设定

故事开始的250年前，世界各地的某些地方喷出火焰，导致陆地四分五裂，也使得许多国家消失、大量生物灭绝，文化发展有些许倒退。部分国家的遗民进入仍然完好的东京皇国生活。受到移民影响，多数人开始将姓和名倒过来称呼，而原国主义者则排斥这种变化并尽可能维持原有传统，因此双方多有冲突。而250年的灾难更被后世称为“大灾害”。

在政教合一、信仰“圣阳教”的东京皇国，部分人类受到原因不明的人体自燃影响而变成“焰人”，第一世代的焰人受其所苦。人类发展到第二世代后，具有操纵火焰的能力，但不能从无生有地释放火焰。第三世代则具释放火焰并操控之的能力；不过无法控制不是由自己释放的火焰，且若用尽体内氧气会陷入晕眩甚至罹患“灰病”。第四世代则是有拥有安德拉爆炎这种火焰的人。为了对抗焰人造成的灾难，皇国组成了特殊消防队与焰人作战并进行镇魂，原本的消防厅、圣阳教教会、东京军队以及专门供给消防装备的巨型企业“灰岛重工”分别建立了首六队，而第七及第八队属于独立于该四个阵营以外而建立的。“安德拉”是被称为地狱的异世界，圣阳教会和灰岛重工利用创造了这颗星球的圣火“安德拉爆炎”为动力，合建火力发电厂“天照”供给更多能源，成为皇国发展的中枢。

剧情大纲

太阳历198年，可以从脚喷出火焰、因而获得外号“恶魔的足迹”的少年森罗日下部加入第八特殊消防队，他的目标是实现小时候的梦想──成为英雄，同时他找出12年前烧死母亲与弟弟的神秘火灾的原因。

第八队从第五队取得的研究资料得知，有人暗中以虫为媒介制造焰人，森罗在潜入第一队调查期间，得知始作俑者被称为“传道者”，他与其旗下身穿白衣的成员(烈火星宫)交战后，得知自己具有安德拉爆炎，也得知传道者的目的。传道者的目标是透过将人变成焰人，借此寻找具有安德拉爆炎的人，在全世界点燃火焰。传道者一事惊动皇国中央，皇王下令讨伐传道者，JOKER则透露森罗的弟弟象不但仍然在世，更成为传道者麾下白衣人组织“灰焰骑士团”的团长。

第八队在一次搜查行动后与第七队结成同盟，在拉拢新成员伏尔甘入队时，与没能达成相同目的、转而谋害伏尔甘的第三队交战，森罗在该次战斗中被象瞬间击败，该次战斗也揭示了第三队长是白衣人的同伙。后来森罗接受第七队的指导并开发出必杀技，和第八队主动向灰焰骑士团出击，双方人马捉对厮杀，森罗再度与象交战，他在对战中逐渐掌握“安德拉连结”的能力，不但得以与象抗衡，两人的记忆更因此连结，让象取回记忆，但森罗最终仍重伤落败。他被送往第六队接受医治，并在痊愈后听闻了12年前自家火灾的真相。

为了理解何谓安德拉连结，森罗到第四队进行调查，期间受到“第一柱”以安德拉连结煽动并失控，却也得知传道者的目的集结具有安德拉爆炎的八个“柱”，为了调查柱，森罗等人组成调查队前往中华半岛，在当地发现另一座天照，并得知天照的动力源是柱，而传道者的目的是凑齐八柱启动天照引发大灾害。JOKER透过调查发现初代皇王、圣阳教的创立者可能是由白衣人(约拿)假冒，借此操控民众思想。由于事涉机密，这些调查成果没有对平民公布。

第八队将调查对象转为与圣阳教共建天照的灰岛重工，期间双方为了争夺被灰岛当成实验对象第六柱(烈火当初的实验对象并对他造成心理阴影)而大打出手，白衣人加入后更演变成三方混战，在第八队和灰岛重工击退白衣人后，他们得知灰岛的目的是得到另一个柱作为天照的备用能源，虽然灰岛的社长表示牺牲第一柱是维持国家运作的必要之恶，而他也愿意协助开发不需要牺牲性命的发电机。

第二队和第八队调查白衣人的地下根据地，遭遇传导者麾下的另一支紫烟骑士团伏击，在击退对方后得知被安德拉之火烧伤的人也能触发安德拉连结。白衣人开始追杀见过安德拉的人，在第四队长遇袭身亡后，消防队、教会和军队团结起来对抗白衣人，但白衣人已入侵皇国中枢，将第八队长以莫须有罪名逮捕。第八队为了救回樱备，不惜成为叛贼前往府中大监狱，在那里遇见杀害第四队长的屠杀者并与其对战。正陷入危机时受到第七队大队长红丸的援助而逃至浅草，森罗也被冠上杀害第一队大队长班兹的罪名。

名为“HUGE”的巨大生命体出现在近未来的地球，人类面临毁灭的危机。

于是人们开发了名为“CHARM”的决战兵器。CHARM对于十几岁的女性显现出高同步率，而能够操纵CHARM的女性被称作“莉莉（LILY）”并逐渐被视为英雄。为了对抗HUGE而成立的莉莉养成机构“GARDEN”设立于世界各地。

这是在这些GARDEN当中，以成为出色的莉莉为目标而战的少女们的故事。

故事发生在未来世界之中，彼时，一种凭空出现的名叫“HUGE”的生命体让人类的命运走到了濒临灭绝的边缘。就在此时，世界各国联合起来发明了能够同HUGE抗衡的武器，而只用这些武器的少女面则被称之为莉莉。

很快，在世界各地便建立起了培养莉莉的专门学校“Garden”，每个学校都有着自己的名字和特点，我们的女主角一柳梨璃（赤尾光 培养）便就读于百合丘女学院。待人冷淡极具个性的白井梦结（夏吉优子 配音）、含着金汤匙出生的千金大小姐努韦尔（井泽美香子 配音）、拥有超高智商和广阔的知识面的二川二水（西本里美 配音），在学校里，梨璃结识了这些并肩作战的同伴们。

每集列表

舞台设置

故事舞台位于虚构的见泷原（日语：見滝原／みたきはら Mitakihara）市。城中充斥着可能实现的新科技，因此剧中的现代世界充满未来感，许多建筑物以迪拜、美国、欧洲与日本群马县的真实建筑为范本。在设置中，见泷原是近几年新开发的地方都市，新兴住宅区毗邻人工的景观绿地以及小溪，郊外则有风力发电设施、水门以及工厂等。见泷原作为行政区，有时被称为“市”，有时则又是“町”，官方资料并未统一。

剧中世界设置了魔法少女与魔女的存在，但不为一般人知晓。然而，早在史前时代全世界就有许多魔法少女了，历史借由她们的暗中活跃而被推动，包括克丽奥佩脱拉七世、卑弥呼、圣女贞德等史实人物都在其中。此外，被魔女盯上的人，则会原因不明地自杀或杀人。

本作故事围绕着鹿目圆、晓美焰、美树沙耶香、巴麻美、佐仓杏子5名魔法少女以及外星生物丘比（QB）依次展开。

本作所谓的魔法少女，是以“可以实现任何一个愿望”的代价与QB交换契约后，背负着“讨伐魔女”此一使命的存在。象征魔法少女资质的魔法系数，则取决于该名少女拥有的因果量，资质较高者通常是一国之主、被称为救世主的人物。然而，主角小圆虽然只是平凡的中学生，却拥有神明等级的高资质。

魔法少女缔约时，会同时生成名为“灵魂宝石”的物品。灵魂宝石是魔法力量的泉源，可以感知魔女存在的位置，也有发动变身的功能。基本外型都是鸡蛋状，但平常也化为戒指状，变身后依各人状况，变化为外型相异的饰品，镶嵌于身上某个地方。

魔女是一种奇形怪状的异物，通常伴随一般人看不见的异世界“结界”以及部下“使魔”出现。魔女身上携有名为“悲叹之种”的黑色宝石，这是魔法少女消灭魔女的直接酬劳。

使用魔法会使灵魂宝石逐渐混浊失去光辉，即使完全不使用魔法，维持一般身体活动仍会一点一滴累积混浊。悲叹之种可以转移灵魂宝石的混浊，以便魔法少女可以继续活动。因此，魔法少女必须定期消灭魔女，以避免灵魂宝石变得混浊。

在续作《［新篇］叛逆的物语》剧中，首次出现与灵魂宝石不同的“黑暗宝玉”。这是由“fort/da”游戏的粉红线轴与灵魂宝石的碎片、加上人类感情的极致所构筑而成的。黑暗宝玉通常呈夹式耳环状，附着在晓美焰的左耳上，耳环中的宝石封印了小圆的力量。

情节展开

出身于良好家庭，亲朋好友团聚，有哭有笑，是谁都拥有的日常生活。就读市立见泷原中学2年级的少女鹿目圆，如此平凡地过着幸福的每一天。直至一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆的命运开始改变。

当天，小圆与好友美树沙耶香在返家途中，撞见一只伤痕累累，被焰所猎杀的不明生物丘比（QB）。风波过后，QB希望少女们和自己交换契约，成为“魔法少女”讨伐人类之敌。然而此后，随着残酷真相渐遭揭露，小圆的想法也一再受到冲击……