日本各地出现了异空间「魔都」──

由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力，

因此便由女兵组成了「魔防队」。

某一天，过着抑郁生活的男高中生──和仓优希不小心闯进了突发性产生的魔都入口，

在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香，　而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」

日本的御宅族文化在神秘组织“SSC”出现后遭到镇压，此时一位热爱御宅族文化的男子“御宅英雄”与仰慕他的三名魔法少女一起率领御宅族们挺身反抗SSC，双方展开一场壮烈的战斗。

2008年——因一股神秘的力量出现，

日本的动画、游戏、漫画、音乐、铁道、cos等御宅文化被消灭。

就这样，在维持秩序的「SSC」维护下，御宅文化几乎消失殆尽。

为了夺回御宅文化，比任何人还深爱秋叶原以及御宅文化的「御宅英雄」，

以及崇拜他的3名魔法少女「安那其」、「Blue」、「Pink」举起反旗。

舞台为2011年的日本，秋叶原革命军与SSC首领「SHOBON」展开激战。

与本作副标题相关的“秘密藏身处”，当莱莎与同伴随着冒险及故事发展到一定程度时，就可以使用作为莱莎与同伴的据点。除了可以关于炼金术相关的调合外，还可以随玩家喜好变动秘密藏身处的内部装设与据点的外观。根据不同种类的零件有部分能够提升使用角色的状态，在冒险时得到更好的应对。