故事背景始于自从开发FRACTALE系统(フラクタル・システム)成功后，人类不再需要工作就能生活下去。这样的乐园维持了千年，系统仍然运作，可是再没有人能准确解析系统的状态。居住在世上大部分的人类，依然相信只要系统维持运作，就能永远的幸福下去。可是随着某小岛的FRACTALE系统开始崩坏，故事进入序幕。

每天过着平淡生活的少年克莱因救下了因被人追赶而堕崖的少女芙琉奈。这次的偶遇使克莱因的心神起伏不巳，然而一晚过后芙琉奈却突然消失得无影无踪，只遗留了一枚胸针。芙琉奈说这是她笑容的泉源，看了克莱因婴孩时期的笑容后更相信胸针能守护着克莱因。胸针内封印着一个跟芙琉奈相似的女孩奈莎。克莱因与从胸针具现化的奈莎一起踏上找寻芙琉奈的旅途，终于发现FRACTALE系统的秘密......

用语

FRACTALE系统 (フラクタルシステム)

又称“分形系统”，为22世纪网络化的科学产物，是数量高达数兆的电脑的总称。通过植入体内的FRACTALE终端定期向浮空服务器传送生活数据，使所有人能得到基本的保障，并且赚取一定数量的收入。系统主宰著世界，造就了一个就算不工作也能保证生活、没有争端的世界。

浮空服务器

又称“Balloon”(气球)，漂浮在平流层固定点的高空浮动服务器中继站。

FRACTALE终端

微型装置，能植入人体内，能对人体的营养进行调节，也能培植药剂成分，防止人体患病。还能使人直接与电子分身沟通。可是会使人容易受跟收发器同步协调的影响。个体能除去FRACTALE终端以避免系统的监控，但同样会丧失系统所带来的利益。

星

实为卫星般的收发器，围绕着地球运转，主要用作数据连输(像现今的互联网)，也负责与植有FRACTALE终端的个体进行协调，当人凝视星时，就会自动获得当事人的数据。

奉星祭 (星祭り)

由修道院举行的“庆典”。与普通的节日不同，人们需要靠近向一条指向天空的天线，亦要凝视着在天线上方的“星”。修道院对外称参加奉星祭是为了获得星的庇护，但事实上是更新人体中的纳米机器，即“洗脑”，以使人们摒弃不必要的疑惑。另外，在更新过程中，装有FRACTALE终端的人都将无法移动。此外，附有FRACTALE终端的人可以带上特制的眼镜，以避免与“星”进行同步更新。

迷失千年运动 (ロストミレニアム運動)

是为了摆脱FRACTALE系统而诞生的运动。参与运动的有不同的部族，其中就包括以桑达(Sunda)为首的部族“格拉尼茨家(Granitz family)”，有关“格拉尼茨家”详情请参见格拉尼茨家。

修道院 (僧院)

由教士主理的教派，负责维护FRACTALE 系统。鼓励人民对星许愿，以协调人体。院内设有高科技武器，作防卫用途。

电子分身 (ドッペル)

名称取自德文doppelgänger的简称doppel，真实世界内以虚拟的层面互动地呈现一个人。大部分分身为真人创立的代替物，一般的电子分身外型以机器人为主，但也有例外，如奈莎的外型跟人类无异。电子分身能触碰及被触及，能拥有像真人般的感觉，但只有奈莎为唯一的例子。电子分身由数据组成，因此能渗透入电子显示屏，在任何地方随意出现。可是遇上电流干扰，分身便会消失。

皇历2010年8月10日，超级大国“不列颠帝国”为了夺取日本的地下资源而侵略日本，在不列颠帝国强大的兵器Knightmare进攻下，日本在不到一个月的时间内被征服。日本被剥夺了自由、权利甚至是国家的名字，不列颠帝国将“日本”改称为“11区”，“日本人”这名词则被11这个数字所取代。表面上看来不列颠帝国的统治似乎牢不可破，但其中早已出现了裂痕。

七年后的2017年，在生死边缘获得C.C.授予“Geass”的力量，立志要粉碎不列颠帝国的黑色皇子鲁路修，以及获得第七世代人型机甲兰斯洛特，立志从帝国内部进行改革的白色骑士枢木朱雀，影响了整个世界。

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在魔法仍存在的古代，因为人类滥用魔法相互争战而让世界陷入危机，千年前的七贤者便以生命作为代价封印了全世界的魔力。

魔术师的后代们为了取回魔力，每十年一次在满月时各自以魔石进入异世界，驾御自己召唤的魔偶战斗，只有最后一位胜利者才能成为掌控全世界魔力的首席魔术师。

主角小日向满月在一次红月之夜偶然误入了异世界，并认识了魔术师的少女新月·艾妮斯塔·深海，在战斗中满月召唤了自己专属的魔偶白百合（ホワイトリリー），并战胜了罗莎的魔偶(クレストアンス)，令罗莎的魔石碎裂退场。

之后新月和满月交谈才发现满月对魔法根本一无所知，甚至连自己是不是魔术师后代都不知道。

日常平凡没有才能的满月为了做一些只有自己能做到的事，决心成为首席魔术师而参加满月之战。

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