这是一个女王统治一个宇宙的世界……

这里是宇宙的中心，是女王居住的“圣地”

据说在女王的身边有着9位被称为了“守护圣”的神一般的男性侍奉女王。

本故事中登场的是两个宇宙……

在女王和“守护圣”守护下的——成熟，富饶而和平的“神鸟之宇宙”。

还有刚刚才诞生的“圣兽的宇宙”，在那里还没有守护圣，单单只靠王女守护着。

然而现在，危机正在步步逼近“圣兽之宇宙”……

17岁的少女安琪莉可，突然被选中成为拯救宇宙的“传说中的大英雄”。

对平时总会一个人发呆，认为自己什么也做不好的安琪莉可来说，

即将出现在她面前的圣地和“守护圣”等等都太过于耀眼了。

在这么巨大的使命面前，安琪莉可犹豫不决……

在9位“守护圣”的支持下，安琪莉可寻找新自我的旅程开始了……

私立樱才学园，原本是传统的女子高中，但因少子化问题影响，不得不改制为男女合校。作为改制后第一年入学的28名男性新生之一的津田隆利，偶然之下被拉入了学生会。在外人看来，学生会是美女如云的天堂。但是津田身边的三位学生会女干部：会长天草篠、书记七条天空和会计萩村铃性格都非常独特，尤其是会长和书记常常在正经事上突然开黄腔，甚至还无意间教坏了其他清纯的女学生。于是津田开始了他每天在学生会的吐槽生活……

《Kanon》故事主题主要围绕着五位少女，这些女孩的生活与同一位少年有关联。相泽祐一是一名高中二年级生，曾在来到游戏故事开始前7年来到故事的舞台“北国小镇”，当时佑一寄住在母亲的妹妹水濑秋子和她女儿名雪的家里。7年后几乎忘记该处记忆。之后他遇到几位少女，并慢慢恢复记忆。

名雪于第二天带他去城市各处。名雪虽然要买晚餐材料，但祐一不愿意和她一起，在等待之时与一名少女月宫亚由相遇，相处过后决定再次见面。几天后，祐一遇见泽渡真琴，虽然失去记忆却对他怀恨在心。泽渡真琴在街上倒下后，他带她回家，了解她的处境。水濑秋子暂时允许她与他们同住，但这与祐一想将她交给警察的做法不同。

与祐一的过去有关联另一个女孩是在高中三年级就读的川澄舞。于夜晚溜进学校和“魔物”战斗，虽然因为非常的沉默寡言又背负着孤独一人的战斗且深夜溜进学校和“魔物”战斗所造成的破坏而被周遭的人视为不良少女、问题学生。祐一遇到的第五位女主角美坂栞从小身体孱弱，从高中入学起也是长期缺席没去上学，但是偶而会穿着便服溜进学校里。祐一在学校注意到她后，开始与她交谈。