15岁少女泉水子，自少便在熊野古道的玉仓神社之中长大，她是名颇害羞的少女，而且所有给她触碰到的电子产品也必定损坏。当她想离开熊野古道并往城市居住时，她的监护人雪政却建议她去东京的凤城学园就读，并逼他的儿子深行与泉水子同行，以便照顾她。

起初，泉水子与深行也互相讨厌彼此，但当一件怪异的事件发生在今年以“战国时代”为主题的学园祭上，他们的关系便产生变化。

事件中，泉水子得知她是姬神的最后一名依代，而深行是泉水子的山伏守护者。作为濒临灭绝的姬神依代，泉水子与深行将展开改变世界的事件。
 

这一天，班上转来了两个学生，一个是跳级生美滨千代(金田朋子 配音)，她拥有着和可爱外表完全不匹配的天才级智商，以及同智商完全不匹配的情商。另一个叫春日步(松冈由贵 配音)，她倒是表里如一的迟钝和呆萌。很快，她们便和同学们打成了一片。泷野智(樋口智惠子 配音)人称阿智，争强好斗的同时，却有着意外的单纯和天真。外表冷静成熟的榊(浅川悠 配音)对世上一切可爱的东西抵抗力为零。水原历(田中理惠 配音)是阿智的童年玩伴，成绩优秀的她毫无疑问的成为了阿智的挑战对象。再加上一个活宝班主任谷崎由佳里(平松晶子 配音)，这三年的高中生活一定会多姿多彩的。

动画片由漫画家东清彦的同名四格漫画改编，用过描绘女子高中生的日常，展现了一个可爱温暖，妙趣横生的世界。

以状大的大海与小岛为舞台演绎的少女们的心灵之绊，

战斗、变身……美丽的魔法巫女幻想传说诞生!

那里是有着眩目阳光射入的海底。有着人类外表的纯洁无暇的少女与鱼儿们共同生活在一起。少女的名字叫玛琳。在海洋世界与妹妹乌琳一起生活的玛琳是憧憬着空中世界(地面上)的“海人”。某一天，海面上掉下了一枚闪耀着美丽光辉的戒指。玛琳想：“丢失了这么美丽的东西的话一定会很悲伤吧。我要还给失主。”她准备到空中世界去归还戒指，可是却遭到了妹妹乌琳的强大反对。对于海洋世界的人们来说，空人(人类)和空中世界(地面)都是相当恐怖的。

可是玛琳却坚信有着这样美丽事物的空人并不恐怖。最终决定和有着恋姐情结的乌琳一起去空中。来到了人界的玛琳和乌琳初次仰望清爽的天空，以及初次见识到在这清朗天空下正在进行中的“岛之夏祭”。

来到岛上的玛琳姐妹开始寻找戒指的主人，听到她们询问的叫声后，居住在岛上的女子高中生宫守音着急地飞奔过来。这枚戒指其实是以前她从抛弃她的恋人那里得到的，所以才会扔到海里去。夏音再度将戒指投进了大山中，玛琳与乌琳也去山里寻找戒指。可是就在这时，乌琳不小心打开了被封印的石棺。从石棺中飞出的黑烟就是让世界产生“暗”的“瑟多那”。瑟多那是为了让世界充满恶意而操纵鱼儿们的魔力，邪恶的灵魂也开始集合。

玛琳和夏音开始察觉自身隐藏的某种力量。作为“海之巫女”和“空之巫女”的她们决定挑战邪恶的瑟多那。要打倒瑟多那的话，只能提高巫女力量的源泉——心的纯洁度。可是夏音的心原来有着部分的邪恶，所以心之纯洁度怎么也无法提高，但通过与玛琳的关系，逐步取回了心灵的纯洁。玛琳也通过和夏音的接触而逐渐成长，两人之间的羁绊逐步确立……