名为“HUGE”的巨大生命体出现在近未来的地球，人类面临毁灭的危机。

于是人们开发了名为“CHARM”的决战兵器。CHARM对于十几岁的女性显现出高同步率，而能够操纵CHARM的女性被称作“莉莉（LILY）”并逐渐被视为英雄。为了对抗HUGE而成立的莉莉养成机构“GARDEN”设立于世界各地。

这是在这些GARDEN当中，以成为出色的莉莉为目标而战的少女们的故事。

故事发生在未来世界之中，彼时，一种凭空出现的名叫“HUGE”的生命体让人类的命运走到了濒临灭绝的边缘。就在此时，世界各国联合起来发明了能够同HUGE抗衡的武器，而只用这些武器的少女面则被称之为莉莉。

很快，在世界各地便建立起了培养莉莉的专门学校“Garden”，每个学校都有着自己的名字和特点，我们的女主角一柳梨璃（赤尾光 培养）便就读于百合丘女学院。待人冷淡极具个性的白井梦结（夏吉优子 配音）、含着金汤匙出生的千金大小姐努韦尔（井泽美香子 配音）、拥有超高智商和广阔的知识面的二川二水（西本里美 配音），在学校里，梨璃结识了这些并肩作战的同伴们。

每集列表

舞台设置

故事舞台位于虚构的见泷原（日语：見滝原／みたきはら Mitakihara）市。城中充斥着可能实现的新科技，因此剧中的现代世界充满未来感，许多建筑物以迪拜、美国、欧洲与日本群马县的真实建筑为范本。在设置中，见泷原是近几年新开发的地方都市，新兴住宅区毗邻人工的景观绿地以及小溪，郊外则有风力发电设施、水门以及工厂等。见泷原作为行政区，有时被称为“市”，有时则又是“町”，官方资料并未统一。

剧中世界设置了魔法少女与魔女的存在，但不为一般人知晓。然而，早在史前时代全世界就有许多魔法少女了，历史借由她们的暗中活跃而被推动，包括克丽奥佩脱拉七世、卑弥呼、圣女贞德等史实人物都在其中。此外，被魔女盯上的人，则会原因不明地自杀或杀人。

本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。

本作所谓的魔法少女，是以“可以实现任何一个愿望”的代价与QB交换契约后，背负着“讨伐魔女”此一使命的存在[42]。象征魔法少女资质的魔法系数，则取决于该名少女拥有的因果量，资质较高者通常是一国之主、被称为救世主的人物[43]。然而，主角小圆虽然只是平凡的中学生，却拥有神明等级的高资质。

魔法少女缔约时，会同时生成名为“灵魂宝石”的物品。灵魂宝石是魔法力量的泉源[44]，可以感知魔女存在的位置[42]，也有发动变身的功能。基本外型都是鸡蛋状，但平常也化为戒指状，变身后依各人状况，变化为外型相异的饰品，镶嵌于身上某个地方。

魔女是一种奇形怪状的异物，通常伴随一般人看不见的异世界“结界”以及部下“使魔”出现。魔女身上携有名为“悲叹之种”的黑色宝石，这是魔法少女消灭魔女的直接酬劳。

使用魔法会使灵魂宝石逐渐混浊失去光辉，即使完全不使用魔法，维持一般身体活动仍会一点一滴累积混浊[45]。悲叹之种可以转移灵魂宝石的混浊，以便魔法少女可以继续活动。因此，魔法少女必须定期消灭魔女，以避免灵魂宝石变得混浊。

在续作《［新篇］叛逆的物语》剧中，首次出现与灵魂宝石不同的“黑暗宝玉”。这是由“fort/da”游戏的粉红线轴与灵魂宝石的碎片、加上人类感情的极致所构筑而成的。黑暗宝玉通常呈夹式耳环状，附着在晓美焰的左耳上，耳环中的宝石封印了小圆的力量。

情节展开

出身于良好家庭，亲朋好友团聚，有哭有笑，是谁都拥有的日常生活。就读市立见泷原中学2年级的少女鹿目圆，如此平凡地过着幸福的每一天。直至一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆的命运开始改变。

当天，小圆与好友美树沙耶香在返家途中，撞见一只伤痕累累，被焰所猎杀的不明生物丘比（QB）。风波过后，QB希望少女们和自己交换契约，成为“魔法少女”讨伐人类之敌。然而此后，随着残酷真相渐遭揭露，小圆的想法也一再受到冲击……

如月伸太郎，因为居住在其电脑中的电脑少女Ene恶作剧而使键盘及鼠标故障，为了添购替代品而中止长达两年的自宅守备任务，与Ene一同出门，不巧在百货公司被卷入恐怖份子策划的事件。

另一方面，如月伸太郎的妹妹人气偶像如月桃也正处于逃避疯狂人群的窘境，碰巧遇上拥有遮蔽目光能力的目隐团团长木户蕾。因为自己吸引目光的能力而苦恼的如月桃，认为木户蕾有能力治疗自己的体质而加入目隐团。由于小樱茉莉的失手使如月桃的手机故障，木户使用能力协同几人前往百货公司，正巧遇上事件，然后如月伸太郎就加入了目隐团......

主舞台在于じん的居住地千叶县柏市附近。 本作存在不同路线(Route)的设定，音乐、小说、漫画、动画四种媒体的情节均有不同。此外各媒体形式内部也存在路线分歧。

歌曲路线

以《目隐都市的日子》和《目隐都市的纪录》两张专辑与《孩童记录》单曲中收录的共26首乐曲所构成的路线。已经完结。 以《人造敌人》为开端，《孩童记录》与《夏日记录》两曲为OP与ED。

ROUTE 1

首见于歌曲“回忆补时”。以穿着红色夹克的Shintaro作为代表，而其阻止了kuroha(目冴蛇)的自杀。后获得目烙的力量，并将Ayano从阳炎中带回，并阻止了目冴之蛇的计划。

ROUTE XX

首见于歌曲“回忆补时”。以穿着黑色衣服的Shintaro作为代表。在本路线中，Shintaro在杀害(删除)了Ene后用剪刀自杀。

ROUTE BADEND

首见于歌曲“界外科学”。在这个路线中，Marry以外的目隐团全员被目冴的蛇所杀害。

小说路线

小说《阳炎眩乱》中涉及的路线，章节名与乐曲对应，但剧情有所分歧。全8卷。

漫画路线

漫画《阳炎眩乱》中涉及的路线。初始时与小说路线剧情近似，但中段世界观重启之后剧情重新开始，现在的剧情与其他路线迥异。全13卷。

动画路线

动画《目隐都市的演绎者》中涉及的路线。与乐曲路线大致对应。全12集。

每集列表