高中私立翠明学园二年级学生的西条拓巳，自称对三次元没有兴趣，和家里的大量美少女人偶一起生活。在他所住的涩谷在2008年9月7日以来发生了连续猎奇杀人事件“新世代的疯狂(ニュージェネレーションの狂気)”，成为了网络和电视上的热门话题。

2008年9月28日深夜，拓巳在聊天室遇到了一个自称“将军”的人。“将军”发言中的URL链接到像是预言下一个猎奇事件的恐怖图像。

第二天，拓巳遇到了和图像中的手法一样的杀人现场。在尸体前站着浑身是血的少女，咲畑梨深。

用语及设定

新世代的疯狂(NewGene)(ニュージェネレーションの狂気)

简称“ニュージェネ”，又或再简称“乳毛”。指2008年9月7日以来在涩谷发生的连串极奇血腥的杀人事件。9月7日是五人高中生集体跳楼，网上有人认为是被谋杀。9月19日是一男性被剖开腹部并被放入怀孕32周的婴儿。9月29日是一大学教授被施十字架刑。其后仍然不断发生新事件。

妄想

在脑中浮现的想法。

giga-lo-maniac(ギガロマニアックス)

可以干涉狄拉克之海，把妄想变成现实的人，在极端的情感波动下有可能这能力会因此觉醒。giga-lo-maniac是比夸大狂患者(Megalomaniac)程度更强的意思。

本作一共登场八位giga-lo-maniac，分别是西条拓巳、咲畑梨深、西条七海、岸本绫濑、苍井濑名、楠优爱、折原梢和野吕濑玄一。

Real boot(リアルブート)

透过盲点让周围的人认知妄想，把这妄想变成现实。

Di-Sword(ディソード)

来自狄拉克之海、把妄想变成现实的捷径，只有giga-lo-maniac看到的时候是发出蓝光的剑，Real boot后会再发出红光。

Noah2(ノアII)

将giga-lo-maniac利用公式“fun^10xint^40=Ir2”具现化的机器，由希望Technology Group公司与天成神光会和明和党联手测试研发。由一台主机进行运算，再由终端机“Porter”释放电磁波改写让周围的人认知，可说是人造的giga-lo-maniac。拥有自我保护能力，只有野吕濑玄一能接近并破坏主机。其设计似乎是永动机，因此无法破坏以外的方式停止运作。

每集列表

在藤田和日郎绘制《潮与虎》时，故事中出现了机关傀儡，当时他对此进行调查，认为非常有趣且可以写成长篇故事，在《潮与虎》完结后隔年，1997年3月决定朝马戏团的方向发展故事，并在4月到法国取材，5月拟出故事大纲。

《魔偶马戏团》将整个故事设计为一出马戏团表演，不时有旁白报幕，故事涉及到转世，时间跨度超过两百年。

背景

1772年，白银和白金兄弟从故乡中国前往布拉格学习炼金术，借此精进傀儡技术，两人遇见美女法兰西奴且都爱上了她。1782年，在法兰西奴答应与白银结婚后，忌妒的白金绑架法兰西奴。经过9年追查，白银在法国基伯龙发现法兰西奴，她因患病而被当地居民囚禁，白银为了救她而制造出炼金术的终极产物“柔石”，并以柔石造出生命之水，饮下此水者可延缓老化并获得强力的再生能力。然而在他完成时，法兰西奴已被烧死。之后白银四处流浪，曾短暂造访长崎，结识成濑正二郎，教导他医术和傀儡术。

1814年，白金以法兰西奴的形象制造出自动傀儡，并注入生命之水让它活动起来，但他意识到这个傀儡终究不是真正的法兰西奴，因为傀儡并不会笑，他制造了多个自动傀儡（后来的午夜马戏团）来逗法兰西奴傀儡开心，又制造出Zonapha病虫，将其释放到克罗格村，罹患Zonapha病者在发病时若不逗人发笑就会呼吸困难、生不如死，村中农妇露西尔就是受害者之一，只是两种方法都无法逗笑它。1820年，白银造访克罗格村并想解决白金犯下的错，衰老的他只能带着柔石投井自尽，让井水变成生命之水拯救村民，同时让村民成为“白银”，继承自己的记忆和知识，以及消灭自动傀儡的意志。柔石随后被藏在露西尔的女儿安洁莉娜体内。

1842年，成濑正二郎结识旅行至日本的安洁莉娜，两人互有好感并订下终身，之后正二郎喝下生命之水并改名为才贺正二。夫妻收了汀?麦斯特为养子，并将他取名为才贺贞义，正二还遇到了放弃寻找笑容的法兰西奴傀儡。1910年，安洁莉娜生下爱蕾诺。这家人遭到寻找柔石的自动傀儡袭击，安洁莉娜将体内有柔石的爱蕾诺交给法兰西奴傀儡保护，之后战死，法兰西奴傀儡保住了爱蕾诺，但遭生命之水溶解消灭。正二为了保护爱蕾诺，将她送往基伯龙给露西尔抚养。

1982年，正二造访基伯龙，发现爱蕾诺长期遭到洗脑，其后他得知贞义有了一个名为小胜的私生子。贞义的计划是诈死后将遗产留给小胜，并引发兄弟阋墙，消灭黑贺村的傀儡师一族。贞义的真实身份是白金，白金以生命之水将自己的记忆转移到年轻男童脑袋里，并自称汀?麦斯特，他计划再将记忆转移到小胜脑袋里，借此永生不死。然而此计划遭到正二阻止，正二摧毁了记忆资料，并请露西尔派出爱蕾诺保护小胜。

小胜之幕

身穿布偶装的加藤鸣海在街头发送麦秆马戏团的传单时遇见才贺胜，鸣海的Zonapha病发作，在他把小胜逗笑之后得救了。小胜即将继承“亡父”才贺贞义的巨额遗产，他的兄姊十分不满，便派傀儡师暗杀小胜，所幸爱蕾诺即时现身，她击败对手后表示自己会誓死保护小胜。小胜的叔叔才贺善治希望收养他，借此获得遗产，小胜因此被绑架到才贺豪宅。鸣海和爱蕾诺闯入豪宅救他，在激战之后，炸药炸毁了豪宅并引发火灾，鸣海在灾难中保护小胜，之后他不知所终，只留下断掉的左臂。

在序幕结束后，故事分为两个看似独立但互相交织的主线，分别叙述小胜和爱蕾诺加入仲町马戏团，以及鸣海和同伴四处攻打自动傀儡的过程。

马戏团篇

小胜和爱蕾诺试图上学并回归日常生活，他也希望爱蕾诺能做自己喜欢的事，两人一起加入濒临倒闭的仲町马戏团。他们在那里结识同伴，一起进行戏剧演出，让仲町马戏团的表演步入正轨，而在将展开大型演出时，因为遇到飞机失事而取消。小胜认为自己害死了鸣海并对此耿耿于怀，决定查清父亲为何将遗产留给自己。他回到才贺豪宅，发现才贺贞义计划将记忆转移到自己脑中，他还取得贞义留下的悬丝傀儡。小胜随后到了黑贺村，见到祖父才贺正二，得知贞义的计划并读取了白金的记忆。汀?麦斯特（无脸司令）自揭身份，在暗示自己有个为期两年的计划后便离去。小胜则开始特训，准备与他决战。

傀儡篇

失去左臂的鸣海被奇用生命之水救助，成为“白银”，丧失记忆的他被带到法国，并得知了傀儡与白银间的战争。他四处击破自动傀儡，并会见白银的领导者露西尔，表示自己愿意一起对抗自动傀儡及散播Zonapha病的午夜马戏团。鸣海等人踏上寻找柔石之旅，他在途中目睹太多孩童因Zonapha病痛苦不堪，只好戴上面具掩盖自己的感情。众人打探到午夜马戏团的下个目标在中国，在飞机上，鸣海等人遭到袭击，飞机迫降在仲町马戏团的帐篷前，但他与小胜和白银并未相认。鸣海等人抵达四川后，找到鸣海的师父梁剑峰，梁剑峰道出两百多年前的故事。接着鸣海等人追查到撒哈拉沙漠，与午夜马戏团厮杀，但他们最终发现统帅午夜马戏团的法兰西奴傀儡是冒牌货。

本篇

鸣海受到胡氏企业协助，知晓无脸司令的真实身份，并认为身为法兰西奴转世的爱蕾诺知道Zonapha病的治疗方法，他暂且加入仲町马戏团。小胜在黑贺村进行特训，期间结识了几位年龄相仿的朋友，击败了多个无脸司令派出的刺客。

机关傀儡之神

无脸司令在全世界散播Zonapha病，并掳走了爱蕾诺，搭著飞行船来到法国，并预计搭火箭到国际太空站。小胜一路追到法国与无脸司令对战，战败后被无脸司令以转送装置输入记忆，但小胜喝过爱蕾诺的血（生命之水），得以治愈被洗脑的脑细胞。小胜假装被他洗脑并配合演出，随后救下爱蕾诺，并把无脸司令独自送上宇宙。

鸣海到了美国后负责保护能治疗Zonapha病的机器，在胡氏的安排下，他与仲町马戏团部分成员会合。无脸司令宣告自己对这个世界感到失望，并加速散播Zonapha病。为了问出阻止Zonapha病的方法，仲町马戏团护送航天飞机到俄罗斯的发射基地。众人在途中接连击败自动傀儡，而小胜也终于再次与鸣海相遇并与他并肩作战。小胜搭上航天飞机后，在太空站里和无脸司令决战。无脸司令被小胜的信念说服，不再与他为敌并透露Zonapha病的治疗方法，他坦承自己的错误并选择与坠毁的太空站一起灭亡，而小胜平安返回地球。世界回归和平，故事最后是身穿布偶装、长大后的小胜帮助了受难的陌生孩童。

谢幕

在故事结束后，所有角色不分敌我、不分生或死都一起携手登场，满面笑容地向读者谢幕。

本作品的主线原本重视校园格斗风格，讲述主角凪宗一郎及牧原鲍伯入读日本一所集合全国武术家子弟的统道学园，因而遇上的种种经历。凪宗一郎邂逅了校园内的武术顶尖高手枣真夜及枣亚夜，并加入了她们的柔剑部，与敌对的学园执行部发生一连串的抗争。谁知主角们平凡的校园角力中，原来蕴藏了一项规模远超乎想像的大阴谋。凪宗一郎开始接触到世界上各种“异能之士”，逐渐来到一个陌生的领域之中，更惊人的是他发现了原来自己亦是拥有异能之士。牵涉一场浩瀚百年之战的命运，正在等待着凪宗一郎与身边的人的脚步……

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