在东京街头，一切成谜的吃人怪兽“喰种”正悄悄的在人类世界扩张势力。

平凡的大学生金木研因为遭到喰种猎食而性命垂危，医生为他进行了器官移植手术，不料器官提供者其实就是猎食他的喰种。在病床上醒来的金木很快就感觉到身体不对劲，原本记忆中美味的食物全都走味到难以下咽。

一开始，即使好几天不吃东西他也不会饿，但不久，激烈的空腹感开始折磨他。当他意识到，能引起他食欲的对象只剩下街上擦身而过的男男女女，他绝望的日子也就此开始──

《GATCHAMAN CROWDS》剧中设定每一种生命体都有独自的精神性特异能力，只要利用高科技就能够把这股能力转化为实际的能量物体‘NOTE’。把‘NOTE’原生能量提炼且制作成功的强化服装，即是科学小飞侠“G team”的战斗服。在地球上活跃的科学小飞侠，成员均来自‘评议会’派遣过来的宇宙人、具有潜在特质的地球人。他们的首要任务是保卫地球的珍贵资源和地球人的生命，以免落入企图入侵地球的外星罪犯之手。只不过他们最近接到评议会的指示，开始着手调查一种神秘的存在‘MESS’……

第1期

故事发生在虚构的日本第二首都——2015年的东京都利川市，在高科技的应用下智能手机和社交网络已经成为和人们不可分割的一部分.不过在城市中出现了麻烦与骚乱的未知存在“MESS”，而主角一行则是作为解决此事的“Gatchaman”，利用特殊的笔记本“NOTE”将灵魂的特殊能力实体化为铠甲，并利用这种力量介入事件，维护城市的和平。但同时网络社交媒体“GALAX”也已经悄然对城市有所改变，而“GALAX”的一位名人“LOAD”并不认同“Gatchaman”为城市和带来的意义。通过“GALAX”，不同职业和身份的“GALAXER”——“GALAX”的用户可以各司其职的帮助周围的人，每当“GALAXER”遇到困难时，他们能受到软件自带的人工智能“X总裁”的指导，掌握紧急事件的状况、保持冷静并尝试通过自己和周围的人解决事态。“GALAX”称其为“更新”，GALAX的创立者想通过这个方式创立理想的横向社会。

由于“LOAD”对“Crowds”能力的错误把握，导致了本季故事的最大危机。

第2期

在立川事件过去一年后，CROWDS的力量在日本首相菅山的推广下已经遍及全民，但仍然有对此感到不满的声音存在，其中最为活跃的是一个名叫“VAPE”的组织。他们使用与普通的蓝色CROWDS相对的红色CROWDS引发各种恐怖袭击，使得人们对于CROWDS的不信任感加强。

另一方面，长冈市突然降临了不明飞行物，乘坐它的是名叫杜兰莎的外星人。而居住在长冈、梦想成为英雄的普通少女·三栖立翼，则被选拔为新的GATCHAMAN。

在不知什么时候，整个世界被突如其来的未知病毒攻袭，几乎彻底毁灭。但是只有13岁以下的孩子不被病毒所感染，侥幸活了下来。可是这些孩子们却被从地底出现的吸血鬼所统治，并作为提供血液的家畜饲养。故事的主人公——百夜优一郎和百夜米迦尔就是被抓住的孤儿们之一，而面对不堪的命运，他们没有屈服，开始计划逃亡与复仇……

前传小说描述本传8年前，百夜优一郎的上司一濑红莲还是高中生时(故事时间5岁、15岁─16岁)，在同一所学校所发生的故事。那时世界还没毁灭，咒术师集团“帝月”、“帝鬼”旗下小孩们成长阶段相遇、相交，与百夜教交缠不断的孽缘。主角一濑红莲十五岁，涉谷第一高中入学.....