本作品叙述一名普通的男子国中生西片，和一位古灵精怪的女同学高木同班且座位相邻，两人之间打打闹闹的日常校园生活。他们平时坐在教室后面的位子、回家行经的路上、空地等等，都是他们经常用来互相较劲的地点。

高木经常捉弄迟钝的西片，把他耍得面红耳赤。尽管西片总是想着设法对高木捉弄回去的主意，但始终在反应机灵的高木面前以失败告终。而在高木的内心里，其实暗恋着西片，她盼望着有一天，西片能够了解到她内心对他的真正想法并主动回应。

对于动画版本高木同学的表现上，作者山本崇一朗是选择放手让制作团队尽情发挥，唯一提出的请求是，不要让观众会有高木的捉弄行为是出自于恶意的感觉。

因原作漫画本身是单元剧的形态，导演赤城博昭一开始打算让动画版像是《哆啦A梦》那种在剧情上不会让观众有时间变化的模式。之后赤城博昭为了取景，前往了小豆岛一趟，在经历一场收获丰富的旅行后，赤城博昭改变了想法，要让作品带有写实的味道，并添加高木与西片心境上逐渐转变的过程。为了让剧情能有时间上的变化，赤城博昭重新整理了原作漫画各章节内容，设法找出各章节里刚好能互相对应的细节来整合剧情。例如在第1季第12集《入学式》(入学式)中回忆过去新生入学时，西片因捡到高木遗失的手帕，而有机会与高木相识的情节里，就是与先前第六集的《暑假第一天》(夏休み初日)里，高木借给西片使用的手帕是同一条东西。

考虑到如果动画一整集30分钟里都是高木与西片两人的对手戏，内容可能会不够丰富，赤城博昭想到在原作里客串的美奈、早苗、友加里三名角色，有专属的作品《明天星期六》，便采用《明天星期六》的一些章节内容，作为穿插在动画各集里的小剧场。

在某块土地上，宝石人和名为月人的敌人作战，月人企图将宝石人带回月球。统领宝石人的金刚老师将编纂博物志的工作交给较弱的磷叶石，为了搜集资料，磷叶石被推荐去寻访带有毒素的宝石辰砂。尽管辰砂因为毒素会破坏大地而不愿战斗，他仍为了保护磷叶石而击退月人。次日，磷叶石驳斥了辰砂希望被带到月球的愿望，发誓自己可以找到适合辰砂的工作。

在一次战斗中，磷叶石被类似蛞蝓的生物吞食，辰砂找到了使他复原的方式，而磷叶石则发现自己有能听懂蛞蝓状生物温特里克斯斯的话。温特里克斯斯表示自己是安多米拉比利斯一族的王，还透露过去曾存在这片大地上的人类已分裂成三个独立的物种：象征骨的宝石、象征肉的安多米拉比利斯一族和象征魂的月人。温特里克斯斯想将磷叶石交给月人以换取自己被俘虏的弟弟，磷叶石获救后原谅了他，但也因此失去双腿。在安装上自温特里克斯斯得到的玛瑙碎片制成的新腿后，磷叶石发现自己能跑得非常快，并因此开始参与战斗，但光是巡逻任务就让他疲惫不堪。

冬季来临，除了原本就只能在冬天活动的南极石、睡不着的磷叶石和金刚老师以外，所有宝石都在冬眠。磷叶石被浮冰的声音引诱，落入水中后失去双手，他将一些金和白金做为替代品，但金和白金失控并开始吞噬磷叶石，此时月人袭来，南极石为了拯救磷叶石而被捉，磷叶石控制了新的双手并试图救回南极石，但却没能成功。磷叶石因为失去南极石而感到痛苦，个性也比以往更加内敛，随着春天到来，他已经掌握新的手臂并足以单独对抗月人，而他也因为金手臂受其他宝石瞩目。随着失去双手，磷叶石疑似失去关于辰砂记忆。

磷叶石的行为引起黑钻注意，黑钻希望他成为自己的伙伴，取代原本的钻石。在金刚睡着的次日，出现足以抵挡黑钻和磷叶石攻击的巨型月人，巨型月人进入学校并追逐钻石，感到不能再依靠黑钻的协助后，钻石凭借自己的四肢击倒巨型月人。黑钻赶来协助钻石，他们发现巨型月人被切断后会分裂成更小的个体，他们将这些型如小狗的个体搜集起来后恢复了原本的大小，金刚称这个月人为小白。磷叶石怀疑金刚与小白的关系，辰砂透露其它宝石都认为金刚与月人间有秘密，但仍决定跟随他。

为查明真相，磷叶石决定调查月人，他协助金红石修复莲花刚玉，莲花刚玉给了磷叶石关于与月人交谈的建议后再度沉睡。磷叶石向变石学习关于月人的知识，并试图在战斗中质问其中一个月人，但他的质问被辰砂打断而没有结果。磷叶石想起两人的承诺，为辰砂找到了新工作：协助自己调查月人和金刚的真面目。