东京篇

主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)

京都篇

前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)

漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。

追忆篇

故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)

OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。坊间对此等手法毁誉参半，例如其血腥露骨的场面可能不适合原作的主要读者(小学生、中学生)，但亦得到一般未看过原作的人支持。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。

人诛篇

雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动(在上海流浪垂死之际被好心日本家庭收留，却因为只想练能攻克剑心武功的念头而杀死对方一家并取走武功秘笈单刀法而自练出倭刀术以及其绝招虎伏绝刀势)。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)

番外篇

结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。

第零幕

2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。

北海道篇

2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。

这是勇者一行人打倒魔王之后的故事。

人类族的勇者欣梅尔、矮人族的战士艾冉、人类族的僧侣海塔、精灵族的魔法使芙莉莲，结束长达十年的冒险旅程，作为英雄凯旋归来，并接受国王表扬。他们刚好遇上50年一 遇的流星雨，四人组相约50年后再度相聚观看难得一见的流星雨。但在芙莉莲和昔日的冒险伙伴依约再会欣赏流星雨的当夜，伙伴的逝世让长寿的芙莉莲感受到生死无常，也让芙莉 莲开始深入探讨生命的意义。

回响

本作获得《这本漫画真厉害!2021》男生篇第2位、全国书店店员推荐漫画2021的第2位、漫画大奖2021的第1位、第25届(2021年)手冢治虫文化奖新生奖 、下一部漫画大奖2021纸本漫画类别的第3位。

本作单行本第1卷在2020年8月18日发售，在当年开始发售的漫画单行本第1卷中销量排名第6。截至2021年3月，系列累积发行逾200万本。截至2021年11 月，系列累积发行逾400万本。截至2022年2月，系列累积发行逾560万本。截至2023年3月，系列累积发行逾800万本。

故事设定在第二次世界大战后，日本的国家主权受制于美国。90年代中期。日本首都制药公司在大脑机能领域开发出了新药。新进和平塾得知后开始推行雅典娜计划。共聚集了26个小于5岁的孩子，人工培养出类学者症候群。但药物严重的副作用导致孩子相继死亡，最终计划以失败告终。在这些孩子中NINE和TWELVE一起逃出了试验基地，而未曾逃走但幸存下来的FIVE则秘密被美国政府收留。

长大后NINE和TWELVE于某日在青森县的核废料处理设施中合同抢走了秘密开发的雏形原子弹，之后他们二人以斯芬克斯的代号针对参与了雅典娜计划的政府官员进行复仇。于是他们成功地炸毁了东京都厅的部分建筑，以此向社会引起警示。

半年后，暑假即将开始前的夏日里，先前不明身份的两人化名为九重新(其中九代表9)的9与久见冬二(日语中“冬”与10读音相同，二则指2)的12以转校生的名义来到一所高中，但不久又离开，期间他们在一栋大楼制造了恐怖袭击事件，并以此为某一计划的开始。之后两人开始以斯宾克斯(スピンクス)为名，在城市制造炸弹袭击事件(并未伤及人员)向他们所憎恨的已终止进行的“雅典娜计划”的策划者及执行者复仇，为此展开了与日本警视厅(特别是柴崎健次郎)的对战。

雅典娜计划(アテネ计画)

在90年代中期，专门从事脑机能研究的日本首都制药公司偶然开发出一种新药，成为一切的开端。新进平和塾看中他们的研究成果，于是就策划出“雅典娜计划”，毫无保留地投放大量研究费用和最优秀的人才。该计划成立的最终目标就是要用人工的方法，培育出一群有近似学者症候群的小朋友，换句话说就是他们想制造出一群人工天才。

不过那种新药不是对所有人都有效，只是对在成长期，即是五岁以下的小朋友才有效。因此主导这个计划的团体-新进平和塾，便为全国五岁以下的孤儿进行智能测试，将通过测试的小朋友召集回来。最后一共集合了26个小孩进行计划，他们全都是白老鼠。他们把那个地方称为“租界”，在那里进行实验。那里的小孩全都没有名字，因为是用实验号码来称呼他们。

不仅如此，新药的药效不是普通人的肉体和精神能够轻易承受。很多实验体的身体支持不了，又或是精神上出现严重问题，结果大部分都受不住而死掉。到最后，雅典娜计划以失败告终。

美国政府发现了这计划后随之介入，于是计划被迫于7年前被迫终止。实验结束之后，只Five存活下来，被美国机构接收，NINE和TWELVE则8年前(计划终止前一年)于“租界”放火，破坏保安系统，并且翻墙逃出。

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