故事发生在遥远的未来。由于人类过度开采地球资源，地球变得荒芜而不再适合人类居住。人类在寻找新能源时发现了“熔岩燃料”，但“熔岩燃料”的开采会吸引来半机械生命体“叫龙”(叫竜(きょりゅう))的攻击。为对抗叫龙，幸存的人类发明了人形战斗机甲“FranXX”，并将男孩和女孩训练成“操纵者”(パラサイト，Parasite)，配成一对共同驾驶 FRANXX 与叫龙作战。其中一名男孩广在过去被视为神童。但他在一次失败后变得无法驾驶 FRANXX，这让他失去生存的欲望，直到他遇见一位名叫“02”的女性操纵者。故事由此展开。

登场机体

第13都市部队

鹤望兰(ストレリチア，Strelizia)

广与02的FRANXX机体。头部有着尖角、以白色为主的机体。02单独驾驶的情况下会进入Stampede Mode的四足野兽型态。配有名为“Queen Pike”的巨型长矛。

鹤望兰·天燕(ストレリチア・アパス，Strelizia Apus)

鹤望兰的巨大FRANXX机体。

鹤望兰·真·天燕(ストレリチア・真・アパス，Strelizia True Apus)

鹤望兰变身02新娘的巨大FRANXX机体。

翠雀(デルフィニウム，Delphinium)

莓与五郎的FRANXX机体。持有两把剑型武器“Envy Shop”。

青葙(アルジェンティア，Argentea)

未来与揃目(纯位数)的FRANXX机体。配备爪型武器“Night Claw”，擅长以高速进行接近战。

金雀(ジェニスタ，Genista)

开始时由心与太操纵的FRANXX机体，后改由心与满驾驶。有着看似大衣的重装甲，配有名为“Rook Sparrow”的附刺刀重型火炮。心曾在单独驾驶的情况下进入过Stampede Mode的四足野兽型态，但只持续数秒就被满制止。

吊兰(クロロフィッツ，Chlorophytum)

开始时由生野(郁乃)与满操作的FRANXX机体，后改由生野与太驾驶。手臂上一对名为“Wing Spang”的部件足以令它飞行一段时间，内藏的高速机炮使它擅长打游击战和进行支援。

第13都市部队以外的机体

第26部队量产机(第26部隊量産機)

26部队的FRANXX机体。机身以黑色为基础，眼睛部位为护目镜式，和13部队的机体不同，无法呈现出表情。不过机体性能相当，以采取联合攻击为主。

九式(九式(きゅうしき))

9's部队的专用的白色FRANXX机体。与其他FRANXX机体不同，是由雄雌蕊都可以担任机体和负责操作。

用语

APE

由来源、身份不明的科学家组成，统治人类的机构。

黄血球(黄血球)

人造血球，身为驾驶者的孩子们的血液中特有的成分，是与FRANXX进行同调时必需的化学物质。

EXLIXIR注射(エリキシル注射)

对于体质较弱的孩子们进行的药剂注射。使其身为Parasite的适应性大幅提升，但有着只有15%生还率的副作用。

大人/小孩(オトナ/コドモ)

在这个世界上已经进化的人类，“孩子”们都被以编号(Code Number)称呼。

叫龙(叫竜(きょりゅう))

袭击人类的巨大生物们的总称。以体型大小分为最小型的康拉德级(Conrad)、约有FRANXX两倍大小的莫霍罗维奇级(Mohorovičić)，一般简称莫霍级(Moho)，和有着超大体型的古腾堡(Gutenberg)级，以及有古腾堡级数倍大小，力量足以掀翻生态堡的超雷曼级。就算是同级也有不同的姿态与能力。血液为蓝色，有着会向熔岩燃料产生的能量反应处聚集的特性，必须破坏体内的核心才能将其消灭。在FRANXX被开发出来之前，击破叫龙需要动用数枚核弹才行。

实际上是叫龙人所制造、用来对抗VIRM的生物兵器。

Stampede Mode(スタンピード・モード)

指FRANXX脱离操纵者的控制，变形、暴走状态的情况。

第13生态堡“樱”(第13プランテーション「セラスス」，Plantation Cerasus)

主人公们所属的第13部队被分配到的生态堡(Plantation)。由于02正式配属至此处，所以被列入特别观察的对象之中。

于第15话大裂口攻略战中，在山脉型叫龙的强袭、西瓜虫型叫龙们的入侵、巨臂型叫龙的镇压下，陷入半毁坏的地步。

第26生态堡“菊”(第26プランテーション「クリサンセマム」，Plantation Coleostephus)

与“樱”连接的生态堡。第15话大裂口攻略战中被突然从正下方蹦出了山脉型叫龙击沉。

寄生植物(パラサイト，Parasite)

FRANXX的搭乘、操纵者们的总称。年纪都在十几岁左右，只会给予战斗所需的情报与资料，除此之外的事项皆为封锁状态，操纵者会给予编号互相称呼，在作息时间与活动空间都有着严格的管制。只有13都市部队成员是因为广的提议与命名才有了各自的名字。

雌蕊/雄蕊(ピスティル/ステイメン，Pistil/Stamen)

FRANXX的女性操纵者被称为雌蕊(Pistil)，男性被称为雄蕊(Stamen)。

FRANXX(フランクス)

人类为了对抗叫龙所制作的机器人兵器。

其运动性能与可施展的动作完全依照雌蕊的身体状态而定，在受创时对雌蕊会产生幻痛，受创严重的话会导致雌蕊昏厥使机体性能停止。必须要在雄蕊与雌蕊互相信赖的情况下才能发挥出机体真正的性能。

已知在搭乘的情况下会造成驾驶员的老化，如未来在大裂缝作战后就有头发发根开始变白的情况发生，若是一次大量使用机体的能量，就会像生野(郁乃)那样瞬间白头。

试作型的FRANXX为单人驾驶模式，由于当时大人的驾驶员已失去生殖能力而无法满足启动机体的需求，才需要投入具有黄血球、拥有生殖能力的孩子们驾驶，并改成现在的双人驾驶模式。

正极性脉冲/负极性脉冲(ポジティブパルス/ネガティブパルス，Positive Pulse/Negative Pulse)

搭乘FRANXX时，两名操纵者之间必须同调，为此称之为两人(操纵者)所发出的信号。

米斯特尔汀(ミストルティン，Misteltein)

通称“鸟笼”。种植园(Plantation)内“孩子”们所生活的区域。

魔物与王子殿下(まものと王子様)

02在年幼时所获得的绘本，而她亦在此学懂“Darling”一词。

绘本内容讲述身为魔物的公主希望与人类王子结婚，公主之后找到魔女并求她将自己变为人类，但时限一到公主便会打回原型，必须杀掉王子才能维持人类外表，最终公主不忍而毅然离去。

叫龙人(叫竜人(きょりゅうじん))

于本作故事开始前的6000万年前的太古时代，与来自宇宙的侵略者VIRM交战、和现在的人类有着完全不同的文明的古代种族。

VIRM(VIRM(ビルム))

来自宇宙的侵略者，被叫龙公主称为“真正的敌人”而一直警戒着。

要求宇宙中其他生命体舍弃肉体并与他们加以同化的侵略者，不从者就会对其展开全面战争。对于人类意见保持中立的态度

情节概要

史派克(Spike)和杰特(Jet)是驾驶飞船Bebop号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲(Faye)和电脑神童艾德(Ed)，并收养了拥有高智商的数据狗爱因(Ein)。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。

世界观

2071年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的自由移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家、政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。为了在人力资源不足的情况下抓捕罪犯，有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，“赏金猎人”这个职业也就由此诞生了。

本剧设定在2000年9月13日，南极大陆上发生大爆炸，造成南极的冰川融化、地轴扭曲，随之而来的海平面上升、全球气候异常，加上后来引发的战争等因素，导致世界人口减半。随着接连不断的大规模战争结束，各国军队编入“国联”军队。此次侵袭人类的大灾难被称为第二次冲击，“国联”发表的大灾难原因是“大质量的陨石撞击南极”。实际上却是为了在其他使徒觉醒之前将第一使徒亚当还原成卵的结果，而秘密组织SEELE凭借其巨大影响力隐瞒了事实真相。

SEELE经由《死海文书》获悉了相关讯息，事先采取了一系列措施。使徒拥有强大的A.T.力场(绝对领域)，一般的武器无法消灭它，为阻止使徒毁灭人类而设立Gehirn开发泛用人型决战兵器——人造人Evangelion(简称：EVA)，并且建立起要塞都市——第3新东京市，也是Gehirn总部所在地。Gehirn之后改组为NERV，全力推行人类补完计划。

剧情

剧中的2015年，在被称为“第二次冲击”的全球大灾难过去十五年后，14岁的碇真嗣应其关系疏远的父亲碇源堂的要求来到了未来都市第3新东京市。其父正是特殊准军事组织NERV的司令。在抵达这个城市后，真嗣目击了作战部队对不明物体“使徒”的作战。死海古卷曾预言过使徒这种巨型怪物的觉醒，而NERV的巨型人形生物兵器EVA是唯一能阻止使徒毁灭人类的武器。为了驾驶这种人形兵器，驾驶员必须在EVA内部与其进行神经系统的同步。NERV成员葛城美里护送真嗣进入NERV复杂的地下都市，在那里真嗣的父亲迫使他驾驶EVA初号机对阵使徒。

没有受过训练的真嗣在战斗中很快就被打倒，进而使得初号机失控，并自行野蛮地消灭了使徒。经过住院治疗后，真嗣搬到美里住处并开始在第三新东京市的定居生活。在第二次战斗中真嗣在情绪激动下不顾命令摧毁了一个使徒，但之后被指责而产生负面情绪，并试图逃跑。

最终真嗣面对美里并决定继续担任驾驶员。与此同时，此前在实验中受损的EVA零号机已被修复，而真嗣试图与其驾驶员——神秘而冷漠的14岁女孩绫波丽交流。美里制定的一项名叫“屋岛作战”的作战计划成功的击败了另一个使徒，但驾驶EVA零号机的绫波在战斗中受伤，而真嗣也险些丧命。

NERV的首席科学家赤木律子告知真嗣，被称为第二次冲击的那场全球大灾难并不是像正式报告中提到的那样由流星撞击南极洲造成的，而是第一个出现在地球上的名叫亚当的使徒在南极引发的爆炸。在打倒海上出现的使徒后，EVA二号机的驾驶员——一个同样14岁的女孩惣流·明日香·兰格雷，也搬来同美里和真嗣住在一起。之后真嗣同明日香一起联手击败了一个会分身的使徒。

真嗣班上一个名叫铃原冬二的男孩被选作EVA三号机的驾驶员，但在他第一次进行同步测试时，三号机突然被使徒控制。在真嗣拒绝同被认定为使徒的三号机战斗后，他驾驶的初号机被切断操控，并由独立的模拟插入栓系统所取代，因而初号机野蛮地撕开了三号机并压碎了载有冬二的插入栓。真嗣在这次与被迫对冬二驾驶的三号机进行的作战中心受重伤，并暂时退出驾驶EVA，但为了消灭之后新出现的已经接连打倒明日香和丽的使徒而被迫回归。在接下来的战斗中，明日香因为被使徒进行了心理攻击，失去了自信心陷入了精神崩溃。丽为了救真嗣而启动零号机的自毁系统与使徒同归于尽。当美里和真嗣之后前往医院时，在那里发现还活着的丽，但其自称是“第三个丽”。美里迫使律子透露NERV的黑暗另一面，EVA墓地以及模拟插入栓系统是使用丽的克隆人来运行的。

明日香因意志消沉，精神彻底崩溃而昏迷，来自Seele的少年渚薰取代她成为贰号机的驾驶员。真嗣最初同薰成为好友，但之后发现他其实是最后的使徒。薰与真嗣战斗，并在见到封印在地底深处的莉莉斯之后发觉自己遭到人类欺骗，并且意识到如果人类要茁壮成长，他自己就必须死。他要求真嗣杀了他。而真嗣在犹豫过后最终杀死了薰。这一行为引发了人类的强制进化，被称为“人类补完计划”，所有人类的灵魂都将被合并成一个。在最后一集中，真嗣的灵魂在精神上扭转了他自身存在的理由，并达到一种顿悟，使他能够摧毁整部片中折磨着他的由消极态度和情感所组成的墙。在结尾，真嗣笑着感谢大家，而其他人也都为他鼓掌。