东京篇

主角绯村剑心流浪至东京，因为神谷薰的挽留而留在东京。其后认识了明神弥彦、相乐左之助及高荷惠等人，又与前幕府杀手鹈堂刃卫、御庭番众首领四乃森苍紫决斗，其间剑心经历了多次战斗，令剑心自觉慢慢变回昔日的刽子手拔刀斋(千人斩拔刀斋)(人斩り抜刀斎)。最后在与幕末时代的对手前新撰组第三小队组长斋藤一决战及得知志志雄一党的阴谋后，独自前往京都与志志雄一党对决。(漫画、电视动画)

京都篇

前维新志士志志雄真实及他的同党正在秘密活动，目的是推翻明治政府，由他带领日本成为强国。剑心为了阻止志志雄的计划得逞，独自离开东京前往京都。后来剑心的同伴亦逐一赶到京都寻找剑心，剑心从师傅比古清十郎身上学会飞天御剑流的最终奥义“天翔龙闪”后，与其同伴相乐左之助及斋藤一、四乃森苍紫联手，终于打败了志志雄一党。(漫画、电视动画)

漫画及电视动画的东京篇及京都篇在故事上大致相同。在京都篇完结后，由于当时漫画只是刚开始连载人诛篇，跟不上电视动画的制作进度，因此电视动画另行制作了岛原篇、胜海舟篇、由太郎篇(黑骑士团篇)及风水篇。但受到原作版本的读者批评与原作版浪客剑心的世界观相异，因此后期收视不太理想，在风水篇后便终止制作。

追忆篇

故事发生于剑心在幕末身为长州派维新志士时担当刽子手的年代(东京篇之前的故事)。故事讲述剑心与第一任妻子雪代巴的过去，解明了剑心左边面颊的十字疤之谜。OVA故事共分四幕，第四幕尾段雪代巴为阻挡敌人向剑心发出最后一撃的同时，亦被剑心一剑杀死，临死前用自杀的小刀在剑心面上划上一刀，与未婚夫清里和剑心死斗时划下的一刀，交织成剑心脸上的十字疤。漫画版的追忆篇连载于人诛篇初期剑心的回忆自述，而OVA则独立讲述剑心的过去。(漫画、OVA)

OVA版本的追忆篇内容虽然与漫画原著并无太大出入，但其风格却与之前的电视动画版大大不同。彻底摆脱了少年漫画的风格，特别是拔刀斋出招时其没有像过往一般大喊出必杀技名称，而一般很难于少年漫画及电视动画中出现的大量血花四溅的残酷场面亦一一呈现。坊间对此等手法毁誉参半，例如其血腥露骨的场面可能不适合原作的主要读者(小学生、中学生)，但亦得到一般未看过原作的人支持。而本作于日本海外评价亦相当高，在美国的销售亦曾登上全年DVD销售榜的第7位。

人诛篇

雪代巴之弟雪代缘当年亲眼看到姐姐死于剑心的刀下，长大后集合了“六人同志”，向剑心展开复仇行动(在上海流浪垂死之际被好心日本家庭收留，却因为只想练能攻克剑心武功的念头而杀死对方一家并取走武功秘笈单刀法而自练出倭刀术以及其绝招虎伏绝刀势)。由于雪代缘的阴谋，使剑心一度以为神谷薰被杀而意志消沈(神谷薰之死令当时少年JUMP周刊的读者引起一阵回响)。最后剑心回复斗志并打败雪代缘，雪代缘持着其姊的日记消失在剑心等人面前。(漫画)

番外篇

结束连载以后以SP模式连载两个番外篇，分别是《早春樱花》及《弥彦的逆刃刀》。前者提到了结局之后众人各自的新旅程，如左之助的世界一圈之旅到了蒙古。后者是弥彦以神谷活心流行侠仗义的活跃篇。

第零幕

2012年初由日本漫画杂志“JUMP SQ”公开了《浪客剑心》将于八月号开始推出新连载《第零幕》，与1999年结束的连载相隔十三年的新篇章。

北海道篇

2017年9月连载的新续篇，故事发生在“人诛篇”后5年(1885年)，绯村剑心和神谷薰动身前往北海道寻找薰的父亲神谷越路郎，同时和环游世界回来的左之助、在日本流浪的宗次郎、在北海道服刑的安慈、与调往北海道的斋藤一重逢。就连新撰组的永仓新八，也将在“北海道篇”出现。

西国一流间谍“黄昏”奉命调查东国政治家多诺万·德斯蒙之政治阴谋。然而，德斯蒙深居简出，唯一公开露面的场合只有他儿子所就读的东国名校——伊甸学园举办的恳亲会，故只有让“自己的小孩”进入伊甸学园就读，并以家长的身份参加恳亲会，才有机会与其接触。为顺利执行任务，黄昏以“劳埃德·福杰”的身份掩人耳目，并先后找到“女儿”阿尼亚和“妻子”约尔组建一个临时家庭，殊不知阿尼亚其实是有读心能力的超能力者“实验体007”;而看似温柔善良的妻子，另一身份是职业杀手“荆棘公主”。三人互相隐瞒真实身份，就此过起虚假的家庭生活。

由士郎正宗与Production I.G黄金拍档再度打造的动画作品，此作品世界观和《攻壳机动队》相通。官方网站虽然没有解释“RD”英文的涵义，可是在Production I.G站内的英文版情报网页中，已揭示“RD = Real Drive”这个关键字。若是互相对照英文的描述以及《RD 潜脑调查室》官方网站对于剧情概要的叙述，可以推测“Real Drive”在某种程度上是象征“Meta Real Network”的世界。

公元2061年，也就是人类构筑网络社会已达半世纪之久。即使人类意识能够透过网络而无碍地沟通交流、生化躯体的活用已经达到成熟颠峰，但是由生化人以及网络骇客所发起的新型态犯罪仍然无法根绝。有鉴于此，一个强化网络安全性的崭新网络架构“Meta Real Network”（日文简称Metal）便应运而生。Metal能够借由自身的有机电脑防火墙“Bubble Shell”来隔绝保护人类的记忆资料不受骇客的攻击与窃取，但另一方面，在Metal中竟开始发生了人类透过记忆来解放本能、释放欲望的新式犯罪行为。为了消灭这个新犯罪模式，一种专门调查机构及其专属探员“电脑Diver”出现了！整部动画将透过剧中主角电脑Diver－波留真理的视点，一方面解决一连串的Metal犯罪，一方面来深入故事核心。

每集列表

第5话的标题“スーマラン”(Sous-Marin)原为法文中潜水艇的意思，是一个著名太阳眼镜品牌名称。

第7话・第15话、场景总作画监督：高桥英树

第18话、场景监修：荒川真嗣