日俄战争结束后的1907年冬天，原隶属陆军第一师团士兵杉元佐一因服役期满退役。受了于1904年（明治37年）战死的同乡战友遗嘱“请治好我妻子的眼睛”之托，故而需要大量金钱的杉元，听闻北海道的河川充满沙金，便只身前往北海道淘金。在淘金时，杉元偶然听闻一起牵涉到约值八亿日圆的黄金劫案。
之后，杉元遭到熊攻击，在击退熊的过程中，结识了阿伊努族少女阿席莉帕，而阿席莉帕的父亲正是死于那起抢案的其中一人。为了探寻父亲身亡的真相，阿席莉帕同意与杉元共同行动：由自战争中生还的杉元负责战斗、因阿伊努信仰而不愿意杀人的阿席莉帕，则运用阿伊努人的智慧负责追踪与野外求生。这特别的二人组就此踏上追寻黄金的险恶之旅。
舞台是2011年的美国佛罗里达州，空条承太郎的女儿空条徐伦因为谋杀罪而被囚入州立监狱“水族馆”。她得到从父亲那里取来的护身符，并获得了替身能力。她在监狱里结交了伙伴艾梅斯。徐伦的父亲承太郎前来探监，告知徐伦她的入狱是DIO的部下约翰格里‧A所陷害，但他们并不知道这事实上这是监狱内的神父──普奇神父的阴谋，普奇神父用他的替身白蛇偷袭徐伦，承太郎为了救女儿而失去替身和记忆、陷入假死。徐伦在寻找真凶的途中结识了伙伴：为报杀姊之仇而刻意入狱的艾梅斯、由女囚生下的小孩安波里欧、有感情与意志的浮游生物F‧F、杀人犯安那苏和失去记忆的天气预报。
随着故事的进展，普奇神父的目标也更为明确。在第三部的故事之前，普奇与DIO相遇了，DIO对普奇提到了“上天堂”的概念，他认为精神的力量会不断进化，最后所抵达的境界就是天堂，并写下具体做法。而在第三部故事之后，普奇按照DIO的方法进行计划，他首先取得了DIO的遗骨并因此获得了DIO的力量、接着他在新月的夜晚前往一个指定地点。由于DIO与乔斯达家的血脉相连，间接使得徐伦知道他的目的地是卡纳维尔角。
徐伦、艾梅斯和安波里欧逃狱后成功“复活”了承太郎，而安纳苏与天气预报也跟随在后。徐伦与她的伙伴对抗DIO的三个儿子，这导致天气预报取回了自己的记忆并战败被杀。徐伦等人最终追上了普奇神父并试图与他抗衡，但普奇神父已经完成了DIO的指示，进而让自己的替身进化成“天堂制造”。天堂制造可以让时间加速，在加速期间，普奇杀死了徐伦、承太郎、艾梅斯、安纳苏。当时间到达宇宙的尽头后产生了新的平行世界，在这个世界中所有幸存的人类都能预先了解自己的命运，进而对此觉悟，而这也是普奇神父所坚信的幸福。在平行世界中，安波里欧也借着天气预报的能力杀死了普奇，只有安波里欧一个人成功活到新世界，新的故事也即将展开。
第一部
公元199X年，世界受到核武器的洗礼，绝大多数的人类遭到灭绝，国家的机能丧失，导致整个世界陷入暴力的支配之中，而在这块世纪末大地中主角拳四郎将成为救世主并缔造传说。拳四郎在荒漠旅行时因缺水及疲惫而倒在一座村庄，村人们因怀疑他是暴力组织“Z”的成员，将他押入牢房。在牢中结识原为小偷的帕德以及看守的女孩琳儿。村人在检查拳四郎的身份时，发现他的胸口有北斗七星形状的伤痕，便认为这是不祥之兆。不久Z党来袭击村子，村中自卫队被残杀，琳儿更被对方首领抓为人质，危急中破牢而出的拳四郞施展北斗神拳摆平Z党老大，平安救出琳儿，保住村子。之后拳四郞离开村子，继续旅程，帕德因为崇拜拳四郞而跟他同行。旅程途中在交换站发现琳儿被关在由以前特种部队所组成的组织“神国”，之后顺利救出琳儿也摧毁了组织。之后来到帕德的故乡，见到义母朵洋婆婆，在帮忙的时候遇到飞车党头目杰卡鲁来犯，朵洋婆婆为了保护孩子而死，大怒的拳四郞制裁了飞车党全员，为了安置朵洋婆婆所收养的孩子，拳四郞受委托来消灭“牙一族”组织，并结识了南斗六圣拳之一“南斗水鸟拳”的雷伊以及酷似尤莉亚的麻米亚。
拳四郎和雷伊联手消灭牙一族，替弟弟被杀的麻米亚复仇，并救出雷伊的妹妹艾丽。经两兄妹得知有人假借他的名义破坏消息北斗神拳的名声，推测其为三师兄杰基。拳四郎杀死杰基后意外其余两位师兄还活着。就在打探到二师兄托席成为杀人魔的消息，发现二师兄却难以制裁他，此时雷伊赶来揭穿他的真面目，他是南斗六圣拳的阿米巴，假冒托席之名研究人体身上的经脉穴道，将其制裁后继续打探二师兄的行踪。麻米亚查出托席被关在卡山多拉监狱，于是拳四郞一行人前往此处，拳四郎和托席重逢后，托席透露拳王就是两人的大师兄雷奥。雷奥骑着巨马前往琳儿他们所在的村子大肆破坏，回到村中的雷伊在盛怒之下挑战雷奥，但却被他点中“新血愁”穴道，生命仅剩下三日。拳四郎出手攻击却也不敌，甚至无法让雷奥下马，托席出面搏命一战，让拳四郎领悟“柔拳”的精髓，但托席久病的身躯不堪负荷，拳四郞不得不出手力抗雷奥，却因体力不支而惨败，雷奥骑马离去。雷奥因之前的激战而静养。南斗六圣拳中最强的“帝星”－沙乌刹趁隙崛起，奴役大量孩童为自己修建“圣帝十字陵”。但拳四郎初战沙乌刹时却不能伤他分毫，战败被俘后，修武之子希巴舍命救他，重伤的拳四郎回到修武的基地。沙乌刹的部队发现了修武的基地，修武挺身而战，却被沙乌刹以人质威胁，最终被沙乌刹刺杀。悲愤的拳四郎解开了沙乌刹的身体之谜，之后击败了他，而见证对战过程的雷奥则与拳四郎缔约再战。托席决定和雷奥一决生死，但病入膏肓的他无法成功，雷奥基于兄弟之情没有痛下杀手。
第二部
核战前的政府首脑“天帝”复权，但其暴政的阴影再度笼罩世间，民间反抗组织“北斗军”揭竿而起，他们的领袖就是长大后的帕德和琳儿。然而相较之下北斗军的力量是如此薄弱，人民的心中一直呼喊著英雄归来。在帝都的掌握实权的沙乌总督，借词雷奥和沙撒奥等的恶行，以天帝之名要把北斗和南斗抹杀，到处派兵追杀两大派的门人。而一个使用自创“喧哗”拳法（打架拳法）的赏金猎人艾英（アイン），被雇去对付拳四郎时，一交手下知道拳四郎的武功盖世便在第一招失手投降，后同门胁持其女儿再对拳四郎挑战，其救出女儿明日香后，决意加入北斗军并为表示诚意，协助他们救出两名被囚的南斗圣拳高手Harn兄弟。
天帝军出动了他们的秘密武器，以秘传拳法威力超越过北斗和南斗的“元斗皇拳”的将军们，这是唯一直接以斗气为主要攻击手段的拳法，可以轻易隔空杀人的最强拳术。为的是捕杀南斗北斗的高手们。绰号“金色之狼”的主将法鲁克（ファルコ）找到了北斗军的大本营正要围攻，而拳四郎去和北斗军会合时，被副将紫光的索利亚阻挡着挑战。北斗军受到天帝军主力围剿时，被Harn兄弟和艾英相救，而Harn兄弟的南斗双鹰拳即使以二敌一仍然不敌法鲁可的元斗皇拳战死。拳四郎打败了索利亚后会合了五车星中海的里哈克，知道了法鲁克的秘密，便决心找天帝会面谈判。天帝军得知真相后，也为法鲁克与拳四郎的对决划下休止符。
但总督的长子假装受伤把琳掳走，去到邻近的封闭地区“修罗之国”，图引强大的修罗军消灭拳四郎和法鲁戈。
修罗之国的守军俘虏并处死总督的长子后，把琳儿献给了郡将-凯杰鲁（カイゼル），而法鲁戈和不知名的修罗守将同归于尽。琳儿所见那里的实况是：战士以斯巴达方式教育人民从小习武，一切社会地位皆以武力高下定夺。一般人民平时不允自行在公众场所表露真面目和公开真实姓名，获得社会承认的高手都会被称为修罗（亦是“修罗之国”之名的起源），才可公开自己外表姓名和拥有土地。男童所受的教育，是要和同年龄的人间被逼真实以死相博。而各将军更会定期举办血腥的比武，吸引修罗参加争夺地位。
拳四郎进入内陆后沿途不断有修罗挑战，都被拳四郎给轻易打倒，并救出因宣扬爱与和平而被修罗所捕的少女蕾亚（レイア）。在他救出琳儿时和郡将凯杰鲁战斗时杀死对方，凯杰鲁死前说过在修罗之国最大势力和武功最高的，同样使用北斗琉拳的三大罗将会追杀他。而琳儿为了改变这修罗之国的局面，决定支持他的做法假意被罗将邦（ハン）所捕。拳四郎为了救琳儿和可汗决斗，守卫们误会他是雷奥。以为他将引领大军全面进攻本国，便把大量红色颜料倒进河中给外界知道警告。??对琳儿无意中说出幼时，雷奥曾经承诺将来会到这里改变这个社会的现况。
在击毙第三罗将汗后，得知道第二罗将是拳四郎的亲兄雄武，而第一罗将加奥是雷奥和多奇的兄长，加奥因为母亲的死和家族被逼当北斗宗家的奴仆，便把雄武洗脑而雄武更击杀了试图说服自己和拳四郎合作的师父十庆。加奥后绑架了玲和击败欲救玲的拳四郎。但被??和海盗救出拳四郎，而海盗都被加奥所杀了。为了对付拳四郎加奥杀死自己的妹妹兼雄武的未婚妻与嫁祸拳四郎，试图诱使雄武和四爷斗过两败俱亡后独霸修罗之国。另一方面加奥对玲解释雷奥传说是加奥所散播，使到本地人更为害怕外来人的干涉。最后当雄武和拳四郎跟宗家的守护者黑夜叉死斗时，??击伤了雄武使其发觉真相，所以加奥在领会北斗宗家拳和击杀??后，刻意把玲失忆和放逐下，引拳四郎进母亲墓地所在的石阵中决战，结果反而被拳四郎想到的新战术所败，拳四郎并指出加奥其实也是宗家的后人。而雄武和黑夜叉为了保护玲与加奥陆战队作困兽之斗，黑夜叉阵亡时被柏德带领的北斗军所救。
最后，柏德带着濒死的雄武和玲到拳四郎和加奥所在，雄武和加奥原谅对方相拥而逝，而拳四郎把玲交托给柏德，分头离开修罗之国。
接着去找寄养在友人处的雷奥之子--辽（リュウ），打算将他培养成北斗神拳的继承者，但发觉该地方受到一个前雷奥的部下可玆侵占并屠杀，可兹以人质威胁很多人（包括原雷奥军的将领柏卢嘉〔バルガ〕）开垦荒地或看守农场，再以剩余的食物作为扩充势力的本钱。拳四郎决心救出被可玆关起来的人们，要辽和可玆亲自对决。两人到达一个环山包围的内陆国萨梵，在核战后成立的新政府的年迈国王阿萨姆，居然把一套不见经传的大乘南拳使得出神入化，但其实察觉到拳四郎秘密的小公主沙娜表露身份，指出王族的三兄弟（加尔、布哥、撒多勒）阋墙危及了国家的安全，而阿萨姆王又身患不治之症无法讨伐叛乱的蛮族。国王接见了拳四郎后请求他教训三位王子，便亲自率兵扫平蛮族，同时拳四郎证明了三位王子的学艺不精，他们便亲自上阵协助父亲。但在胜利在望时，国王病发而逝和长王子被敌人谋杀。国家恢复和平时，三王子决定放弃跟二兄争夺王位，改为找未婚妻即邻国的雪莉公主结婚。
拳四郎随三王子到了北方的邻国布兰嘉，只见一个自称“光帝巴南”的神棍藉北斗系的拳法招摇撞骗和控制国政，他更劫持了雪莉公主和其他贵族或高官，以各种魔术使军队相信他是超越神话的英雄。拳四郎便找巴南对质，巴南明言自己跟雷奥学过北斗神拳，他口中充满了对雷奥的美化和夸张，于是辽便说明了真相而后巴南大败于拳四郎。事后他接受了政府军的法律审判而处决，三王子和雪莉重逢。拳四郎认为他没有东西能再教辽之后便独自离去，辽最后跟着柏卢嘉等人一同生活，并立志超越父亲雷奥。
终章
回归独自一人旅行的拳四郎，在旅途中失去了记忆。另一方面，原以为能够过着幸福快乐的日子的帕德和琳儿，帕德却认为琳儿是因为凯欧点她的“死环白”穴开眼后第一个看到他才会喜欢上他，认为这份爱不够真实便去除了琳儿的记忆，试图让琳儿重新喜欢拳四郎。途中遇到了失去记忆的拳四郎，帕德故意丢下两人独自离去。这时之前拳四郎的手下败将普勒纪（ボルゲ）要找拳四郎复仇，帕德不想让失去记忆的拳四郎受到影响而把自己装成拳四郎，不敌普勒纪遭到虐待。后来拳四郎与琳儿抵达现场，尚未完全恢复记忆的拳四郎眼看就要死在普勒纪手下，帕德发出真情呐喊拳四郎的名字使拳四郎恢复记忆，打败普勒纪最后由帕德击杀。后来琳儿看见帕德温柔的眼神也跟着恢复记忆，但帕德因伤势过重而死亡。原打算跟拳四郎一起旅行的琳儿，最后认知自己应该爱的是谁，决定守帕德一辈子的墓后与拳四郎告别。就要将帕德的遗体运至墓地时，才发现帕德未死，拳四郎点了帕德的穴救活了他。