《ZEXAL》的故事发生在近未来都市“心之地市”，而《ZEXALII》里则转往两个更高次元的世界：“星光界”和“巴利安世界”(又译异晶人世界，下同)。在心之地市盛行AR决斗(AR·デュエル)，AR意为扩增实境，在规则和一般站立式决斗无异。决斗者需使用“D视镜(D・ゲイザー)”和“D面板(D・パッド，D Pad)”进行决斗，这些装备只用于提升作中角色视角的视觉效果。《ZEXAL》的主流召唤方式是超量召唤(エクシーズ召喚)，借由将两个以上的怪兽“叠放”而召唤超量怪兽入场，在超量怪兽中有100张“编号怪兽”，是主角欲搜集的目标。

中学生九十九游马与学校头号不良少年神代凌牙决斗，而这场决斗改变游马的命运。于该决斗中，出现在九十九游马梦里的诡异大门突然出现，并由九十九游马利用挂坠打开。大门散发出无数光芒，站著九十九游马身旁的是从异世界来的神秘生命体阿斯特拉尔，为取回阿斯特拉尔失去的记忆，需要拿回99张编号怪兽，因此九十九游马及阿斯特拉尔两人开始一起行动。

阿斯特拉尔出现真正目的是什么?新的怪兽“编号怪兽”的存在到底是何方神圣?面对持续出现在游马面前的强力劲敌，阿斯特拉尔身上的谜团也逐渐明朗。而本作就是讲述这搭挡缔造的新决斗传说。

由八百比丘尼抚育长大的野狐“柚”为了学习待人处事而来到高级温泉旅馆此花亭担任服务员（仲居），在与服务员前辈们一起生活的同时，也体验了许多由造访此花亭的神明所交织出的奇幻事件。

每集列表

佐藤和真在某次意外中死亡。负责管理日本意外死亡青少年的水流女神阿克娅表示，某个异世界正受到魔王军肆虐、人口大量减少，假如和真愿意转生到该世界，和真可以受到保留记忆、带走一样额外的神装或技能等优待。与此同时，阿克娅不断嘲笑和真在原世界的颓废与丢脸的死法。于是和真受不了阿克娅的冷嘲热讽，在转生前选择不带走任何神装而带走阿克娅——负责接替阿克娅的女神表示，唯有打倒魔王，才会让阿克娅回到原本的职位。

被当成冒险者送到异世界的和真，与明明是水流女神却只精进于宴会才艺的阿克娅、每日限定一发爆裂魔法的红魔族少女惠惠、命中率0%且被打反而会高潮的抖M波霸美女达克妮丝这些特别的角色结伴，过着在异世界为获得安定生活而努力的日常，但基本上故事没有一个是正常人。

然而这是一个相当疯狂且超乎现代一般人常识的异世界，虽然背景设定极似和真熟悉的RPG游戏，但里头从动植物、怪物、恶魔到冒险者们都具有各自的“强烈”特性，让原本想循一般冒险者晋级模式在新手城镇平淡过日子的和真一开始就相当辛苦。偏偏身边这些个性特别的伙伴惹出许多事端，一度让和真陷入背负庞大债务又被怀疑是魔王军人马而论罪的险境，好在每次都有惊无险又意外不断地度过难关。

之后在解决阿尔达普逼婚达克妮丝的风波后，稍显成熟了点的和真一行开始踏出新手城镇，先后在红魔之里、贝尔泽古王都和埃尔罗得王国经历“不可思议”的冒险，又阴错阳差间打倒了许多魔王军干部，最终成功打倒魔王。