现代日本出现“锈蚀之风”，以东京爆炸洞为中心，在全日本不断吹拂，风化一切事物，摧毁文明。锈蚀之风出现的原因已不可考。人类为了生存，在各县边界筑起防风高墙，围城在日本成为常态。而东京、埼玉等以前曾经繁荣过的城方，则已经成为“北埼玉铁沙漠”等人类不能生存的地方。锈蚀之风亦会令人类患上不治之症“锈蚀病”。

赤星毕斯可是人称“食人菇赤星”的“蕈菇守护者”。他为了寻求传说中能够医治锈蚀病的灵药“食锈”，跟师父贾维从群马前往忌滨。

在UNLIMITED篇开始的三年后，睡醒时发现再次置身于自家卧室的武，日历上的日期是2001年10月22日，以为UNLIMITED篇的一系列事件只是一场梦境。他发现自己经过时间跳跃又一次来到了UNLIMITED篇的起点。他并不愿意接受UNLIMITED篇的结局，于是决定以唯一知道这个世界的未来的人类的身份，为了帮助夕呼老师完成“ALTERNATIVE4”计划而再次敲开联合国军横滨基地的大门。再次被编入207实验部队的武，带着3年之间的军事经验和未来的记忆，以及不输给伙伴们的觉悟，再次迎向挑战。

虽然游戏伊始重现了UNLIMITED篇的事件，但是武很快作出了足够的改变，影响了这个世界未来的走向，发生了未曾出现的事物。

ALTERNATIVE篇有更加严肃的基调。âge称这是一个爱与勇气的童话故事(あいとゆうきのおとぎばなし)

那是在极限的世界战斗的人们之间牵绊的物语——存在于这一时空的，无数平行世界之一——在那里，人类驱使着被称作战术步行战斗机(战术机)的人型兵器，与敌对的地球外起源种「BETA」持续了长达数十年的战斗。被灭亡的危机逼入绝境的人类，在残酷的命运当中将会展现怎样的生存方式——