在这个女尊男卑的世界里，下级贵族家庭出身的里昂突然觉醒了前世的记忆，想起了这是他前世猝死前游玩过的女性向游戏的世界。转生为路人角色的他，因为得知自己可能被卖给某个贵族老太婆当成玩物，决定活用从游戏中得到的知识与讯息，取得了“失落物品”来改变自己的命运。

里昂虽然成功逃过被当成牺牲品的可能性，并进入贵族学园就读，却又陷入了不得不在求学期间找到结婚对象的大麻烦。同时他还发现原本应该属于主角的待遇与机缘，全被一名名为玛丽耶的少女给取代了。就这样里昂与游戏原本的女主角奥莉薇亚、原来是担当反派千金角色的安洁莉卡成为了同伴，开始了他在这个世界的故事。

某天地球上空出现了无数网球大小的孢子，这些孢子飘落到物体上便裂开，外表像蛇的生物从孢子中爬了出来。

其中一条“蛇”爬进了一间屋子里，并逐渐向一名熟睡的男子头部接近，然后从男子的耳孔爬入。男子随即惊醒，并且无法自制地五官扭曲，从口中发出“格格”的怪声。妻子因男子的怪异行为而惊醒，询问发生何事。而此时男子便静静地睡着了，不再有痛苦的表情或怪声，妻子也不再深究，不久亦入睡。

镜头一转，故事的主人公——平凡的高中生泉新一正在床上听着随身听，此时有一条“蛇”从窗外悄悄爬进屋中。但因为新一戴着耳机，“蛇”决定从鼻孔进入新一的头脑。新一因为有异物钻进鼻孔而打了个喷嚏，看到“蛇”的时候吓了一跳，并打算以报纸把那条“蛇”打死。正当新一全神贯注防备时，那条“蛇”突然跳向新一的头部，他本能地以右手阻挡，“蛇”于是钻进新一的右手里，并不断往上爬，新一立即以耳机的电线捆着手臂，阻止“蛇”的行动。就在这时，被新一房里的声响吵醒的父母走进房间，他们对新一所说的有蛇钻进他手中表示怀疑。新一亦在此时发觉右手已无异样，不觉得痛，因此也上床就寝。

到了早上，镜头回到被“蛇”钻进耳朵的男子，只见他在镜子面前，不断做着各种各样的奇怪表情。不久妻子叫他要吃早饭再去上班，该男子突然双手按著妻子肩膀，口中慢慢地吐出“吃…早…餐…”三字。只见男子的头部突然裂开，宛如盛开的百合，带着成排的尖牙，整个朝妻子咬噬而去，妻子顿时身首异处，血花四溅。

镜头回到右手被入侵的新一，自学校回家的途中，他的右手也开始变得怪异，例如自行变换形状、不听使唤地四处扰人等等。右手甚至在电车上惹火了一群不良少年，又自动把他们全部收拾了，新一感到异常惊愕。回到家后，他尝试以小刀插向右手，却发觉右手已没了感觉，而在此时，右手的食指和中指之间突然裂开，变成了一张淌血的嘴，中指和无名指变成了眼睛，那“右手”甚至口吐人言：“遗憾…我…右手…失败了。”新一问道自己的右手在哪，那生物表示右手被它吃掉了，新一打算再次以小刀攻击它时，它动作利落地把小刀接下并把部分刀片折了下来，射向新一背后的天花板，吓得新一浑身颤抖。它告诉新一自己还不太会说话，希望新一教他。

从此开始，新一就与这奇怪的生物共存，虽因无法向任何人吐露真相而非常困扰，他与这生物之间的关系却也渐渐起了微妙的变化。同时，这生物的同类也接连出现在他们面前……

圣玛格诺利亚共和国每天都遭受着邻国“帝国”的无人兵器“军团Legion”的侵略。万幸的是，共和国也成功研发出同型兵器以应对其攻势，并勉强在没有人员伤亡的情况下，化解了来自邻国的威胁。

明面上确实没有人员伤亡，可是，实际上伤亡者并非为零。因为在共和国85区之外，还存在着一个不存在的“第86区”，而被烙上“86”印记的少年少女们会驾驶着“有人驾驶的无人机Regios”，并日以继夜地战斗着。

率领着年轻士兵昂首迈向黄泉的少年辛，与从大后方通过某种特殊的通信手段指挥着他们作战、名为蕾娜的少女指挥管制官(Handler)，发生在他们两人之间激烈又悲惨的战斗以及离别的故事，在此拉开帷幕。