故事主角夏目智春在三年前空难意外幸存后，开始被自称守护灵的青梅竹马水无神操绪依凭，在高中开学前搬进了其兄长夏目直贵曾居住过的闹鬼房屋鸣樱邸，同日，穿着黑色服装的美女黑崎朱浬受其兄长之托将银色手提箱交给了夏目智春，并唤醒了名为“机巧魔神”的谜之兵器。被下达了必须运用兵器拯救世界的智春，却又遇上了自称恶魔的巫女，还有同样被幽灵缠上的学生会长等人，作品就以这些人为中心展开。

用语解说

黑科学

以下是关于本篇科学部部长代理?黑崎朱浬归纳关于黑科学的说法与主要部分(参照第一卷)。

自古以来，魔术和科学是相同一起的，炼金术遗留下来的东西对今日的化学贡献做了很大有名地的事，不过，但不仅只有那个。 现在的科学是将过去在于多样的领域还原到极限继续追究只为当作一个准则，现在为了试图也日夜尝试找寻着。 所谓“黑科学”是指在那个提出想法上对主张不同的事物。

炼金术成为转换化学并且代表一种手段，数学与卡巴拉密术(塔罗牌)是最先进的秘诀，天文学与占星术也因诞生。 在重新考虑此处的话，截至上述“只有一个准则”以实际来说是很奇怪的事。在魔术打破一切相关规则。 占卜?卡巴拉与炼金，不过，黑魔术和善意(白)法术存在于魔术里。 有时，如果像黑科学也像必然对立的两个不相容不必然性地存在可笑。 换句话说，现在以广泛而闻名的现代在科学上做对立的还有一个理论体系，那个就是“黑科学”。

机巧魔神（アスラ?マキーナ）

总数二十一部，为了对抗恶魔而仿造的机械恶魔仿造品，称为“魔神(机神)”，高约四米。

从演操者的影子中出现，消耗副葬处女的灵魂，根据演操者的命令而活动。 各个机体都有自己各自的特性, 因此拥有的特殊能力也因机而异. 召唤及使用特殊能力时会念出各机独有的咒文。机巧魔神只会在装载着副葬处女的容器被破坏，演操者死亡或副葬处女的灵魂消耗之情况之下才会机能停止。

存在着机能扩张用的增设物品。

小说原本设定中，是说其中十部有金属名字的机巧魔神更为强力。

以下为已登场的机巧魔神（如无特别注明的话是第二巡世界之人）:

黑铁（クロガネ）

演操者:橘高冬琉（前任）→夏目智春、副葬处女:橘高秋希（前任）→水无神操绪、能力:重力制御

漆黒的魔神，在机巧魔神中以高性能为自豪。

其能力“黒之拳撃”，可以产生出高重力能源球用作攻击，及歪曲空间构成防御壁来防御。正体为黑洞的生成及操作，拥有凌驾光速，核心为无限重力之状态，改变时间流动的能力(根据与蔷薇辉一战中在时间停止状态中仍能活动来推断)。

召唤语为“来吧，黑铁！”（来い、黑鐡!）

咒文为““出自比黑暗更为黯淡的深渊－其为、科学之光所投下之影！”（闇より暗き深淵より出でし―其（そ）は、科学の光が落とす影!）

黑铁·改（クロガネ?かい）

演操者:夏目智春、副葬处女:水无神操绪、能力:重力制御·空间切断

恶魔相关

恶魔（悪魔）

表面上与普通人类并无区别，根据种族的不同所能使用的能力也有所区别。

尤其是女性恶魔通过与人类进行“契约”，可以获得召唤使魔的能力，而男性恶魔则在基础战斗能力上有较大优势。

使魔（使い魔）

女性恶魔给与契约者的力量的具现化的象征，从属于契约者。

由恶魔属性的不同具有诸多特殊能力，有着与机巧魔神匹敌的战斗能力。

分为幼体与成年体两种形态，虽然具体的成长条件不明，不过若父母双方（即恶魔与契约者）之前的关系不好则使魔也会难以得到成长。

魔神相克者（アスラ?クライン）

参见“机巧魔神相关-魔神相克者”

学生会（生徒會）

第一学生会（第一生徒會）

洛芦和高中公认的学生会之一。隶属于被称为神圣防卫队的国际治安维持组织，负责保证校内的安全，以及管理运动系社团。

他们主张恶魔的存在是世界灭亡的原因，所以要清除校内危险的恶魔。

第二学生会（第二生徒會）

洛芦和高中公认的学生会之一。又被称为巡礼者商联盟，负责校内委员会的活动的管理。

他们主张为了防止世界灭亡需要大量的资金，为了赚钱，他们接受了许多非法的工作依赖。

第三学生会（第三生徒會）

洛芦和高中公认的学生会之一。是被称为王立科学狂会的国际学术机构的支部组织，他们研究的是被称为黑科学的技术。负责管理文理系社团。

他们主张恶魔的能力是拯救世界灭亡的关键，与第一学生会相对立。

三门市，人口28万人。某一天，通往异世界的门在这里打开了。从异世界而来的侵略者“近界民”，任意蹂躏门附近的地区，让整座都市陷入恐惧之中。就在每个人都认为都市毁灭只是早晚的问题时，突然出现一个神秘的团体击退了近界民。被称为境界防卫组织“BORDER”的他们，在这边的世界建立了巨大的基地，以对抗陆续来袭的近界民。

四年后，近界民空闲游真从异世界来到日本寻找父亲(空闲有吾)的熟人，并认识了三云修。修为了了解近界民的真相，决定指引及监视游真，两人的故事随着“BORDER”与“近界民”的战斗展开。

邂逅篇(漫画第1～13话;动画第一期1～7话)

对周围隐瞒自己是BORDER C级队员的中学男生三云修，班上转学来了迷之少年空闲游真。经过一系列奇遇，修和游真互相坦白了修是BORDER队员、游真是近界民以及来这边世界寻找父亲友人的事实。修被游真各种折腾，为了防止不习惯这个世界的游真做出太过脱线的事，决定监视他而一同行动。这期间，与实力派精英迅悠一和被近界民盯上的少女雨取千佳相遇。

黑触发争夺战篇(漫画第14～32话;动画第一期8～16话)

某天，游真是近界民的事被BORDER得知了，游真以一敌四与三轮队战斗后大胜，后来在迅介入调解的情况下结束了战斗。但是，BORDER本部司令城户策划消灭游真回收他的黑触发。对此迅让游真加入BORDER玉狛支部来保护他。游真最初拒绝了入队，最后为了帮助想入队寻找和救助被掳去近界民世界的哥哥和友人的千佳，决定与修一起入队。

为了夺取游真的黑触发，本部向玉狛支部派去了城户派的远征部队(太刀川队、冬岛队、风间队)以及三轮队，要他们四队联手拿下游真，但是迅和忍田派联手，与A级5位的岚山队共同作战，迅使用黑触发的力量成功打退了对方。之后，迅以自己的黑触发风刃换来了游真的BORDER入队许可。

BORDER入队篇(漫画第33～43话 ;动画第一期17～21话)

游真和千佳终于如愿以偿的进入BORDER。当天进行的训练中两人展现出了超于常人的才能。另一边，修也和A级队员风间进行了模拟战。

大规模侵略战篇(漫画第44～85话 ;动画第一期22～37话)

某天，三门市再次开启了无数的门，近界的其中一个国家，军事大国阿夫特克拉托尔来侵略。开始了和新型三离子兵拉比特以及包含黑触发使用者在内的多名人形近界民的大规模战役。

逃亡者篇(动画第一期49～64话)

动画原创故事，讲述未知的乱星国家强行袭击。

B级RANK战上篇(漫画第86～116话 ;动画第一期38～48话、第一期65～73话)

游真和修将在侵略战获得的点数全部给予千佳让她得以升到B级，而游真则靠着个人RANK战赚取点数，也同样升到B级。

之后三人正式结成B级部队“玉狛第二”，开始以入选远征部队为目的参加B级RANK战。

远征舰防卫战篇(漫画第117～136话 ;动画第二期1～4)

为了抵抗神之国的附属国-伽罗普拉要阻止玄界的远征计划，而开始了和三离子兵爱朵拉、三离子犬多葛以及伽罗普拉多名人形近界民的远征舰防卫战役。

B级RANK战下篇(漫画第137～199话 ;动画第二期5～)

高层同意让休斯加入到Border组织，其条件是要先让雨取独自加入远征队，因此三云他们为了可以加入远征部队而朝着B级前两名队伍可入选远征部队为目的迈进。

远征选拔篇(漫画第200话～)