“祇园精舍钟声响，世间诸行总无常。沙罗双树花说法，盛极必衰是沧桑。”

平安末期。眼看平家一族将在权力、武力、财力等各方面极尽荣华。拥有看见亡者之眼的男人·平重盛，遇见了拥有看见未来之眼的少女·琵琶。少女预言道：“你们不久便要灭亡。”

由贵族社会转为武家社会——日本实现历史性变化的、动荡的15年拉开了序幕。

有着各种不同种族的的神秘世界ミスタルシア。由于想要征服世界的魔族侵略派的侵略行为而到处发生着战争，而人类、天界、魔族稳健派为了防止侵略派的世界征服而一起在世界各地战斗着。由此世界变成了由天界、人类、魔界及在暗处活动的“混沌之暗”同在的混沌模样。

在大陆上有这么一个传说，以前存在过拥有高魔法技术、并由此技术将大岛浮上天的超级大国“天上人”，而它现在留下来的只有各地的浮游城，而它以魔偶技术为首的魔法技术则沉睡于大陆各地。

故事发生在一个人魔神三个种族混杂的世界。两千年前，有着银黑色翅膀的恶龙巴哈姆特为这个世界带来濒临灭绝的危机。当时三个种族跨越隔阂通力合作，牺牲无数生命才把巴哈姆特封印。在恶魔与神族担当终极一击的主导下，封印的关键钥匙被一分为二，被两边分别掌握。接下来，世界经历二千多年的和平日子，但不知从何时开始，人类开始视巴哈姆特为至高无上的唯一存在，而恶魔与神族之间的战争亦没有停止。某日，某位少女夺走由神掌握的封印钥匙，世界的平衡于是开始被破坏。巴哈姆特的复活与咆啸，再度把世界卷入绝望的深渊

犬屋敷壹郎是个平凡的上班族，58岁的他为人懦弱，虽然为家人奉献心力，却得不到尊重，在得知自己罹患胃癌后，他在公园抱着宠物狗花子痛哭，碰巧和另一名少年狮子神皓一起被坠落的幽浮炸死，外星人将他们改造为机械，虽然外表如同以往，但全身强健且具有超凡的能力。犬屋敷在公园见到袭击游民的不良少年，挺身而出挡下攻击，救了人命的他因而感受到自己活着的价值，并立志要拯救更多人命。而和犬屋敷有着相同遭遇的皓却用超能力四处残杀无辜，借此感受自己仍是活着的人类，皓后来成为通缉犯，而走上相反道路的两人注定相遇。

皓的友人安堂直行无法认同他的恶行并与他绝交，安堂联络上犬屋敷，担任他的助手协助他练习使用能力。皓潜藏在暗恋自己的女同学渡边紫音的家中，他持续残杀无辜百姓以及在网络上批评自己的人，并向紫音坦白自己的心路历程，紫音哭着希望皓能留在自己与祖母身边，受到感动的皓停止杀戮并开始治病救人，但这不但让他走漏行踪，紫音和其祖母也被前来缉捕他的SAT重伤，皓在治好她们后，闯入警署展开大屠杀。

犬屋敷的女儿麻里长期与父亲不睦，她发现自己的父亲与安堂相谈甚欢，她尾随两人进入医院，发现父亲是救人无数的英雄，而父亲也非常支持自己成为漫画家的梦想，她因此对他改观。皓向日本宣战，随机杀害平民，让数十架飞机坠毁，犬屋敷尽力对抗，才让几架飞机得以迫降在海上。被因为坠机造成的火灾困住的麻里向父亲求救，犬屋敷在前往搭救的途中遇见皓，双方激烈交战，犬屋敷险胜之后救活了濒死的麻里，并将火场内的人一并救出，之后犬屋敷向家人坦白自己的超能力，一家人的感情变得比以往和睦。

NASA监测到一颗即将撞击地球的小行星，美俄中等国组成的团队竭尽全力仍无法阻止，尽管整个世界陷入目无法纪的状态，但仍有许多人发出求救的声音，因此犬屋敷决定为人类奋战到最后一刻。他飞上太空试图以爆炸偏移小行星的坠落轨迹，意外发现皓正在小行星上做与自己一样的事，皓表示即使是自己也有珍视的对象，接着便自爆，但这不足以影响小行星坠落。在犬屋敷向安堂表示自己将会返回地球后，他也自爆并成功炸毁小行星，成功保护了地球。此次事件之后，犬屋敷的儿子刚史学会反抗霸凌自己的人，麻里的漫画作品得了奖。