《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。

漫画

‘第一部’漫画于1992年至2001年间，在《周刊少年Magazine》上连载，由1992年10月28日开始，以《歌剧院杀人事件》为金田一一初登场的第一个案件，而《金田一少年敢死之行》最后一话则于2001年1月1日出刊，为第一部完结时漫画的最后案件，同年4月20日推出小说《邪宗馆杀人事件》，至此《金田一少年事件簿》‘第一部’告一段落。

1997年，在《银幕之杀人鬼》之后金成阳三郎退出漫画创作团队，原作由天树征丸担当，跟佐藤文也继续《金田一少年事件簿》的新故事。由《歌剧院杀人事件》开始至《速水玲香诱拐事件》为止的19个案件的长篇，组成了第一部“File系列”。而后的7个中篇及长篇的案件组成了第一部“Case系列”。

2000年末，随着“Case系列”最终回《金田一少年的敢死行》的结束，从1992年开始连续8年的金田一漫画连载画上了休止符。通常，“File系列”、“Case系列”、“Short File系列”、“明智系列”与长短篇小说等，被合称为“第一部”。

于第一部与第二部之间刊登了《旅行途中》短篇小说，简短的交代金田一一于第一部完结时的单车之旅所为何事，现在可以于金田一20周年官网中看到此文。

‘第二部’漫画是以3个系列构成，分别是“新系列”“20周年系列”“R系列”组成，以《吸血鬼传说杀人事件》为起点，直至R系列的《金一二三诱拐杀人事件》为止。

“新系列”---2004年夏，在同作者(天树征丸与佐藤文也)结束了《侦探学园Q》的连载后，2004年8月开始在《周刊少年Magazine》恢复不定期连载，距第一部完结时隔四年发表了《金田一少年事件簿》第二部的第一个案件《吸血鬼传说杀人事件》。由2004年8月18日开始连载的《吸血鬼传说杀人事件》至《游戏馆杀人事件》最后1话于2011年6月8日为止，之后的2004年-2011年间，不定期的连载了8个长篇案件以及7个短篇案件。由于连载不定期，虽然File编号依然延续，但没有官方的系列名，通常被称为“新系列”。

“二十周年纪念系列”---2012年《金田一少年事件簿》踏入20周年，漫画故事再次长期连载，而漫画亦由《食人研究所杀人事件》开始，以第1期为名称开始于2012年3月7日开始在《周刊少年Magazine》恢复长期连载(20周年系列)，连续推出了三个长篇及一个短篇作为“二十周年纪念系列”。直至《蔷薇十字馆杀人事件》于2013年4月17日连载完成最后一话，作为20周年系列的终点。

“R系列”---2013年11月，“二十周年纪念系列”之后，漫画宣布以《金田一少年事件簿R》为题连载再开，代表归来之意的Returns系列，可能会是一个较为长期而稳定的连载。《金田一少年事件簿 R》以《雪鬼传说杀人事件》作为起始案件于2013年11月27日开始连载，最后的案件为《金田一二三诱拐杀人事件》。

同一时间于手机程式MangaBox中连载《高远少年之事件簿》以及《金田一少年之2日1夜小旅行》。以不同漫画家执笔的官方补完系列展开，第一次由佐藤文也老师以外的漫画家——あわ箱作画，轻松搅笑向的《金田一少年之2日1夜小旅行》;以及由佐藤友生作画的《明智警部之事件簿》。

‘第三部’漫画以《金田一37岁之事件簿》为名，以《歌岛渡假村杀人事件》为起点，至今一直连载在讲谈社的Evening杂志连载中。故事主要围绕地狱傀儡师高远遥一及他的诡计执行者们跟金田一的对决。天树曾在作者的话中说《金田一少年事件簿》并未完结，所以再回到17岁的少年系列继续发展还是有可能，只是暂时仍未有相关情报。

“金田一37岁之事件簿”---《金田一37岁之事件簿》是《R系列》的后续故事，时间线现定在20年后，讲述37岁金田一所发生的故事。和第二部新系列相同，由天树征丸担任原作者，佐藤文也作画。并改由《Evening》连载。《金田一37岁之事件簿》以《歌岛度假村杀人事件》作为起始案件开始连载，到《杀人二十面相》篇连载完后暂时休载，目前未知复载时刻。

“三十周年纪念系列”---2022年《金田一少年事件簿》踏入30周年，漫画故事再次推出新作连载，并由《八呎乌村杀人事件》开始。