自西历20XX年，人类从肯尼亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立计算机程序以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)链接的链接实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完全从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。

到了四千多年后，在游戏开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔(后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔)所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。

另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人(Realian)与生化人(Cyborg)的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲着索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……

光之美少女（第1期）

运动万能、拥有正义感，在班上最受欢迎的美墨渚。成绩优秀，永远是班上的第一名，但有点天真的雪城穗乃香，两人同是就读菲诺奈学院女子中学部二年级的学生。某一天，小渚和穗乃香各自遇见了不可思议的神奇生物梅普鲁和米普鲁，他们由于故乡光之园遭到邪恶的攻击，因而逃到虹之园来。

两人被梅普鲁和米普鲁赋予神奇的力量，携手变身成光之美少女“Precure”。性格和兴趣都完全相反的两个人将同心协力，和来自暗之领域的邪恶敌人展开战斗。

光之美少女 Max Heart（第2期）

新学期开始，小渚和穗乃香成为菲诺奈学院女子中学部三年级学生，过着普通女孩的学校生活。而梅普鲁、米普鲁和保伦在上次战斗后陷入了漫长的沉睡。此时在光之园，在激战后受了伤的女王分裂成数个部分，消失在远处。同一时间，小渚和穗乃香遭到了萨凯那的袭击。

突然，梅普鲁和米普鲁苏醒过来，两人使用新的变身器再一次变身成“Precure”，而且力量居然也提升了。为了让失去记忆和原本姿态的女王恢复原样，小渚和穗乃香，以及苏醒后力量提升的梅普鲁、米普鲁和保伦，将和不可思议的少女，九条光展开新的故事。

保伦和光之园的长老由于发音相近，因此偶尔会把“Precure”故意说成“光之美小女（Precura）”。

国中篇

这一篇在哀川和彦来到瑞穗前所发生的故事，和有关阿努跟土桥第一次跟藤原、三浦见面时的故事。

第一部

从外地转来了一个新的同学，一开始就因为怪异的“言”──想要加入男篮队，“行”──爱掀女孩子的裙子，而引来大家的注意;没想到，他还是高中联赛上的冠军队伍，天童寺高中的队长!

第二部

新的学期，因为在大赛中的突出表现让男篮一下子增加许多人要参加，可是沉重的练习却又迅速退社，最后只剩下六个新生而已，其中有一个还是近藤学长的弟弟;此外，换上新的篮板也是瑞穗新的一年的战利品。高阶远也，令人期待的第六人，瑞穗的男篮有更多组合与发挥的空间。

第三部

瑞穗高中成功的晋级高中杯准决赛!他们的对手是下条总教练率领的成田中央。这是两队在继练习赛与新人赛关东大赛之后，第三度在球场上交手。因为双方的因缘很深，因此都不想输掉这场比赛而双方选手也都想展现出自己成长的证明、与自尊心。这一场关系到两队未来的准决赛开打了!

瑞穗高中 (MIZUHO)

因为发生在学生藤原打前任教练下条，而导致篮球社危机，就在此时来了一位转学生，他就是前任王者天童寺的队长兼王牌-哀川和彦。

而接替下条当教练，是女子篮球部的冰室，随后又来一位1年级的女经理-杏绮，接者跟成田中央打练习赛，拿下第一次胜利，同时也化解与3年级的学长们的误会，同时也转动他们的命运。

从参加地区预赛开始，以快攻超攻击的能力不断获胜，在四强击败横滨学园，决赛败给本牧东。但这是哀川第一次尝到败绩的滋味。

以神奈川第二名参加关东大赛，在第一天击败在高中杯打进四强的明和大日立，在决赛中大败给成田中央，而这也是他们第2次交手。

经过关东大赛的败北，大家又更加团结，此时有人来加入篮球社，他就是第6人-高阶远也。

迎接新的学期，升上3年级，最后一年参加比赛，此时有新的1年级6人加入篮球社。

在地区预赛以种子队身份打进四强，胜于本牧东，却败给王者湘南大湘模，在最后争夺第二名参加高中杯的名额，赢下横滨学园。

在高中杯从首战一路打进决赛，战胜了九洲大福冈、嘉手纳西、湘南大湘模、秋田城北、成田中央。

最后决赛对上绝对王者天童寺，经历了一番苦战，最后在延长赛成功打破天童寺的不败神话，也终止王者的连胜纪录。

是目前唯一能够打赢秋田城北，以及王者天童寺的学校。