刚升上高中一年级的浅草绿，是个强调“设定即生命”的动画迷。虽然在素描本上描绘了各种各样的创想，却因独自行动就无法下决心的个性，而迟迟未能开始制作动画。同时，身为人气读者模特儿，被父母期待成为演员的同级生水崎燕，其实志愿成为动画师。拥有制片人气质的金森沙耶加，很快注意到了两位同级生的才能。三人为了展现脑内的“最强世界”，共同创立了新社团“映像研究同好会”，简称映像研。为了让映像研顺利成立，故事由此展开……。

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不知何时，世界上出现了能蚕食现世的并行世界——“影世界”。只有战胜影迷宫，人类才能获得宁静，然而最终一切付之一炬，战斗失败，地球灭亡。但这并非结局，而是另一个开始……

与本作副标题相关的“秘密藏身处”，当莱莎与同伴随着冒险及故事发展到一定程度时，就可以使用作为莱莎与同伴的据点。除了可以关于炼金术相关的调合外，还可以随玩家喜好变动秘密藏身处的内部装设与据点的外观。根据不同种类的零件有部分能够提升使用角色的状态，在冒险时得到更好的应对。