不知从何时开始，各种具有超自然力量的“怪人”不断地出现并造成灾害，为了打击它们，由某富豪所创立的“英雄协会”开始招募全世界的能人异士成为职业英雄与怪人对抗。
故事主角埼玉是一名兴趣使然英雄，因为22岁时打败了怪人‘蟹人’并且拯救了小孩而燃起小时候想成为英雄的梦想，接下来持续三年的每一天不间断地做100下俯卧撑、100下仰卧起坐、100下深蹲和长跑10公里以及和怪人战斗、不断提升战斗力与身体机能，最终打破生物限制器的自我训练而变的强大，在无人知晓的情况下从事英雄的工作。最终掉光所有毛发成为了光头，但也因此获得最强的力量。
埼玉成为了最强英雄后，却因为力量太过强大，没了当初训练期间能打败怪人那激昂的情绪并渴望遇见能与之一战的强大对手。在一连串事件中，埼玉遇见了各式各样的英雄和怪人，收了魔鬼改造人杰诺斯做为徒弟，并加入英雄协会以获得官方认可。与众多英雄一起开始了对抗各种怪人以及灾难的生活。
一日，外星球的暗黑物质首领，全宇宙的霸主‘波罗斯’来到地球想找一个能和自己决一死战的强大对手，埼玉将和他爆发一场惊天动地的大战。
另一方面，英雄协会为了因应“地球不妙了”的末日预言而召开了一场征求高额悬赏犯及犯罪份子共同参与保卫地球及人类免于受怪人毁灭的会议。此时，一名名为‘饿狼’的武术天才现身，声称自己就是预言提到的神级怪人灾害并击败了在场所有的英雄与罪犯，其后饿狼便展开了“英雄狩猎”活动，目标是击败所有的英雄并成为最强的怪人。
与此同时，以‘怪人王远吕智’为首，名为“怪人协会”的怪人集团在一旁虎视眈眈，注意到了饿狼的英雄狩猎活动后打算将其招募为怪人协会干部，并即将向人类社会发动前所未有的战争。兴趣使然的英雄，埼玉与人类怪人饿狼两人之间即将展开价值观冲突的战斗。
皇历2017年，超级大国“不列颠帝国”(Britannia)朝著称霸世界的目标，征服了世界近3分之1的版图。此时，7年前被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠帝国的斗心。
帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%的大战……
第一章《飞龙降临》
2017年，超级大国“不列颠尼亚帝国”(Britannia)朝着称霸世界的目标，征服了世界近三分之一的版图。此时，2010年被改称“11区”的日本出现了动乱，牵动了世界对抗不列颠尼亚帝国的斗心。
帝国早前与统领部分欧洲和非洲势力的E.U.达成停战协议。由于动乱出现，和平关系都随之破裂，不过在强硬的军事侵略下，E.U.并没有在战事中得到优势。一群“11区”的少年少女决定加入这场地狱战线，驾驶Knightmare参与这个目标及原因未明、战胜率只有5%、生还率为0的大战……
第二章《折翼飞龙》
皇历2017年(革命历228年)、不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争还在持续。身处劣势的E.U.军将11区――在不列颠尼亚占领之下亡国的日本人――集结起来设定特殊部队、“wZERO队”
E.U.军向wZERO队发出了新的命令——让他们空降敌阵诈攻。这项命令太过残酷，队长蕾拉之下包括这几位队员：身为wZERO的驾驶员，同时也是在之前的战役中唯一的存活者日向瑛斗。从11区的管制区逃出，在社会阴影下生活过来的佐山流。成濑幸也，以及香坂绫乃，共计四人。这四个队员各怀心事，作战就在这样的情况下开始了。
另一边，不列颠尼亚。曾使用GEASS的力量让自己的长官自尽的真·日向·夏英格被如愿任命为圣米迦勒骑士团的总帅。他为了实在自己的野心而一步一步地推进计划。信·修加与其属下阿修罗队接到了出动命令。
为了战斗而生存下去的人，为了生存而战斗下去的人。在残酷的前线，日向瑛斗发挥出了自己令人恐惧的潜在力量，赶赴战场的真·日向·夏英格感觉到了日向瑛斗的存在。
第三章《辉芒陨落》
革命历228年，不列颠尼亚与欧洲共和国联盟(E.U.)的战争进入白热化阶段。EU本土因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。
长久以来，埋伏于暗处的真·日向·夏英格，如愿走向血腥舞台的最中间。
第四章《憎恨记忆》
革命历228年，欧洲共和国联盟(E.U.)因不列颠尼亚军师朱利叶斯·金斯利的计策而濒临崩溃。
为阻止不列颠尼亚的进攻，阿基德等人驾驶亚历山大空降奇袭不列颠尼亚的飞行兵器，并在当中与无人机激烈交战。一心想要为同伴约翰尼报仇的阿修雷·阿修罗早已埋伏于此，与阿基德、佐山流等发生战斗，最终因阿基德的Geass导致自己的红色knightmare被毁。当阿基德将要杀死阿修罗时，幸也、绫乃等通过脑电波阻止了阿基德。只是，在这个时候，安排在飞行兵器中的定时炸弹，也倒计时结束了……
夏英格亲自率领的圣米迦勒骑士团，以摧枯拉朽的强大攻击力荡平城中的守备力量。另一方面，E.U.东部前线部队撤退以及内部政客自乱阵脚，致令联盟发生毁灭性的动荡。
最终章《致我所爱》
信暴走的Geass。阿基德决心和哥哥进行最后的战斗。由于成濑幸也放出了的炸弹，不列颠军减少到了三分之一，不过包围了的wZERO部队处于压倒性地不利的状况的事实不变。在那里身为敌人的阿修雷作为新的朋友加入。在最后一场战斗之前，阿基德把自己的头发剪掉交给了蕾拉。
「今度の戦いでもし死んで、死体も残らなかったら……これを」
レイラはアキトを见つめる。
「私はもっとアキトと话したいことがあるのです。だから……必ずみんなと一绪にここへ帰ってきてください」
人的心结合在一起的时候，命运的秘密就会展现。
真相所示的未来究竟是希望还是绝望?命运的斗争终于迎来了结局