第一部 无印篇

《神奇宝贝》（Pocket Monsters）共分为关都地区石英联盟、橘子群岛橘子联盟、城都地区城都联盟三篇，其中城都联盟还包括了一小段漩涡列岛大赛的故事。在橘子群岛时，小刚留在内木研究所，换小建和小智、小霞一同旅行，直到城都联盟，才又由小刚回锅。该系列简称为“无印”（因没副标题得称）。

大部分观众以为，《神奇宝贝》只有275集（这里指由石英篇到城都篇一般TV版），实际上神奇宝贝有276集，中国台湾的中视及中国香港的无线电视没有引进第38集“电脑战士3D龙”，因为日本在播出第一年（1997年）的12月16日，许多日本观众（青少年以下观众居多）因看了这集动画而引发光敏性癫痫送医，造成一阵大轰动，史称3D龙事件。原因就出在那集皮卡丘从3D龙身上跳出来，对迎面而来的导弹使出电击绝招，导致导弹爆炸发出强烈的闪光，红色和蓝色的光快速替换，如果一直盯着萤幕看的话，就可能会引发所谓的光敏性癫痫。这次的事件让神奇宝贝停播了一段时间，不过在日本观众热烈的反应及支持下，隔年4月16日终于复播了，但当地收视率大跌，并且制作公司也对制作动画的规则重新作了讨论，避免以后再发生类似的事故。而之后这集也被日本官方冻结，也导致3D龙和其进化型系列再也没出现在动画上。

第二部 超世代

后来，为了因应电玩GBA版（红宝石、蓝宝石版）的推出，精灵宝可梦于2002年11月21日播出《精灵宝可梦 超世代》（Pokémon Advanced Generation）系列。在城都联盟结束后，小霞跟小刚因为各自有事而和小智告别，小智为了重新出发，于是只带着皮卡丘前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和其弟弟小胜，后来小刚重新加入，于是四人展开全新的冒险，在传统故事上保持角色互动的新意。

《精灵宝可梦 超世代》共分为丰缘地区丰缘联盟及关都地区对战开拓区两篇，和前面的剧情不一样的就是，故事变成了两个主线，小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆，丰缘联盟结束后，则改挑战故乡关都地区新设的对战开拓区，而小遥则以成为协调训练家努力，挑战各地的华丽大赛，取得缎带勋章，好参加大型庆典，两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一同奋斗。全新的比赛内容在支持者间得到好评，使之在系列往后有所延续。

第三部 钻石&珍珠

2006年秋季，为配合电玩NDS版（钻石、珍珠版）的上市，动画同步推出全新的系列《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl）。对战开拓区篇结束后，小遥为了挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小刚也因为道馆有事而回去了，小智则受到了小茂的激励，独自一人带着皮卡丘和偷偷跟来的长尾怪手前往新的地区神奥地区。新登场的女主角小光，其蓝本取自于电玩NDS版（钻石、珍珠版）的女主角。另外于2007年，为庆祝电视版播映十周年，东京电视台曾多次播映一小时特别篇（即连续播映两集）。

在《精灵宝可梦DP 钻石与珍珠》中，新人训练家小光为了成为顶尖的协调训练家，而从双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取宝可梦。而同一时间，小智也抵达了神奥地区，并在那里和为继续宝可梦培育家（饲养家）修行而前来的小刚再度会合。在因缘巧合下，小光救了小智的皮卡丘并把火箭队打飞，三人于是结伴旅行，展开了在神奥地区的冒险。故事和《精灵宝可梦 超世代》一样是有两个主线：小智为参加神奥联盟，挑战道馆；小光则为成为顶尖协调训练员而参加华丽大赛及华丽大型庆典。本作和以往不同的是小光的戏份大幅增加，于其比赛中经历比其他女主角更多高低起跌，也有更多需要单独应对的剧情处境，戏份可说是第一个有办法和小智相提并论的。

第四部 超级愿望

第一季

而后于由于任天堂于2010年推出NDS版全新作（黑、白版），动画也跟着推出新作，新作名为《精灵宝可梦 超级愿望》（Pokémon Best Wishes！），于2010年9月23日开始播映，在结束了神奥地区的旅程后，小智与妈妈和大木博士一同乘飞机前往合众地区。在那里，小智结识了带着牙牙的少女艾莉丝，及宝可梦酒侍兼道馆馆主天桐，三人于是一同展开在合众地区的旅程。艾莉丝的蓝本是取自电玩“精灵宝可梦白版”的第八道馆训练家（黑版2、白版2则成了冠军），动画则设定为以成为龙之大师为目标的少女 动画的角色成长设定的还不错 也是目前唯一会超能力的女主角。原本担任搞笑恶役的火箭队两人一猫组，在此作改变形象，成了认真的反派角色，并且秘密地执行神秘任务，为往后的剧情埋下了一些谜样的伏笔。而此作恢复为只有一个主线──小智为参加合众联盟而挑战道馆。

第二季

随后于2012年夏季，为配合电玩NDS版（黑版2、白版2）的上市，动画也正式进入第二季。在第二季中，除了原班人马外，更请回了前作的女主角小光和神奥冠军竹兰回来助阵，不仅许多第一季没有出现的旧宝可梦纷纷登场，同时更加入了“幻之宝可梦”美洛耶塔作为小智等人的伙伴，并且增添了新的主轴—火箭队对美洛耶塔的阴谋、世界锦标赛及合众联盟，为新一季带来了不一样的风气。

之后于2013年，在合众联盟结束后，动画又另外推出了两个第二季的新章节“Episode N”和“Da！”（杰可罗拉冒险！）章，“Episode N”是以游戏中的超人气角色N及反派等离子团的阴谋做为主轴所展开的故事。尽管在游戏（黑、白版）中N是偏向反派定位的角色，不过在动画中更多是做为较为正向的角色。另外原先于前一章结束任务的火箭队两人一猫组亦再次回归，并再次结合其前几部的形象，退场时会说“好讨厌的感觉”。而在“Da！”章，小智一行人告别了合众地区，打算搭船回到关都地区，顺路经过了杰可罗拉群岛，在那里遇见了很多宝可梦及新鲜或怀念的事，也为接下来的《精灵宝可梦XY》做了缓冲。

第五部 XY,XYZ

第一季, XY

2013年秋季，精灵宝可梦电玩进入了全新的3DS纪元（X、Y版），动画亦再次推出全新的系列《精灵宝可梦XY》（Pokémon XY）。告别了艾莉丝与天桐，这次小智在“Da！”章结识的记者三色堇带领下，前往卡洛斯地区，在那里他邂逅了天才发明少年，同时也是道馆馆主的希特隆、以及他的妹妹柚丽嘉、和小时候曾有一面之缘的少女莎莉娜，并与他们一同展开在卡洛斯地区的冒险。和以往的女主相比，莎莉娜的设定有些不同，除了以前曾和小智见过面外，甚至还是继小霞以来再次对小智拥有好感描述的女主，加上开播以来深入刻划人物性格的剧情及高品质的作画，尽管收视率初期没预想的高，仍受到观众不少正面评价。其冒险地图“卡洛斯地区”是以法国做为蓝本，因此多处场景皆是取材自法国实地场景。此作从中段开始再次分为两个主线：小智为参加卡洛斯联盟而挑战道馆，而莎莉娜则以宝可梦表演家为目标参加三冠卫星赛。

第二季, XYZ

在《精灵宝可梦XY&Z》动画中，首次大幅增加“传说宝可梦-基格尔德(Z)”的动画原创剧情，也首次在动画中出现正统游戏中未出现的宝可梦型态变化(牵绊变身)，更是替主角小智原创了一只型态差异的宝可梦小智版甲贺忍蛙，也是在游戏中未曾出现的宝可梦。

第六部 太阳&月亮

《精灵宝可梦 太阳与月亮》简称日月，内容为主角小智留在家中的宝可梦魔墙人偶在抽奖活动抽中大奖，一家人而前往阿罗拉地区度假。后来小智就读宝可梦学校，并暂居库库伊博士家里，在此认识了洛托姆图鉴和许多就读宝可梦学校的伙伴，如卡奇 水莲 玛奥 马玛内 莉莉艾。并和他们一起加入究极防卫队，让究极异兽回到原本的世界。在阿罗拉地区得知地区型态与Z纯晶/手环，而主角小智也获得一只卡璞·鸣鸣给的Z手环。本作以跟过往不同的软Q画风呈现人物，喜剧效果演出也大幅增加，并跟随游戏设定，以有限范围内的日常生活剧情代替持续旅行为主轴。在动画启播20周年的契机下，电视动画和剧场版动画的故事不再有关连和制作计划正式分离。

第七部 新无印/旅途篇

本作在播放前，官方率先预告内容不会单纯对照游戏《宝可梦 剑／盾》，而是会整合系列至今为止所有地区和宝可梦，制作全新的世界旅行故事，并确认不会加入副题。此外，本作亦直接采用了剧场版第20作重新设计的标志。

这部动画评价两极，加入被网友戏称“一球超人”的小豪做为主角之一，对大部分宝可梦几乎都是一球收服，既不重视培育、视宝可梦如大量收集之玩物，也去掉过去宝可梦与人的羁绊。引起极大的争议，且将过往传说宝可梦如水君，不仅被一球收服、且被过场的猎人虐待，更造成大量观众不满。

但是由于小智这部没有弱化、热爱对战、展现出优秀的冠军、好前辈等形象，而且掌握Mega进化、Z招式、极巨化三大对战系统，本部小智的目标挑战世界锦标赛，最终打赢丹帝成为世界最强训练家。

故事以现代学园为背景，星奏学院是一所分有普通科和音乐科的高中。两个学部有着极大的分别，无论校舍、校服、课程都各自为政。修读普通科的日野香穗子是个平凡的女孩子，充满阳光气息，无论遇到事情也会率直面对。一日她意外的看见音乐精灵利利，任性的利利便趁香穗子迷迷糊糊时把魔法小提琴强行送予她，并软硬兼施逼使她参加学校的音乐演奏会。这个小提琴的特点是使用者不需任何技术都可以演奏出美妙的音乐，但使用者的心情需与小提琴共鸣才能弹奏。而一起参加比赛的其他五位成员都是来自音乐科的精英，其他无法参赛的音乐科学生对于香穗子这个普通科学生的加入也大感不忿。而同时要保守魔法小提琴的秘密对坦率的香穗子亦十分困扰烦恼。

漫画版的剧情中，在只学了小提琴七天的情况下，香穗子意外揭穿临时的钢琴伴奏想要蓄意失踪的计谋，香穗子只好硬著头皮没有伴奏的情况下表演，最后幸运地得到土浦的帮助才没有失礼于人前，但因为只是临时组合表演水准差强人意。不过可幸的是音乐科的同学开始接受她，也使得土浦成为第七位参赛者。

游戏初代的主要过程是要玩家在每回比赛前的期间，限时内于校园中找寻乐谱跟诠释方法的音乐精灵，并加强练习以增进自己的小提琴能力，渡过为期共四轮的音乐比赛。在这段期间，玩家过程中可以跟参加比赛的成员等角色萌生恋爱和友情的种子。练习过程、角色之间的相处互动、比赛结果等都是影响亲密度与对手值的极大要素。

到了二代，游戏则进化成要与过去的比赛敌手一同合奏让演奏会成功。故事舞台是在一代比赛结束后的秋～冬天，玩家要与原本是敌手的男性角色一同练曲，以完成各项演奏会的目标。比起前作，二代加入了更多日常校园生活之描述，以及友情恋爱方面的要素。除了要提升自身的熟习度外，与合奏伙伴的练习在二代成为非常重要的关键。二代也加入了两个新角色：转学生加地葵&理事长吉罗晓彦。

各话列表

第一季：金色琴弦～primo passo～

无法置信的前奏曲(ありえないプレリュード)

前途多难的嘉禾舞曲(前途多難なガヴォット)

匿名希望的萧邦(匿名希望のショパン)

心情迷惘的华尔滋(迷い心のワルツ)

赤脚的颤音(裸足のヴィブラート)

忐忑不安的波卡舞曲(胸騒ぎのポルカ)

秘密的二重奏(秘めやかなデュエット)

心连心的卡农(こころ紡ぐカノン)

安祥的协奏曲(安らぎのコンチェルト)

孤高的演奏名家(孤高のヴィルトゥオーソ)

白与黑的慢板(白と黒のアダージョ)

内疚的极弱音(後ろめたさのピアニッシモ)

无法替代的旋律(かけがえなきメロディ)

少女情怀的奇想曲(乙女心のカプリチオ)

心动的咏叹调(高鳴る胸のアリア)

骗人的小提琴(うそつきなヴァイァ￡ン)

焦躁的渐强(焦躁のクレッシェンド)

伤心的组曲(傷心のパルティータ)

失落的帕望舞曲(失くした心のパヴァーヌ)

欲哭的回旋曲(涙色のロンド)

再次,行板(もう一度、アンダンテ)

为你而奏的号声(君のためのファンファーレ)

我们的装饰奏(俺たちのカデンツァ)

满足的和声(心満たすハーモニー)

爱的圣母颂(愛しのアヴェ?マリア)

SP < 特别编 > . 夏的安可曲(ひと夏のアンコール)

第二季：金色琴弦～secondo passo～

第一集 第一乐章 于2009年3月26日放送

第二集 第二乐章 于2009年6月5日放送

舞台是近向变动时代的“阿尔卡笛亚”，过去被称为理想城的这个世界，却遭到一种称为“桑纳托斯”的魔物所入侵，现在城里的居然剩下的只有不安而已。主角是晶石猎人的一员，与同伴一同接受关于桑纳托斯有关的委托，与之战斗并将之净化，帮助有困难的人们。

游戏过程是要玩家选择一位同伴共同解决不同的委托，完成委托可以同时增加幸福度及角色好感度，幸福度达到一定的数值之后才能引发主线剧情事件令故事延续下去。

玩家与每个同伴都有四个“恋爱阶段”，想要和同伴迎向恋爱结局的话，必须与该角色达到第四恋爱阶段。在处理委托的过程中，玩家可收集与攻略角色有关的“话题”，到角色的房间与角色进行赛果对话，只要能够将关于角色事件的话题连成一列，便可进入下一个恋爱阶段。