故事设定在第二次世界大战后，日本的国家主权受制于美国。90年代中期。日本首都制药公司在大脑机能领域开发出了新药。新进和平塾得知后开始推行雅典娜计划。共聚集了26个小于5岁的孩子，人工培养出类学者症候群。但药物严重的副作用导致孩子相继死亡，最终计划以失败告终。在这些孩子中NINE和TWELVE一起逃出了试验基地，而未曾逃走但幸存下来的FIVE则秘密被美国政府收留。

长大后NINE和TWELVE于某日在青森县的核废料处理设施中合同抢走了秘密开发的雏形原子弹，之后他们二人以斯芬克斯的代号针对参与了雅典娜计划的政府官员进行复仇。于是他们成功地炸毁了东京都厅的部分建筑，以此向社会引起警示。

半年后，暑假即将开始前的夏日里，先前不明身份的两人化名为九重新(其中九代表9)的9与久见冬二(日语中“冬”与10读音相同，二则指2)的12以转校生的名义来到一所高中，但不久又离开，期间他们在一栋大楼制造了恐怖袭击事件，并以此为某一计划的开始。之后两人开始以斯宾克斯(スピンクス)为名，在城市制造炸弹袭击事件(并未伤及人员)向他们所憎恨的已终止进行的“雅典娜计划”的策划者及执行者复仇，为此展开了与日本警视厅(特别是柴崎健次郎)的对战。

雅典娜计划(アテネ计画)

在90年代中期，专门从事脑机能研究的日本首都制药公司偶然开发出一种新药，成为一切的开端。新进平和塾看中他们的研究成果，于是就策划出“雅典娜计划”，毫无保留地投放大量研究费用和最优秀的人才。该计划成立的最终目标就是要用人工的方法，培育出一群有近似学者症候群的小朋友，换句话说就是他们想制造出一群人工天才。

不过那种新药不是对所有人都有效，只是对在成长期，即是五岁以下的小朋友才有效。因此主导这个计划的团体-新进平和塾，便为全国五岁以下的孤儿进行智能测试，将通过测试的小朋友召集回来。最后一共集合了26个小孩进行计划，他们全都是白老鼠。他们把那个地方称为“租界”，在那里进行实验。那里的小孩全都没有名字，因为是用实验号码来称呼他们。

不仅如此，新药的药效不是普通人的肉体和精神能够轻易承受。很多实验体的身体支持不了，又或是精神上出现严重问题，结果大部分都受不住而死掉。到最后，雅典娜计划以失败告终。

美国政府发现了这计划后随之介入，于是计划被迫于7年前被迫终止。实验结束之后，只Five存活下来，被美国机构接收，NINE和TWELVE则8年前(计划终止前一年)于“租界”放火，破坏保安系统，并且翻墙逃出。

每集列表

本作品主角"三桥廉"是个希望自己成为所属球队王牌投手的少年，在中学时期被认为靠着爷爷是三星学园经营者的关系，才能成为该校棒球部的王牌投手，因此队友对三桥有着极大的反感，在比赛中捕手不愿意引导三桥，其他队友在守备上也没有全力配合，任凭三桥独自一人在投手丘上面对打者，结果不但造成其在中学三年一胜难求，更导致他懦弱、自卑又孤僻的个性，甚至一度考虑放弃棒球。

希望自己有所改变的三桥在毕业后决定不直升三星学园的高等部，转赴埼玉县投考高校，并进入县立西浦高校就读。他在社团展览徘徊，之后抱着只是看看的心情走到棒球部，没想到意外被监督百枝麻里亚半强迫地加入，而且是全队唯一具有投手经验的成员，顺理成章成为西浦高校棒球部的投手。该校棒球部全体成员都是一年级，且刚从软式棒球部转型成硬式棒球部。三桥在捕手阿部隆也的引导下发挥出苦练而成的极精准控球能力，透过一场场的比赛、兼顾技术及心理层面的严格训练及队友间的紧密互动逐渐找到自信心及朋友间的信任感，全队携手朝着甲子园优胜的目标迈进。

创作背景

作者樋口朝毕业于埼玉县立浦和西高等学校，而故事舞台的埼玉县立西浦高校是以作者母校为蓝本。故事是以主角三桥廉就读西浦高校并意外加入该校刚从软式转型成硬式的棒球部，十名成员都是一年级的新生做为开始。本作在校园、运动场的风景等亦完整呈现出来。作者自己常常访问母校的棒球部，亦长期观察棒球部的练习。在作品中登场的车站和棒球场也按照实物描绘。

也因为这部作品的大风行，作者的母校就以这部动画的画面作为首页的宣传图。

主要登场学校

西浦高校

是本作品的主角学校，其原型是作者樋口朝的高中母校埼玉县立浦和西高等学校。西浦高校是一所公立的共学（男女合校）私服校。本学年将学校的软式棒球部改成硬式棒球部，所招收到的十名选手皆是一年级，并且聘请软式棒球部时代的校友百枝麻里亚（女性）担任监督。指导老师为志贺刚司，经理为筱冈千代。

武藏野第一高校

武藏野第一高校是本作动画版特别篇“基本中的基本”的故事舞台。是一所足球部的比赛成绩与名气皆大大优于棒球部的学校。由于无法招收到技术方面较为优秀的选手，因此在各项比赛当中往往是第一战就败北。但是从去年秋季大会开始，在阵中王牌投手榛名元希带领下，战绩大幅提升，今年夏季大会更名列C种子学校。

桐青高校

桐青高校是西浦高校在夏季大会（全国高校野球选手权大会，又称“夏季甲子园”）埼玉县大会初战（二回战）的对战学校。基督教的教会学校，中高一贯。曾于去年夏季大会获得埼玉县优胜而打进甲子园（即全国大会）。传统上，棒球部每年都会让一位高一选手成为正选；同时，除了三年级之外的选手背号都很大，则是该校的另一项传统。

三星学园

是本作主角三桥廉的中学母校。位于群马县，是“中、高一贯校”（中国台湾称为“完全中学”），采男女同校但分班的管理方式，理事长是三桥的祖父。该校高中部以体育推荐的方式招收来自他县的学生。中学时期的三桥虽然是该校棒球部中学部的王牌投手，却因为三年来一胜难求及和队友相处上的困难而度过了十分不愉快的中学生活。

此校的原型是位于大阪的PL学园高等学校。

埼玉高校

是西浦高校在夏季大会三回战的对战学校。埼玉县立的农业高校。棒球部成员共十一人，其中仅有一位三年级学生，故以一、二年级学生为主。春季大会因为社团人数不足而没有参赛，夏季大会在阵中打击率将近百分之百的第五棒，捕手佐仓大地的带领下，连过两关打进三回战。

美丞大狭山高中

是西浦高校在夏季大会五回战的对战学校。监督为两名年轻男性。其中一名仲泽吕佳则是桐青高中候补捕手仲泽利央的哥哥，另一名为滝井朋也。有三名投手，三位都并没有相当出色，但拥有各自擅长的领域。与西浦高中对战时，借由桐青捕手的帮助，充分了解并解读了西浦。

在一个夏天——

突然、袭击了东京的大规模的恐怖爆炸。

使这个平稳的国家从睡眠中醒来的事件的犯人、

仅为两个男孩——

自称“Sphinx”（斯宾克斯）的犯人

现在被卷入的一场日本的庞大的“游戏”，开始了。