从小父母身亡而由养亲带大的少女杏奈，因怕生的性格没有任何朋友。某一日，为了让罹患气喘的杏奈能够获得休养，杏奈的养母让她搭车来到靠近海边小村庄的亲戚家居住。在新环境里的杏奈，一天在出自好奇心的驱使之下，来到靠近海湾湿地一带的洋房里探索。而在洋房里头，杏奈遇见了一名叫做玛妮的金发女孩......

随后杏奈与玛妮成了亲密的朋友，而不可思议的是，玛妮是在无人居留的洋房出现于杏奈前。

大海中一只小金鱼偷偷离开她的家，乘着水母来到外界的世界，却不慎卡在海洋垃圾里的玻璃罐内，这时救了她的是一个小男孩“宗介”。

宗介将金鱼救出后把她取名为“波妞”，并决心要保护她。喜欢上宗介的波妞，开始想要变成人类。

海神的女儿波妞从深海出逃玩耍，却被困在玻璃瓶里冲到岸上，碰巧被住在岸边悬崖的宗介救出，两人因此相识。但是波妞的父亲——魔法师藤本，认为人类世界肮脏丑陋，强行把波妞带回海里。面对父亲的阻挠、席卷小镇的海啸，以及永远失去魔法的威胁，波妞仍然大胆而坚决地决定——要变成人类跟宗介在一起。而承诺要永远保护波妞的宗介，也即将面临新的挑战...