貌的以约翰·沃克为命名的人影。

里面的调查人员有能力进入杀手的潜意识，看到他们精神的碎片，而井是一种可以通过数字输入来收集有关杀手的受害者、犯罪现场甚至动机的线索的心理平面，当一个人通过“井”时，他们的视线和行动就像真实世界中的数字投影，供调查人员实时分析。

由于人的无意识思维很少被组织起来，井内的一切都呈现出破碎或象征性的状态，包括人和地点，只能由调查井内的人暂时拼凑在一起。此外，井只能由其他杀手进入。

虽然在井中受伤或死亡是可能的，但“名侦探”可以被移除并重新注入井中，尽管之前在井中的记忆将会消失。现场分析人员使用一种名为“稚产灵”的工具协助井调查人员，这是一种探测和收集细微的“思想粒子”的手持雷达枪，它是由一个人的杀人意图发出的。

扫描程序可以收集特定罪犯的杀人意图，并将这些信息添加到他们的井中。这有助于充实杀手的身份，以便进行更彻底的调查。此外，在井中遇到的受害者的记忆也可以为环境增加重要的信息。

在一切事情发生的两年前，鸣瓢秋人的女儿穆库被一名连环杀手残忍杀害，导致鸣瓢的妻子自杀。这些死亡促使他追捕并杀害了凶手，使他被判入狱。

后来他的任务是潜入各种连环杀手的井，期间他仍然为妻子和女儿的死亡感到沮丧和困扰，但他也以此为动力，认真对待自己的工作，帮助拯救其他连环杀手受害者。然而，鸣瓢分析杀手的心理弱点的能力也导致了多个连环杀手在监狱期间自杀，调查小组对此很警惕。然而，尽管如此，这表明大多数鸣瓢的同事都非常尊重他的工作。

另一边，在现实世界中追捕犯罪分子的新手现场外务分析官本堂町成为一个重要的人物，利用不顾自己的行动能力和洞察力，成功抓住了犯罪分子。但是，由于他在“挖墓”事件中表现出了自杀与杀人行为，因此被推荐转向了名侦探。井端从约翰·沃克监视杀人魔的痕迹中，寻找起藏成立以前的“单挑”事件的线索，让在事件中的杀死了杀人犯单挑，并产生了让本堂町潜入的井。井中还有个井，里面有一个叫飞鸟井木记的，亦是百贵救出并调查下落的杀人犯单挑的最后的受害者。