东京的爱丽丝学园（国立爱丽丝研究机关学园本部）是一所特别的学校，只招收具有特殊能力“爱丽丝”的人，一旦入学就要等到毕业才可以离开学校。佐仓蜜柑与今井萤本来住在乡村地方，两人是同学也是好朋友。某天萤突然转学至东京的爱丽丝学园。而想念萤的蜜柑，离家出走到了东京，终于找到萤的新学校。然而蜜柑却被发现也有爱丽丝，并通过了入学考试并确认自己拥有无效化爱丽丝，正式成为该校学生，在那里开始新的校园生活。
爱丽丝学园设有初等部（三岁至八岁在A班，九岁至十二岁在B班）、中等部及高等部（高中和大学两年），校园占地极之广阔，范围大部分是森林，除了校舍和宿舍外，校园中心有商店市镇。为了防止学生逃出学校，校方以电网包围整个校园，触碰到电网的人会受到电击且即时被发现。若学生取得优等生奖，可以获准回家一星期。
这所特别学校有一些不为人知的黑暗面，有些学生感觉被学校利用，于是反对这所学校，成立及加入了一个神秘组织“Zero”（简称“Z”）与爱丽丝学园对抗。
每集列表
| 集数 | 日文标题 | 中文标题 | 剧本 |
|---|---|---|---|
| 第1集 | 学校がなくなっちゃう☆ | 学校要倒闭了☆ | 横山雅志 |
| 第2集 | ようこそ☆アリス学園へ | 欢迎来到爱丽丝学园 | |
| 第3集 | アリスなんかに負けてたまるか☆ | 我不会输给什么爱丽丝☆ | |
| 第4集 | これがウチのアリス | 这就是我的爱丽丝 | 岛田满 |
| 第5集 | 星階級はシビアやなぁ | 星级制的制度好严格喔 | 花田十辉 |
| 第6集 | うちはみそっかす系☆ | 我是垃圾班☆ | 岛田满 |
| 第7集 | 負けへん☆アリスドッジ | 我不会输的☆爱丽丝闪避球 | 花田十辉 |
| 第8集 | じーちゃんに会いたい | 对爷爷的思念 | 横山雅志 |
| 第9集 | 大好き☆蛍様 | 最喜欢☆萤大人 | 花田十辉 |
| 第10集 | うきうき☆セントラルタウン | 期待中的☆商店街Shopping | 岛田满 |
| 第11集 | ただいまアリス☆特訓中 | 苦练，爱丽丝特训 | 横山雅志 |
| 第12集 | 学園祭がやってくる | 好期待的学园祭来临了 | 花田十辉 |
| 第13集 | トップ☆スターを追いかけろ | 超级追星一族 | |
| 第14集 | 棗を取り戻せ☆ | 把枣还给我们☆ | 横山雅志 |
| 第15集 | 学園へ帰ろう | 回去学校吧 | |
| 第16集 | 迷路で勝負☆魔法のランプ | 迷宫里决斗☆阿拉丁的神灯 | 岛田满 |
| 第17集 | 蛍のひみつ | 萤的秘密 | |
| 第18集 | 暗闇で☆ふたりきり | 黑暗中☆两人独处 | |
| 第19集 | 開演☆眠れる森の白雪姫 | 开场了☆沉睡森林的白雪公主 | 花田十辉 |
| 第20集 | ラストダンスは誰と☆ | 最后一支舞要跟谁跳呢☆ | |
| 第21集 | 目指せ☆優等生賞 | 目标就是☆优等生奖 | 岛田满 |
| 第22集 | ベアと王子様☆ | 玩具熊与王子殿下☆ | |
| 第23集 | サーカス☆がやって来た | 哗哗☆马戏团来了 | 横山雅志 |
| 第24集 | 鳴海先生の嘘つき | 鸣海老师是骗子 | |
| 总集篇 | 總集編☆もう一度会いたい | 总集篇☆想再一次见面 | - |
| 第25集 | 学園を取り戻せ☆ | 夺回学园☆ | 横山雅志 大森贵弘 |
| 第26集 | 友情は☆エンドレス | 友情☆Endless | 花田十辉 |
用语
爱丽丝
拥有天赋才能的力量以及有那个能力之人的总称，这部作品的主轴。各式各样的种类都有，对大众有用的爱丽丝到如技艺一般的爱丽丝都有。因为是出生就持有天赋才能，高兴有爱丽丝和讨厌自己爱丽丝的人也不少。因为从孩子发现有爱丽丝起，来自爱丽丝学园的劝诱(老师)和打算绑架的人(人口贩卖子)非常多，所以不希望自己的孩子是个爱丽丝的父母较多。
拥有爱丽丝的方法目前确认有两种。一个是像是蜜柑和日向枣一样是父母的爱丽丝遗传的类型，另一个是像萤那样，父母并非爱丽丝而本人却作为爱丽丝出生的类型。是不是有父母是爱丽丝孩子就会作为爱丽丝出生的情况，目前不明。一般认为因为在回想场面安积柚香说“如果我的孩子不是爱丽丝就好了”所以有这种可能性。
爱丽丝学园
保护作为爱丽丝孩子并教育他们为第一目的，初、中、高直升式的全员住宿制学校。高等部与一般学校不同，因为五年制，二十岁才能毕业(但在第3卷23岁的毛利玲生说离开学园已有五年?)。爱丽丝能力者有像安藤翼和原田美咲尚未懂事就被发现，或像行平泉水长大之后才发现自己是爱丽丝能力者，再加上能力出现的时期会根据人也不同，入学时期七零八落。不过，最低入学年龄是三岁。
据说学园的毕业生们结婚的比例是占70%。从国家和大户得到著援助拿相当宽广的地基。从入学到毕业都不能与父母相见也无法通讯。和外面唯一联络方式只有信(但也有像蜜柑那样被盯上，结果寄出的信都被烧掉，或是枣那样不能收家人的信，或像柚香这种被父母抛弃而被拒绝寄信，学园会检查信件内容，萤就曾写过一封一定可以通过检查却超冷淡的信)。
表面是将不擅长控制自己爱丽丝的孩子入学园以保护做为目的，不过，也有像枣一样被逼去做地下工作。
由于不让家人见孩子，还让孩子做危险的工作的事等，因此来自外部与内部的排斥也不少。
但也有不少像Persona、安积柚香、小泉月、茨木野蔷薇等那样因为拥有爱丽丝而被父母无人性地抛弃的孩子。
设置著星阶级制度。干部生(特级星)、三星、二星、一星、无星，各个阶层影响平时的生活待遇和零用钱等。
花园会
中等部校长私有的“花姬”美少女沙龙。校长招待挑选的女学生，举行着每个季节大规模的活动。而被选中的女学生“花姬”每人都会有个花名。主要中等部以上为征选对象。不过，初等部的萤成为候选人。和服的穿着是基本的，而被招待的女学生会有豪华的和服赠与。
抽签方法有被校长发请帖，和抽到玉石的普通女学生。抽签玉石时常被校长反复无常遮住。
校长因为讨厌男人，所以男子绝对是禁止出入。不过，作为特例枣、乃木流架、圣阳一被招呼，条件是以女装。
ZERO
爱丽丝学园敌对的反体制组织。俗称“Z”。为了让感到被爱丽丝学园利用了的毕业生，向爱丽丝学园报复所组成进而组织化。但这事实上是初等部校长的阴谋，希望能继续利用毕业后的危力系学生做事。曾说打算将持有爱丽丝的人解放却诱拐、洗脑，且打算卖掉。
爱丽丝能力班别
潜在能力系
简称“潜力系”。一般人认识的超能力大多数被归入此系，
例如透视眼、预知未来、读心术等。该班别的学生一起上课时的气氛一般。
代表人物：飞田裕、心读君、神野老师
技术系
这班别的学生在制作物品时可以发挥特别能力，
有人甚至可以给所造的物品注入生命，例如可以活动的食物、图画和布偶。 技术系在学园祭的节目很受欢迎。 代表人物：今井萤、园生要、岬老师
体质系
这班别的爱丽丝与拥有者的身体有关，例如吸引其他人和动物的费洛蒙、可以跑得很快的能力或改变身体等。
代表人物：乃木流架、正田堇、鸣海·L·杏树老师
特别能力系
简称“特力系”。这班别的学生归纳不了以上三类的其它爱丽丝能力，
例如无效化、影子操控、增强别人的能力等。该系虽然不太受其他人重视，不过学生们相当团结。
代表人物：原田美咲、殿内明良、野田老师
危险能力系
简称“危力系”。这班别的学生其实来自以上四类，但被学园认为会对学园不利，
以这个借口秘密培育危险能力系的学生成为地下工作员，为学园执行不可告人的危险任务。 学园不愿向外界公开这个系的存在，连文化祭也无法参与。
代表人物：日向枣、圣阳一、小泉月、Persona、野蔷薇
爱丽丝的形式
孩童时期能力者(只有儿时才是能力者)
只有在孩童时期才能产生爱丽丝，一旦长大爱丽丝便会消失了。(代表人物：星野保志雄)
能力寿命很长
爱丽丝只能微量出现，相对地爱丽丝的能力可以持续很长久。(代表人物：野田老师)
能力寿命很短
可以一次爆发出来，但相对体内的爱丽丝能力会递减，最终会消失。(代表人物：日向葵、佐仓蜜柑)
每次使用都会缩短寿命
非常罕见，不知能力的底限，但每次使用爱丽丝均会缩短使用者的寿命，危害健康。(代表人物：园生要、日向枣)
星阶级
无星级
属于被认为无能的一类，或者是被校方觉得学生的爱丽丝对学校没利益的学生。蜜柑刚入学时，因为她的无效化爱丽丝，被神野老师评定她为无星级。
一星级
给予刚入学 / 表现一般的学生。
二星级
给予爱丽丝能力优秀 / 成绩较好的学生。
三星级
给予爱丽丝能力优秀 / 成绩优秀的学生。
特别星级(干部生)
给予爱丽丝能力优秀的学生 / 特殊的爱丽丝学生。
学园每个月向学生发放零用钱，不同星阶级的人所得的钱如下：
无星级：500圆
一星级：3000圆
二星级：5000圆
三星级：10000圆
干部生(特别星级)：30000圆
动画是能得到零用钱的单位不是“圆”，而是拉比特(Rt)。100圆=1拉比特。
舞台设置
故事舞台位于虚构的见泷原（日语：見滝原／みたきはら Mitakihara）市。城中充斥着可能实现的新科技，因此剧中的现代世界充满未来感，许多建筑物以迪拜、美国、欧洲与日本群马县的真实建筑为范本。在设置中，见泷原是近几年新开发的地方都市，新兴住宅区毗邻人工的景观绿地以及小溪，郊外则有风力发电设施、水门以及工厂等。见泷原作为行政区，有时被称为“市”，有时则又是“町”，官方资料并未统一。
剧中世界设置了魔法少女与魔女的存在，但不为一般人知晓。然而，早在史前时代全世界就有许多魔法少女了，历史借由她们的暗中活跃而被推动，包括克丽奥佩脱拉七世、卑弥呼、圣女贞德等史实人物都在其中。此外，被魔女盯上的人，则会原因不明地自杀或杀人。
本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。
本作所谓的魔法少女，是以“可以实现任何一个愿望”的代价与QB交换契约后，背负着“讨伐魔女”此一使命的存在。象征魔法少女资质的魔法系数，则取决于该名少女拥有的因果量，资质较高者通常是一国之主、被称为救世主的人物。然而，主角小圆虽然只是平凡的中学生，却拥有神明等级的高资质。
魔法少女缔约时，会同时生成名为“灵魂宝石”的物品。灵魂宝石是魔法力量的泉源，可以感知魔女存在的位置，也有发动变身的功能。基本外型都是鸡蛋状，但平常也化为戒指状，变身后依各人状况，变化为外型相异的饰品，镶嵌于身上某个地方。
魔女是一种奇形怪状的异物，通常伴随一般人看不见的异世界“结界”以及部下“使魔”出现。魔女身上携有名为“悲叹之种”的黑色宝石，这是魔法少女消灭魔女的直接酬劳。
使用魔法会使灵魂宝石逐渐混浊失去光辉，即使完全不使用魔法，维持一般身体活动仍会一点一滴累积混浊。悲叹之种可以转移灵魂宝石的混浊，以便魔法少女可以继续活动。因此，魔法少女必须定期消灭魔女，以避免灵魂宝石变得混浊。
在续作《［新篇］叛逆的物语》剧中，首次出现与灵魂宝石不同的“黑暗宝玉”。这是由“fort/da”游戏的粉红线轴与灵魂宝石的碎片、加上人类感情的极致所构筑而成的。黑暗宝玉通常呈夹式耳环状，附着在晓美焰的左耳上，耳环中的宝石封印了小圆的力量。
情节展开
出身于良好家庭，亲朋好友团聚，有哭有笑，是谁都拥有的日常生活。就读市立见泷原中学2年级的少女鹿目圆，如此平凡地过着幸福的每一天。直至一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆的命运开始改变。
当天，小圆与好友美树沙耶香在返家途中，撞见一只伤痕累累，被焰所猎杀的不明生物丘比（QB）。风波过后，QB希望少女们和自己交换契约，成为“魔法少女”讨伐人类之敌。然而此后，随着残酷真相渐遭揭露，小圆的想法也一再受到冲击……
本作以12页的独立单元式短篇开展故事。
作者在每一集中、大量渗入对日本的社会现象及自我的嘲讽、并基于作者本身的学识、使用自行创作或特定的词汇、带出有关事件、以及有关的笑点。因此作品内隐藏（或不明显）的物件及文字、让知情者会心微笑的时事材料、诙谐式模仿及笑话的内容另外、近代文学的复古风格、成为作品的最大特色。
风格方面有继承前作《改造新人类》之处、但题材的演绎则大为收敛、话题方面亦转趋社会化、因此作品更易令一般人接受。与过往作品一样、作者有让以前绘画过的人物、在本作出现；但碍于小学馆拥有旧作的版权、因此只能以暧昧的方式让他们出场。
作者持有教师执照（教員免許）。因此大众认为、这是作者选用老师（先生）身份作主角的原因。
此作的年份号并没有使用日本现行的年号“平成”、而是延续“昭和”的年号。因此故事开始的年份（2005年）是昭和80年。
倒数第二回中曾经用一个格子表示出实际上故事年份依然是平成，但是故意使用昭和的年号。
值得注意的是，每一回的篇名皆是改自文学著作的名称或是内文的摘录。
高中
依照男主角的说法、这是一间旧学校。校名由学校的赞助业者来命名、时常会变更（第90话时为铃木商店高校、第93话时被更改为山田乌冬面下井草店高中）。
学校内的班级依照伊吕波顺排序、故此2年へ组为二年级的第六班、而2年ほ组则是二年级的第五班。
2年へ组
班内的32名学生被称为“绝望的学生”、亦被主角称为“绝望教室”、但班上的气氛并不死寂。
班主任是糸色望。
这班离奇地没有副班主任（暗示其他班别都有副班主任）。
在“空降事件”（第25话）后、一直没有明示课室名牌（之前一直都有的）、因此暗示有可能本班实际上已变成“1年へ组”。其后在第28话‘本想证明、今年的新年’中、木津千里的学生证上的“第2学年”字样被改成“第1学年”。而后来也有短暂的变成“三年へ组”。
昭和80年度(2005)与昭和81年度(2006)的点名簿有些不同、可能这一班曾经换班过。
学生编号的安排方面、初见混乱、故此起初见不到学生们的编号。在日文版初版第一集中、部分女生的学号误记了（详情请参阅2年へ组学生的介绍）。中文版则继承了日文初版的错误、而未有更正。
东立中文版是叫2年29班、因为‘へ’在日文50音中排列数为第29个（一般的日本学校班级是按50音表次序排列；原文则是用伊吕波顺以いろはにほへ为编班顺序）。
在连载大约过了两年之后、漫画曾表示2年へ组全班被留级。