故事的舞台设定在一所寄宿制学校为了特殊目的设定的特殊班级“黑组”中，班上的成员全部都是名义上的归国转学生，但是她们实际上都是接受某项暗杀特定同班同学任务的杀手，来源背景也各不相同。

为争夺杀死万能许愿娘一之濑晴而战的杀手少女们治愈人心的故事。

故事的主角东 兔角(兔爷)是由另一所杀手学校培育的顶尖杀手，她也是接受学校的负责人的命令来到黑组准备暗杀事项的，但是在看到预定目标一之濑晴之后改变了想法，决定以一之濑晴的保护者身份站在舞台上。本身战斗力惊人，原在学校中唯一通过测试的人(有愧死结构,无法杀人)。虽然看起来像是男孩子，但是人家是女孩子，而且胸部是B。

另一位主角一之濑晴则有谜一样的背景，总是笑着的少女，总是据消息她的父母兄弟姐妹朋友全部因为她而死去了。本人也经历过非常多的谋杀之后活了下来，全身布满伤痕。

这样的一之濑晴依然发誓要从黑组活下来顺利毕业。虽然一开始就知道其他同学都是来暗杀她的，仍然在开学之初送给每人一个手工手机挂坠，希望能够与大家好好相处这样就不会有人再因为自己死去了。

高町奈叶(田村由香里 配音)是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺(水桥香织 配音)相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。

某日，一位名叫菲特(水树奈奈 配音)的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗?对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢?