舞台是近未来的日本，过着普通高中生生活的才贺淳贵听闻10年前便下落不明的父亲的遗体在岩手县黑神山的遗迹中被发现，便急忙赶赴那里。然而才贺在遗迹中却看到了不可思议的幻觉。他的手腕上出现了一个金色的腕轮，上面刻着神代文字“使用者　REIDEEN”。与此同时，巨大的陨石从空中落下、湖中出现了巨大的机器人……

每集列表

剧情大纲

第一部 江户篇（1～6）

女主角风在某次偶遇之下遇到了两位正在流浪的武士，无幻与仁。结下梁子的两人打算分出高下，而风斥喝两人停战，并委托两人一起寻找有向日葵气味的武士，三人就此踏上旅程。仁是无住心剑道场的弟子，因为杀死师父而屡遭其他弟子追杀，除此之外，他们的旅途也总是充斥刀光剑影。他们解决了两个帮派之间的斗争，按照荷兰东印度公司使节提供的线索前往长崎。

第二部 长崎篇（7～14）

三人出了箱根关所，沿途打工筹措旅费，经过滨松后，三人在海边遇到无幻的旧识骸，他们同样被流放的罪犯，曾结伙当过海盗。无幻再次接受骸的邀请参与抢劫，不料遭他陷害，死里逃生之后，才知道仁、骸和自己同样遭到骸的妹妹小坐设计，但他饶了小坐一命。

第三部 关西篇（15～26）

抵达大阪之后，三人因为迟迟找不到“有向日葵气味的武士”而争执，一度分道扬镳，在两人问清楚风的理由后，三人重修旧好。风得到了那位武士名为霞清藏的线索，她向两人坦白该人就是抛弃自己的父亲，且要在找到父亲后打他一顿。三人在旅途中结识了瞽女沙罗，她因为孩子被人要胁而奉老中之命无幻和仁拔刀相向，尽管她的武艺远超过两人，但在知道自己只是遭到利用后，沙罗自愿败给了无幻。其后，官府再派出过去被称为剑神的刈屋景时追杀仁，同时杀死参与岛原之乱的霞清藏及其亲族。

风抵达霞清藏所在的生月岛。她被与无幻有仇的三兄弟掳为人质，负伤的无幻为了让风脱困而弃械，之后险胜三兄弟。风终于找到了卧病在榻的霞清藏，他虚弱得令风无法下手，在风简短交待自己和母亲的消息后，霞清藏向女儿道歉，之后他被刈屋杀死。仁在与刈屋对决时，得知他便是使自己和师父反目的原因，运用了师父传授的最终招式将其击败。

旅程告终的无幻与仁终于得以再战，他们的刀在交锋时双双断裂，而两人也放下了决斗的念头，成为了彼此的伙伴，随后，三人分道扬镳。

21世纪初，日本的首都东京被外部入侵者“姆”(Mu)用半圆形的障壁与外界隔绝，身处障壁外部的人称该障壁为“东京木星”(Tokyo Jupiter，因障壁的外观酷似木星)，身处内部的人则相信“东京以外的世界已经灭亡”。数年之后，居住在东京的主角神名绫人在赶往模拟考试的试场途中，遇上了电车意外。绫人在寻找救援的途中，遇到了一名神秘少女“美嶋玲香”，并在她的引导之下，到了一座地下神殿。此时，东京上空突然出现了会“唱歌”的神秘“物体”，并与绫人产生了“共鸣”，使他在神殿倒下了。在混乱的意识之中，绫人说了一声“RahXephon”。然后，神殿内的“巨人”觉醒了……