“这是距今189年前(西历2167年)所发生的事，当时水蛇座β星(Hydrusβ)发生超新星爆炸，即使距离它20光年的地球也受到很大的伤害。充满着瓦斯的绿色宇宙，这我所知道的宇宙的颜色。不过我很想看看，从前的人们从地球抬头望天所见的宇宙的颜色，所以我要去Stellvia。现在是西历2356年……”

公元2176年，位于太阳系附近的恒星多鲁突然发生爆炸，巨大的能量使附近的宇宙空间充满了大量电磁波。太阳系也受到了波及，严重的电磁辐射使地球的自然环境发生了巨大的变化，变得不再适合于人类的生存。于是，人类开始了一场异常浩大的移民工程。

180年后，到了公元2356年，人类在地球、火星、土星、木星等各行星上都建立了巨大的宇宙基地，而为了在这些宇宙基地间建立有效的联络，在各行星之间还建立了许多太空站。

在其中的一座空间站上有一座名叫“星之路”的宇宙学院，这座学院的任务就是培养有能力完成特殊任务的少年宇航员。本作的主人公片濑志麻就是这座学院中的一名学生。刚进入学院，片濑志麻和其他学员一样对新的学习生活很不适应，但同龄人之间的友情使大家都得到了不小的帮助，生活也渐渐进入正轨。片濑志麻还认识了一个名叫音山光太的男孩，两人很快就成为了好朋友。而且，一种朦胧的恋情也渐渐的在他们之间产生。

平静的生活并没有维持多久，学员们开始接受严酷的训练，更有关系到地球存亡的重大任务让他们去完成，志麻和他的同学们能经受住这样的考验吗?

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公元2195年，谜一般的兵器群“木星蜥蜴”突然出现，并以压倒性的战斗力占领了火星的殖民地以及月球的背面。地球的各地均有被称为“郁金香”的母舰降落。与此同时，民间企业尼尔加重工(ネルガル重工，NERGAL)完成了实验战舰ND-001抚子号(ナデシコ，Nadesico, 纳迪斯高/力高号)的建设。

即使是对着木星蜥蜴的兵器，装备在抚子号上的兵器依然具有技术上的优势，包括扭曲力场(Distortion Field)防护罩以及重力波炮，使得抚子号成为了当时唯一能与木星蜥蜴抗衡的战舰。在人员的任命上，由于采取了“能力一流，不问性格”的选拔方针，结果使得整艘舰的工作人员都是些有点“特殊性格”的人。

火星出生的主角天河明人，在一次偶然的机会遇见了儿时玩伴御统百合香。想再次与百合香相会的明人，一直跟在她的后面，并意外地登上了准备出港的抚子号。其后明人虽然被聘请为抚子号的厨师，但却发生了一些意外，使得明人要驾驶舰载的机动兵器艾斯特巴利斯(Aestivalis)进行战斗……

本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相……