设定

人类的负面情绪累积混杂后会形成咒灵并对人类造成危害，日本每年不明死亡或失踪年均超过1万人大部分因此造成，只有使用被称为咒力的能量才得以祓除，而负责祓除的人称为咒术师。由于咒术师是利用负面能量(具体分为咒力和术式)与咒灵现场战斗的人，常常亲眼经历无辜杀害或悲惨死状，他们面对死亡时不可能不带有悔恨恐惧或愤怒，所以常见他们每一个战斗时总会呈现一副狰狞或者感到兴奋的模样，因此带出个人战斗风格和各自性格阴暗短处，而平常生活训练中咒术师也必须自主学会控制汲取负面情绪如杀意作为咒力。日本有两间咒术教育机构，分别位于东京和京都的咒术高等专门学校。咒物是带有强大咒力的物品，通常因难以破坏而被咒术高专保管，若经过妥善封印，可以当作地方设施辟邪。一旦出现事故，就派遣咒术高专相关人员进行处理。

剧情

高中生虎杖悠仁的祖父在逝世前嘱托他要尽可能助人，并希望他能在众人簇拥下死去。虎杖悠仁遇见来学校寻找特级咒物的伏黒惠，他为了解救因咒物而身陷危机的学长姊，吞下诅咒的手指，让“宿傩”这种诅咒跟自己合而为一。他得知只有自己能对付宿傩后，认为这是自己的使命，便加入东京咒术高专，成为最强咒术师五条悟的学生，和伏黑惠、钉崎野蔷薇成为同学。

宿傩不断地想支配虎杖的肉体。在对抗某个咒灵时，虎杖为了击败它而让宿傩控制了自己的身体，虽然宿傩轻易地取胜，但也将虎杖杀死。在宿傩和虎杖缔下誓约后，他便将虎杖复活。虎杖接受训练后，跟随咒术师七海参与实战，他们击退了由对人类的负面情绪产生的咒灵“真人”。真人决定与诅咒师夏油一派合作，共创一个只有诅咒、没有人类的世界，为了达此目的，他们要抑制五条悟并集齐宿傩的二十根手指，让宿傩取回完整的力量。

在东京与京都的咒术高专交谊会中，京都的校长下令杀掉身为宿傩容器的虎杖。在团体对战竞赛中，虎杖透过与东堂的切磋，学会控制咒力的方法。在双方热战方酣之际，真人和花御等特级咒灵入侵交谊会，取得高专保管的手指。五条在学生时代的过去表明，夏油在某次任务后对保护非咒术师的信念开始动摇，并想创造一个只有咒术师存在、不再有咒灵的世界，因此和五条分道扬镳。夏油之后遭五条杀死，但遗体被不明人士利用。

夏油一派以涩谷平民为人质，逼五条孤身对阵，尽管五条展现压倒性的强势，但他还是被以特级咒物“狱门疆”封印，虎杖等人动身营救他。

曾为咒术师的诅咒师一派，与现今身负除妖重责的咒术师们，各自为了自身的目的而相互战斗，一段惊天动地的咒术大战，逐步在日本上演。

舞台设置

故事舞台位于虚构的见泷原（日语：見滝原／みたきはら Mitakihara）市。城中充斥着可能实现的新科技，因此剧中的现代世界充满未来感，许多建筑物以迪拜、美国、欧洲与日本群马县的真实建筑为范本。在设置中，见泷原是近几年新开发的地方都市，新兴住宅区毗邻人工的景观绿地以及小溪，郊外则有风力发电设施、水门以及工厂等。见泷原作为行政区，有时被称为“市”，有时则又是“町”，官方资料并未统一。

剧中世界设置了魔法少女与魔女的存在，但不为一般人知晓。然而，早在史前时代全世界就有许多魔法少女了，历史借由她们的暗中活跃而被推动，包括克丽奥佩脱拉七世、卑弥呼、圣女贞德等史实人物都在其中。此外，被魔女盯上的人，则会原因不明地自杀或杀人。

本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。

本作所谓的魔法少女，是以“可以实现任何一个愿望”的代价与QB交换契约后，背负着“讨伐魔女”此一使命的存在。象征魔法少女资质的魔法系数，则取决于该名少女拥有的因果量，资质较高者通常是一国之主、被称为救世主的人物。然而，主角小圆虽然只是平凡的中学生，却拥有神明等级的高资质。

魔法少女缔约时，会同时生成名为“灵魂宝石”的物品。灵魂宝石是魔法力量的泉源，可以感知魔女存在的位置，也有发动变身的功能。基本外型都是鸡蛋状，但平常也化为戒指状，变身后依各人状况，变化为外型相异的饰品，镶嵌于身上某个地方。

魔女是一种奇形怪状的异物，通常伴随一般人看不见的异世界“结界”以及部下“使魔”出现。魔女身上携有名为“悲叹之种”的黑色宝石，这是魔法少女消灭魔女的直接酬劳。

使用魔法会使灵魂宝石逐渐混浊失去光辉，即使完全不使用魔法，维持一般身体活动仍会一点一滴累积混浊。悲叹之种可以转移灵魂宝石的混浊，以便魔法少女可以继续活动。因此，魔法少女必须定期消灭魔女，以避免灵魂宝石变得混浊。

在续作《［新篇］叛逆的物语》剧中，首次出现与灵魂宝石不同的“黑暗宝玉”。这是由“fort/da”游戏的粉红线轴与灵魂宝石的碎片、加上人类感情的极致所构筑而成的。黑暗宝玉通常呈夹式耳环状，附着在晓美焰的左耳上，耳环中的宝石封印了小圆的力量。

情节展开

出身于良好家庭，亲朋好友团聚，有哭有笑，是谁都拥有的日常生活。就读市立见泷原中学2年级的少女鹿目圆，如此平凡地过着幸福的每一天。直至一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆的命运开始改变。

当天，小圆与好友美树沙耶香在返家途中，撞见一只伤痕累累，被焰所猎杀的不明生物丘比（QB）。风波过后，QB希望少女们和自己交换契约，成为“魔法少女”讨伐人类之敌。然而此后，随着残酷真相渐遭揭露，小圆的想法也一再受到冲击……