突然出现在的神秘飞翔体“灾”，压倒了人类的航空战力。为了与之对抗而开发的，便是对现有机体进行改造，被称为“子体”的兵器。负责操控的则是名为“阿尼玛”的操纵机构。

它──竟拥有少女的外表。与鸣谷慧相遇的是闪耀鲜红光辉的战斗机，以及驾驶它的阿尼玛·格里芬。作为人类王牌的少女，还有一心向往天空的少年，两人的故事就此展开。

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位于东京西部的巨大“学园都市”。

在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。

在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。

最强而最凶的“恶”——一方通行，

扫平学园都市的“黑暗”!!

用语

某科学的势力

兵器

Numbers（ナンバーズ）

为埃斯特尔一家使用的拟似魂魄。名称取自中国神话的传说生物，除祸斗外来自四凶。

祸斗（禍斗（かと），Kato，声：渡部纱弓）

参见： § 人皮狭美

梼杌（檮杌（とうこつ），Toukotsu，声：真野步）

参见： § 菱形蛭魅

穷奇（窮奇（きゅうき），Kyuuki，声：小针彩希）

青色猎犬型机器人，公式强化后可与饕餮“视觉共享”。

饕餮（饕餮（とうてつ），Toutetsu）

紫色四足桌子型机器人，能力是“转移物质”。

浑沌（渾沌（こんとん），Konton）

土黄色球形外壳机器人，能力是“感知弱化”。

组织

DA（DA（ディーエー））

正式名称为Disciplinary Action。警备员的黑暗面，仅占学园都市一成的警备员人口力量里面最大的偏激武装秘密结社，自称“正义组织”，曾经扮成医疗人员和现役警备员向一般市民面前出现搜集可利用的实验材料，但是他们与警备员不同，警备员绝对不会举枪对着手无寸铁的学生和背后对学生采取暴力对待（人皮狭美气绝于他们手上），采取融尸灭迹手段龌龊。

组成成员基本都是在警备员队伍里面因为犯错或者心存报复辞退的原警备员和科学家组成，拥有和现役甚至超越现役警备员武装水平的设备武器，最强的武器是搭载格斗林机枪和回旋飞镖的多足重型兵器（需要有人在里面操作），因为背后有统括理事会成员亡本里藏背后支持。

与理事侧和警备员侧为敌。亡本后来因为觉得他们做的太过火，派出食尸部队清除。因埃斯特通风报信与一方通行，回收最后之作任务失败。转而抓获御坂妹妹10046号作为人质，后来菱形需要御坂妹妹脑内10031次死亡记录，被多方势力（警备员、食尸部队、一方通行）找上前阻止。

食尸部队（屍食部隊（スカベンジャー），Scavenger）

统括理事会直属部队，成员数四人。在《死灵术师篇》中，被派遣消灭DA并回收御坂10046号，被乱入的一方通行打得落花流水，任务后遭到降级。

其后在《某科学的超电磁炮》的《天赋梦路篇》中接受委托回收“分身”，结尾因功（与首领的强硬态度）而回复原阶级。

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这个世界被异形生物所支配，而人类则处于食物链的最底层，并面临灭绝的危机。

某天，一名人类少女与森林守护者“哥雷姆”相遇，为了寻找少女的父母而与伪装成“牛角族”的人类少女展开踏上寻找人类住民的旅途。

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