学业优秀、正在备考高中入学考试的由崎星空，在一个雪夜中偶遇在街对面小憩的少女月读司，并对她一见钟情。正当星空跨过街道打算向司搭讪时，迎面却驶来了一辆卡车。幸得司舍身相救，星空得以保住性命，但司却没有留下名字便转头离去。害怕司会像辉夜姬一样就此和自己永别的星空，不顾身上的重伤起身奋力追赶司，并对其告白。司告诉星空“如果你愿意和我结婚，那我就跟你交往”，星空当即答应，随后昏倒在地。

之后，在病房里苏醒的星空，每日都在进行复健和念书，在重读一年中三后在高中入学考试中夺得榜首。但对司念念不忘的星空放弃入学，心怀与司重逢的期望搬出父母家开始了独自生活，每天都全身心投入到各类打工中，但工作数年却依然未能找到司。在星空满18岁那年的某天晚上，司突然造访星空的住处，来意正是要兑现在那个雪夜中与星空的承诺。星空虽然对此感到一头雾水，但仍然与司办理了结婚登记，互不了解的两人，在婚后的共同生活中感情日渐加深。

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故事背景为一场史无前例的大灾害彻底摧毁了现代文明并且已经过去了十五年。故事使用双线描述，其中一支为一群孩子被圈养在某个封闭设施中，他们被告知外面世界充满各种怪物，一天时男收到一条消息询问他是否想到设施外面，而和他亲密的弥美姬则预言到外面会有两个人到来救她出去，而且其中一个人和时男样貌相同;另一支则是在外面荒废的世界，贵留子受委托作为保镖，带着小丸前去一个名为“天国”的地方。

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西国一流间谍“黄昏”奉命调查东国政治家多诺万·德斯蒙之政治阴谋。然而，德斯蒙深居简出，唯一公开露面的场合只有他儿子所就读的东国名校——伊甸学园举办的恳亲会，故只有让“自己的小孩”进入伊甸学园就读，并以家长的身份参加恳亲会，才有机会与其接触。为顺利执行任务，黄昏以“劳埃德·福杰”的身份掩人耳目，并先后找到“女儿”阿尼亚和“妻子”约尔组建一个临时家庭，殊不知阿尼亚其实是有读心能力的超能力者“实验体007”;而看似温柔善良的妻子，另一身份是职业杀手“荆棘公主”。三人互相隐瞒真实身份，就此过起虚假的家庭生活。