星守——由接受人们思念而耸立的御神木，“神树”所选出的少女。她们身为神树峰女子学园的学生，过着热闹的学校生活， 另一方面，身穿神树授予的“星衣”，为了从威胁和平的神秘侵略者“伊洛斯”手中保护地球而战!

故事时间点发生于两次大战之后，由于一众老师发现学生的警觉心开始降低，于是大家就展开了年级式的分组特训，特训途中，一个叫美纱希的人闯入!?

虽然一开始让星守班的大家都吓了一跳，甚至还跟星守者们相处不来，但美纪还是热切的让大家举办欢迎会，美纱希跟大家的距离便拉近了些，可惜不凑巧的外头又出现了伊洛斯，前所未见的新型伊洛斯令美纪等人陷入劣势，但美纱希却成功击倒!?并且跟美纪说：“这种程度是不够的!”19位星守者的物语开始了!

原以为是开心的度假，却是恐怖的特训、灾难的开始，莎朵霓等人在夜游时被新型伊洛斯的屏障所困住了，平时冷漠的美纱希却是第一个冲去拯救她们的人!?

但是这次的伊洛斯也拿美纱希无能为力。但大家努力展现特训的成果想要拯救受困的她们，让莎朵霓再度想起，她，不是孤单一人!尤其是枫一直在她身边支持着她，此时两人的羁绊便化为了强大的力量，这漂亮的一击将伊洛斯成功地打倒，更得到了美纱希的认同…… 基本完全跟游戏无关，学生的叫法跟游戏也不同，也满疏远，故事全部都绕着新出现的美纱希人物在转。

每集列表

上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。

暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。

本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。

学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。

而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。

在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。

本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。

随着AR技术的发展，一项技术被研发成功，其名为混合现实系统，简称MR系统。使用MR进行的校园虚拟战斗“Circlet Bout”作为一项运动在女高中生中流行开来。这项运动的人气甚至冲破了学园，热潮席卷了各地，明星选手甚至能拥有国民级的人气。

另一方面，圣同盟学园Circlet Bout部已经从过去的辉煌衰落到将要废部，主人公佐佐木优佳为了参加这项运动，从和歌山的深山中来到了东京的圣同盟学园。优佳究竟能否成为圣同盟学园的救世主呢！？

每集列表