在魔界的魔王城，一位人类勇者亲手击败了魔王。“以后再也不必害怕魔物了!”，就在人们充满欢笑大肆庆祝时，魔界却如火如荼地展开了一连串围绕着新魔王宝座的比赛。
代理受伤的原大会负责人阿兹度勒，四天王芭米里欧来到了魔王决定战现场，然而出现在眼前的冠军热门却是人类勇者赫鲁库。为了调查谜之勇者的目的，以及查明袭击乌鲁姆城的飞翼士兵的真实身份，芭米里欧伪装成工作人员“安妮”，与赫鲁库和其他选手一同踏上旅途。
用语
魔族帝国
有龙栖息的万年历史大帝国，被人类称为魔界，共由15个地区组成，是大部分魔族栖息的国家。帝国根据方位被划分为四块区域，并由四天王分别负责管理。首都被称为帝都。
魔族帝国四个方位的边界存在不同等级的威胁，其中以北方的威胁等级最高，东方的威胁等级最低。
魔王城
帝国境内共有15个魔王城，由魔王负责管理。主要用途为抵御魔物侵袭并遏止大地之毒的蔓延。
亚哈尔度族
魔族的其中一种分支种族，具有极强的恢复能力，就算手臂断掉也能再生。
人类国家
人类居住的王国，位于魔族帝国的东边。
大地之毒
魔族帝国的大地自然产生的毒素，会逐渐侵蚀生物的身体，无论魔族或是人类长时间曝露在大地之毒皆会死亡。为了不受大地之毒影响，魔族会在城镇或据点展开结界。
飞翼士兵
人类王所控制的士兵，拥有无限次数的复活能力。真实身份是透过雪强制觉醒成勇者的人类，因为觉醒率较低，战斗力无法与自然觉醒的勇者相比。绝大部分士兵不具有自主意识。
勇者杀手
艾莉希雅的家传剑，对觉醒者的效果十分显著。最初为阿兹度勒的佩剑，因斩杀了无数勇者而得名，之后辗转来到了赫鲁库手上并被托付给了芭米里欧。
雪
能使所有人类乃至魔族强制觉醒成勇者，实为人类王操纵夏露雅蜜能力散布到空中的物质，只有精神强大者或已觉醒者能抵抗。
新世界生物
在大地之毒极为浓浊时诞生的魔物，具有越战越强的特性，需要数个50级战士才能歼灭
塔
古代遗迹之一，故事中被米卡洛斯拿来用以加强雪的传播范围使魔族觉醒化。
禁咒
以生命为代价所施展的法术，会根据术者与牺牲者的素质不同召唤出强大的战士。在遥远的过去，人类与魔族的大战中被十个人类国家当成对抗魔族的最终手段。
世界的意志
世界的意志是以重生世界为终极目标的非实体存在，会利用生物来达成毁灭世界的目的，只有精神强大者能抵抗。世界的意志会不分年龄、性别来挑选接触者，一旦接触了世界的意志，接触者皆会无可避免的投身于创造新世界的行动。在古代人从亚空间引入新世界之力灭亡前，世界已经重生过数轮，世界意志让世界重生的真实原因仍未明。
据接触者所言，世界的意志、新世界是大自然的真理，不成熟的生命与不完美的世界是需要被汰换掉的，为了让这种充满阶级差距、不合理待遇的悲伤世界消失，必须让世界焕然一新、获得进化。
在新世界中，世上的一切事物都会与前个世界有着大大小小的差异性，它们皆会蜕变成在新世界应有的姿态，但现在包括新世界生物在内都仅还在蜕变的途中。事实上，强制觉醒的勇者、米卡洛斯操纵的飞翼士兵也是透过新世界之力形成的未完全蜕变体，蜕变完全的飞翼士兵是外型类似新世界生物的异形生物。
新世界之力的力量根源来自大地之毒，而发生源就在魔族帝国的帝都，帝国皇帝为了阻止新世界诞生，万年来一直抑制着新世界之力。
上条当麻是学园都市的一名高中生。在这座位于东京都西部的封闭都市中，学生占到了总人口的八成，“超能力开发”被列为绝大多数学生的必修课，在Level 0到Level 5的等级排名上相互竞争。不幸地，上条当麻被评定为无能力者；但他的右手有着能将一切异能消除的不明力量，他本人称其为“幻想杀手”。似乎是连同神的祝福一同抹杀的关系，他每天都过着不幸的生活。
暑假的一天，在宿舍的阳台上，上条当麻遇见了一位挂在阳台栏杆上的修女。她自称“禁书目录Index”，脑海中装有十万三千册“魔道书”，正在从不为人所知的“魔法”世界逃亡。就这样，上条一脚踏进了魔法与科学的纷争。
本作的世界观以现实世界为蓝本，但并未说明详细历史时期，大致可以推测故事发生在虚构的近未来[d]。其历史与现实世界有共通点（如前两次世界大战、冷战等；亚雷斯塔更是现实中存在的人物），但也有显著的差异。
学园都市是科学势力的大本营，同时也是本作的主要舞台。位于日本东京西部，居住着230万人口，其中八成人口是学生，而这些学生大都是超能力开发的实验对象。学园都市具有领先世界20-30年的科技实力，掌握着多种近未来高科技兵器，并公开地培养超能力者；事实上是由统括理事会所主导的、严格封闭的国中之国。
而魔法势力则较为分散，主要由名目繁多的宗教组织和魔法结社构成，也有不属于任何组织的魔法师存在。教会势力中，十字教有三大主要教派：英国清教、罗马正教和俄罗斯正教（分别以英国圣公会、天主教和东正教为原型）；而魔法结社则包括以黄金黎明为源头的黄金系结社、依靠北欧神话理论的“捣蛋鬼”，阿兹特克系的“有翼者的归来”等。魔法势力之间常会出于各自不同的目的互相斗争，魔法师出于个人信念私自行动的现象也广泛存在。
在魔法势力与科学势力之外，尚有两不从属的一般组织与国家，如美国；作品中也出现了许多虚构的政权，除学园都市外，还有“伊莉沙里纳独立国同盟”、“巴格吉城”等。
本作中，除“现实世界”之外，尚存在更高等级的、无法以一般手段探知的其他次元的“位相”；神、魔神、天使、妖精、无法以语言名状的高等级存在[e]，也均在作品中有所提及。
一位小学5年级学生天野景太在暑假中的时候偶然发现了树下摆着一台破旧的扭蛋机，于是用硬币扭出扭蛋’硬币扭出扭蛋之后，打开了一个神秘的扭蛋。扭蛋中飞出了一个 自称为“妖怪执事” 的妖怪[威斯帕]。威斯帕它必须要用“妖怪pad”查询妖怪！从此以后，景太就可以用妖怪手表看到身边出现的各种不可思议的妖怪了。遇到困难的时候可以用妖怪徽章召唤妖怪朋友们呢!