全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至现代之时，不死的怪物“卡巴内”突然出现。卡巴内被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭。被卡巴内啃咬的人几乎会变成卡巴内，并开始袭击人类。之后卡巴内爆发性地增殖，并覆盖全世界。

远东岛国“日之本(日ノ本/ひのもと)”的人们，为了对抗卡巴内的威胁，而在各地建造名为“驿”的城市并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸气机关车(通称“骏城”)。驿之间通过各自生产物的融通，总算是保全生活。

某天，穿越前线的骏城之一“甲铁城”来到显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。当晚，生驹与自称“无名”的那位白天的少女再会，此时一架骏城“扶桑城”突然暴走并突入了显金驿，那架骏城乘员全灭而且全部变成了卡巴内，卡巴内从骏城向显金驿溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，与卡巴内的战斗开始了。

14岁的少女大户爱(声：相川奏多)在深夜散步时被神秘的声音所引导，并得到了一颗据称可以让她获得想要事物的“奇迹之蛋”。很久已没有上学的她，犹豫着要如何处置获得的蛋，并打算动身前往前一天得到蛋的地方。一开家门踏出没有几步，却发现自己来到了学校。小爱躲进了厕所，再次遇上那道神秘的声音。那道声音要她“打破那颗蛋”。她一气之下把蛋扔出去，意外打破了那颗蛋。变大了的蛋中出现了一名叫做西城胡桃(声：安济知佳)的少女。胡桃被突然出现的“假装看不见”(怪物)追杀。两人逃走途中，胡桃告知小爱“假装看不见”只会追杀她，并不会追杀小爱;小爱在这个蛋中世界也不会真正受到伤害，只有胡桃自己会受伤。胡桃需要逃到钟声响起才算过关。之后，胡桃留下小爱，独自逃走。

大户爱

两人分离后，小爱遇见一个雕像。这个雕像是小爱还没有不去上学之前，在学校认识的唯一一个朋友——长濑小糸(声：田所梓)。小爱因异色瞳而在学校受到霸凌，只有刚转校的小糸愿意跟她当朋友。长濑因未知原因而跳楼自杀之后，小爱因“背叛了朋友”而自责不已，自此不再上学。小爱在雕像下待了一会后，看到胡桃快被怪物追上，情况危急。她鼓起勇气，下定决心不再“假装看不见”，击退怪物。胡桃在最后留下一句“不要忘记我喔”后，就消失不见了。小爱也发现雕像变得温暖了一点点，察觉到在蛋中世界保护更多的人，就可以救回小糸。

小爱因在蛋中世界受的伤而倒下，躺在医院。她兴奋地跑去地下的花园——她之前得到蛋的地方，发现不只自己会前来购买“奇迹之蛋”。过去一看，她看到正在扭出大量“奇迹之蛋”的青沼音瑠(声：楠木灯)。

羽鸟智世是个无依无靠、没有求生欲望和方法、一无所有的十五岁少女，却有一名非人类的魔法使艾利亚斯·恩滋华斯以五百万英镑买下智世，并把她当成“徒弟”和“新娘”，她心中停止已久的时间也开始慢慢地运转……

不论是能够回去的地方，还是生存的理由，亦或是活下去的手段，她都一无所有。除了一种与生俱来的特别力量之外。将这样的智世收为弟子，以及迎作未来新娘的是，异形的魔法使·艾利亚斯。在融入自然、生活了悠久时日的魔法使生活当中，智世一点一点地取回她所重视的某些东西……。这是为了知晓世间美丽，而编织的故事。