本作首次将高达系列的舞台放到了名为“宇宙纪元”的世界中，在这个时空下，人类分为在地球土生土长的“自然人”以及被称为“调整者”的基因改造人类。故事剧情的主要矛盾冲突由自然人对调整者的能力的嫉妒和憎恶派生，进而产生仇恨，最终几乎所有调整者都移民到了外太空，在由他们自己设计名为P.L.A.N.T.的巨大轨道空间殖民地内，自号为“P.L.A.N.T.”并过着田园诗般的生活。但是地球和P.L.A.N.T.之间最终还是爆发了战争。
地球分为两个主要派系：“地球联合”由大多数自然人国家组成，主要是欧亚联邦和大西洋联邦，以及一个被称为“蓝色宇宙”的自然人至上主义团体，其口号是“为了保护我们的蓝色和纯净的世界”。“地球联合”不是一个统一的联盟，各民族国家之间存在着各种内斗和不信任；第二个主要的地球国家是欧普联合首长国，一个坚定的政治中立和孤立主义国家，位于由世袭君主制统治的小太平洋岛屿上，而且其公民中包含有部分调整者。
在故事开始前，发生了两件大事，其一是被称之为“血之情人节”的悲剧。事件中，隶属于P.L.A.N.T.的一个空间殖民地“尤尼乌斯7号”被地球联合的核弹摧毁；其二是P.L.A.N.T.发起了反击，将中子干扰器深埋在地壳中，使所有的核反应、远程雷达和无线电都被干扰而不能运作，进而导致地球大部分地区没有电力和通信，并使得机动兵器需要依赖可充电电池来驱动。
P.L.A.N.T.是一个技术强国，尽管人口非常少，但是开发了许多新技术使得能够与地球方面相匹敌。而对机动兵器的开发使得他们在战争开始时占尽优势。
故事开始于中立的欧普联合所拥有的太空殖民地赫立奥波利斯，秘密开发了5台先进的机动战士，用于投入地球联合的部队，以换取他们的技术数据与中立的欧普联合军队进行共享。此外，赫立奥波利斯还为地球联合军建造了一艘独特的航母战列舰——“大天使”号作为5台机动战士的母舰。该殖民地遭到调整者军队扎夫特部队的攻击，其目的是窃取新型的机动战士。在扎夫特军入侵期间，一名欧普联合的学生，同时也是调整者的基拉·大和在看到朋友处于危险之中时，驾驶GAT-X05“突击高达”以抵挡入侵者，但在随后的战斗中，殖民地遭到严重破坏。随着赫立奥波利斯的解体，幸存者们登上了“大天使”号，开始了他们前往阿拉斯加地球联合基地的旅程。在前往阿拉斯加的旅程中，基拉驾驶突击高达击退了一系列来自扎夫特军的袭击，但在与他童年好友阿斯兰·萨拉的一次战斗中，双方差一点都被对方击杀。基拉在袭击中幸存下来，并由一名盲人牧师带到一个P.L.A.N.T.太空殖民地，在调整者家中修养。在此期间，大天使号抵达了阿拉斯加，但是扎夫特军对那里发起了全面攻击，压倒性的击退了地球联合部队。
在地球联合即将溃败的时候，基拉驾驶ZGMF-X10A“自由高达”前往阿拉斯加，这是一台搭载有高度先进的核动力和反中子干扰器的扎夫特机动战士，由P.L.A.N.T.最高评议会主席西盖尔·克莱因的调整者女儿、P.L.A.N.T.流行歌星拉克丝·克莱因授意偷走。利用自由高达，基拉结束了扎夫特和地球联合两军之间的战斗，但阿拉斯加基地随后还是被摧毁了。大天使号最终逃亡了中立国欧普联合。最终大天使号和新造舰“草薙”号离开地球进入太空，之后他们与拉克丝·克莱因领导的P.L.A.N.T.反对派和他们窃取的扎夫特军新造战舰“永恒”号（原本用于支援扎夫特军造机动战士用）汇合，共同组成“三舰同盟”以结束自然人与调整者之间战争的共同目标。在冲突中，阿斯兰得知基拉幸存下来并依照命令追捕他以夺回自由高达，与此同时获得了同样强大的原型机动战士ZGMF-X09A“正义高达”。然而，在得知作为P.L.A.N.T.最高评议会激进派领导人的父亲帕特里克·萨拉计划实施种族灭绝之后，阿斯兰抛弃了他的父亲并加入了“三舰同盟”。在最终战斗中，地球联合部队部署了装备有中子干扰器对消技术的核武器，该技术是从自由高达和正义高达动力系统的被盗数据中复制而来的。地球联合部队打算用核武器摧毁P.L.A.N.T.太空殖民地，但被扎夫特的创世纪阻止，这是一种搭载有微波激光器的超级武器，旨在对自然界进行种族灭绝。在三舰同盟的干预下创世纪最终被击毁并结束了战斗。随着和平条约的签署，战争最终结束。
位于东京都千代田区的传统高中音乃木坂学院，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。穗乃果为了避免学校被废校，想到只要成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数就会上升！所以，高坂穗乃果、南小鸟和园田海未决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己的校园。
活泼健气的高坂穗乃果（新田惠海 配音），温 文尔雅的园田海未（三森铃子 配音），温柔勇敢的南小鸟（内田彩 配音），聪明伶俐的混血儿绚濑绘里（南条爱乃 配音），我行我素的学生会长东条希（楠田亚衣奈 配音），傲娇大小姐西木野真姬 （堀絵梨子 配音），运动系少女星空凛（饭田里穂 配音），默默无闻的小泉花阳（久保由利香 配音），OTAKU宅女矢泽妮可（德井青空 配音），这些勇敢的少女组成了偶像团体，发誓要为了保护学校不被废校而做出绝对的努力。
一所位于东京都千代田区的传统高校“音乃木坂学院”，因为入读的学生人数骤减，所以正面临着废校的危机。其中有三名少女想到一条妙计——成为偶像，只要她们成为偶像，学校的名气便会增加，而入读学生的人数亦会上升。就这样，九位个性鲜明的少女决定一起努力成为偶像，希望可以凭借偶像的名气增加生源来挽救自己所喜爱的校园。
渴望成为偶像的女高中生源樱在2008年某日被卡车撞死，她在十年后清醒并发现自己成为僵尸，收留樱的神秘经纪人巽幸太郎要求樱与六位来自不同时期的女性僵尸组成偶像团体，以振兴佐贺县。在初次演出后，对生前记忆毫无所悉的樱想起了片段记忆。
之后，她们将团体定名为“Fran Chou Chou”，二阶堂咲自荐担任队长。她们在佐贺城进行了饶舌对决、在唐津车站快闪演出、代言嬉野市的制药公司产品和佐贺的鸡肉料理专卖店Drive-In Tori、参与鹿岛泥林匹克，知名度逐渐提高，同时引起了记者大古场新太的注意。
在一次摄影见面会中，成员绀野纯子与水野爱就和粉丝互动一事的观点不同而产生冲突，并拒绝参与练习。樱在与纯子对谈时得知她死于飞机失事，而咲则得知水野爱遭雷击而死。在巽告诉纯子并不需要迎合现代的偶像标准后，她回归团队并一同参与Rock Saga。在演出进行到一半时，她们再度遭闪电击中，不但没有受到伤害，反而还在全身发光的情况下演出电音舞曲，进而受到大篇幅报导。在Fran Chou Chou进行多场演出后，成员星川莉莉的父亲认出了自己的孩子，Fran Chou Chou特别设计了演出，让莉莉向父亲道别。咲阻止了以前率领的暴走族与另一群暴走族的纷争，并透过举办演唱会来让两个帮派和解。
Fran Chou Chou即将在唐津市乡土会馆Arpino举办观众数达500人的大型演出，樱认为这是找回记忆的线索，因此十分焦躁。她们被送到山上进行修练，但因其它成员都在考虑野外求生，让重视排练的樱和其它成员产生不合，她透过观察其它成员排练意识到自己的自私并重新融入团队。演唱会开始前一周，樱再次被卡车撞到，恢复了生前的记忆，也失去僵尸期间的记忆。
在得知自己的经历后，樱变得十分消极并认为自己的努力不会产生好结果，不过其它成员仍没有放弃，她们协力说服樱登台演出，强调即使失败也在所不惜。演出当日，大雪导致会场崩塌，但Fran Chou Chou仍旧在全毁的舞台上热歌劲舞，樱也在演出期间恢复了记忆。之后，大古场对其中几个成员的身份产生怀疑，作为未解决的伏笔。