在少年支仓孝平(小野大辅 配音)的记忆中，自己好像一直都在转学中，这样的遭遇使得孝平很难拥有一段长久且稳定的友谊。这一次，孝平转入了修智馆学院，这所全日制的寄宿学校为孝平晦暗的心情带来了新的希望，孝平决定，一定要在这所学校里交到要好的朋友。

很快的，热情善良的孝平身边就聚集了一群朋友们。阳光健气的千堂瑛里华(神田理江 配音)，娇小害羞的东仪白(峰岸由里香 配音)，沉默冷静的红瀬桐叶(鸣海绘里香 配音)，这些可爱女孩子们的存在丰富了孝平的课余生活，但在交往的同时，孝平也在不经意间发现了她们的秘密，这也为他进入学生会这“狼窝”奠定了基础。

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自西历20XX年，人类从肯尼亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立计算机程序以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)链接的链接实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完全从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。

到了四千多年后，在游戏开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔(后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔)所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。

另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Realian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲着索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

樱木雏子在紧张的时候会变成一个稻草人，不擅于讲话的她为了想在梦想的藤宫高中加入演剧社、变成一个健谈的人而下定决心前往东京念书。但不知道为什么她寄住的地方居然是一间旧书店，而那里居然有个把书本当美食吃的美少女?此时雏子也得知了此学校的演剧社处于休部状态，为了达成雏子的梦想，此时萩野千秋提议成立一个小型四人的剧团。

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